Transcript 01-110426第一共研技術服務說明會

研發分處第一共同研究室
技術服務說明會
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Applications overview
• De novo sequencing of genomes
• Detection of variants (SNPs) and mutations
• Confirmation of clone constructs
• Detection of methylation events
• Gene expression studies
• Detection of copy number variation
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Automated DNA Sequencing Workflow
DNA Template
preparation
Cycle
sequencing
Extension Product
Purification
Capillary
Electrophoresis
Data analysis
•
•
•
•
•
•
PCR products
Plasmid DNA
Genomic DNA
Bacterial artificial chromosomes (BACs)
Yeast artificial chromosomes (YACs)
Cosmids
Applied Biosystems Cycle Sequencing Kits:
• BigDye Terminator v3.1 kit
• dGTP BigDye Terminator v3.0 kit
Purify extension products using Ethanol precipitation
Applied Biosystems instruments:
3730xl
analyzer
Capillary Electrophoresis Output:
*.ab1 file
Applied Biosystems Sequencing Analysis Software V5.4
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DNA Quality
Contamination Potential contaminants include:
• Proteins
• RNA
• Chromosomal DNA
• Excess PCR primers, dNTPs, enzyme, and buffer components
(from a PCR amplification used to generate the sequencing template)
• Residual salts
• Residual organic chemicals such as phenol, chloroform, and ethanol
• Residual detergents
Determining DNA Quality
• Agarose gel electrophoresis
• Spectrophotometry
The A260/A280 ratio should be 1.7 to 1.9.
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DNA Quantity
樣品種類
含量(ng)
PCR product 長度(bps)
含量(ng)
ssDNA
50~90
100~200
2~5
含 2 級解構
150~200
200~500
5~15
dsDNA plasmid
300~500
500~1000
15~30
含 2 級結構
600~800
1~2k
30~60
BAC, Cosmid
1500~2000
≧ 2k
60~100
PCR product請以電泳分析比對marker確認濃度。
• Primer quantity 6 pmol (6μM*1μl)
• 一件樣品＝ 1 DNA template＋1 端primer (自行提供)或
一件樣品＝1 DNA template (使用用本實驗室的primer)
• (在200 ul微量離心管，將DNA template與primer混合或template
only，補ddH2O至最後體積6μl)
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系統連結位置
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轉自:計中-傅潔瑩小姐
系統使用頁面
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轉自:計中-傅潔瑩小姐
系統登入
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轉自:計中-傅潔瑩小姐
PI授權管理頁面
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轉自:計中-傅潔瑩小姐
PI-帳務月報表
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轉自:計中-傅潔瑩小姐
PI-系統回報每日新增預約單
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轉自:計中-傅潔瑩小姐
一般使用者-系統服務行事曆
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轉自:計中-傅潔瑩小姐
一般使用者-預約單填寫
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轉自:計中-傅潔瑩小姐
一般使用者-預約記錄查詢
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轉自:計中-傅潔瑩小姐
一般使用者-實驗結果下載
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轉自:計中-傅潔瑩小姐
收費流程
 每個序列分析反應醫學院院區之收費為新台幣100元整，非醫學





院院區為新台幣150元整。收費採月結方式。
分析試驗必須先上網預約，再送樣品。如只收到樣品而未收到
預約單，視同未申請，本實驗室也不負責保管此樣品。如只收
到預約單而未收到樣品，視同已申請，須付費。
每個月月初管理人員會依實驗室(或計畫)主持人為對象整理上
一個月之使用額度，統計總額，送交醫學院出納股辦理預開收
據。
管理人員依實驗室(或計畫)主持人之使用量，填妥繳費單(月結)
表格暨預開收據通知使用人辦理會計核帳之程序。
繳費單(月結) 表格經使用人確認金額無誤簽收後，把繳費單
(月結)及紅色收據聯交負責實驗室計劃的帳務人員報帳，開立
黏存單繳費。
使用者若選擇以現金支付，請持繳費單(月結) 及現金至醫學院
出納股直接繳費。
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感謝聆聽
負責人:
李芳仁 主任
鄧述諄 副主任
林泰元 老師
網路系統支援:
計資中心-傅潔瑩小姐
聯絡人: 階孟書
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