Transcript Basic linux commands

BASIC LINUX
COMMANDS
Apr. 25, 2013
Laboratory of
Systems
Medicine
ACCESS TO LINUX SYSTEMS
 Servers
 128.1.99.61
 202.30.15.129
 ID and password
 Local machine
 포맷 후 리눅스 재설치
 Virtualbox 가상환경 사용
CONNECTING
 SSH secure shell이나 다른 터미널 사용
 그래픽 환경을 위해 Cygwin 소프트웨어 설치
 ssh –X [email protected] .99.61
 VirtualBox / VMWare에 리눅스를 설치하면 편함
VIEW FILES
 ls (list)





옵션
옵션
옵션
옵션
옵션
–l: 자세한 보기
–a: 숨긴 파일도 보기
–h: 파일 용량을 3.3M, 35G 등으로 표시
–R: 내부 폴더까지 표시
–t: 수정된 시간 순으로 정렬
FILESYSTEM
 Root: /
 개인 폴더: /home/hc27oclock
 or, ~hc27oclock
 작업 폴더: /data
DIRECTORIES
 cd (change directory)
 . : 현재 디렉토리
 .. : 상위 디렉토리
 mkdir (make directory)
 mkdir 01_first_work
 pwd (print working directory)
CHECK FREE SPACE IN THE HARD DRIVE
 전체 남은 용량
 df –h
 현재 폴더가 차지하는 용량
 du –hs .
CHECK WORKLOAD
 top
 실행하고 있는 프로그램 이름과 빈 메모리 양을 보임
 Process ID를 아는 경우
 ps –ef | grep 27098
 Process 강제 종료
 kill –KILL 27098
MOVING, COPYING, AND REMOVING FILES
 mv (move)
 mv (복수의 파일) (대상 경로)
 cp (copy)
 cp (복수의 파일) (대상 경로)
 rm (remove)
 옵션 –i: y/n으로 각각의 파일을 확인하며 삭제
 옵션 –f: 확인 없이 무조건 삭제
CHAIN EXECUTION
 > : 터미널의 실행 결과를 파일로 저장
 예: ls –la > result.txt
 | : 터미널의 실행 결과를 뒤 프로그램의 input으로 사용
 예: echo “ls –la” | cat

ls –la | wc -l
PROBLEMS WHEN OPENING FILES
 권한 확인
 chmod (숫자) (파일이름)
 bit: (read)(write)(execute)

(4)
(2)
(1)
 Three numbers:
 본인
 Users in the same group
 Anyone
 예: chmod 775 download.sh
PREVIEWING TEXT FILES
 less (파일 이름)
 파일의 첫 부분을 열고, 화살표로 스크롤 가능
 f: 한 페이지 앞으로 (front)
 b: 한 페이지 뒤로 (back)
 tail –f (파일 이름)
 파일이 계속해서 수정되는 경우 변동 상황이 보임
 f: follow
DOWNLOADING PROGRAMS
 인터넷 경로에서 파일 받기
 wget –c http://www.python.org/ftp/python/2.7.3/Python -2.7.3.tgz
 옵션 –c: 이어받기 (continue)
 압축 풀기
 tar zxvf Python-2.7.3.tgz
 tar jxvf Python-2.7.3.tar.bz
 gunzip Python-2.7.3.zip
INSTALLING PROGRAMS
 일반적: README나 INSTALL 파일 참조




잘 만들어진 프로그램의 경우
./configure --prefix=/home/hc27oclock/program1/
make
make install
프로그램 실행
 General
 ./executable_name
 Program in the path
 executable_name
 Java-based
 java –jar /directory/to/program/GenomeAnalysisTK.jar