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miRNA目标位点预测工具介绍 徐 辉 用于预测miRNA目标位点的工具 1. TargetScan 2. miRanda 3. PicTar 4. Microcosm 5. microT-ANN 6. miRDB 7. Mirgen 一、TargetScan介绍 2种运行模式： 本地运行 1、程序用Perl语言编写 2、程序和相关数据下载地址： http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/data_download.cgi?db=vert_50 网页接口 http://www.targetscan.org/ TargetScan本地运行版本介绍 1、需要2个输入文件 1) 包含了miRNA seed sequences的tab-delimited文件 该文件包含了3列数据： Name of the miRNA family The 7 nucleotide long seed region sequence Species ID of this miRNA family 例子： let-7/98 GAGGUAG 10090 let-7/98 GAGGUAG 10116 let-7/98 GAGGUAG 9031 let-7/98 GAGGUAG 9606 let-7/98 GAGGUAG 9615 2) 包含了所需基因3‘ UTRs多重比对结果的tab-delimited文件 该文件包含了3列数据： Gene symbol or transcript ID Species/taxonomy ID Sequence 例子： CDC2L6 10090 CCCACUCCCU---CU------------……. CDC2L6 9615 CCG-CCACGG--------------------……. LPHN1 10090 GGGGC-CUCAUGGACCCGA……. ZNF197 9606 A-AGACACCACGAGAAACAG…… 2、运行命令行 targetscan_50.pl miR_Family_info_sample.txt UTR_Sequences_sample.txt TargetScan_50_output.txt 3、输出文件 包含以下13列数据：GeneID、miRNA_family_ID、species_ID、 MSA_start、MSA_end、UTR_start、UTR_end、Group_ID、 Site_type、miRNA in this species、Group_type、 Species_in_this_group、Species_in_this_group_with_this_site_type 实例如下： TargetScan网页接口界面 TargetScan网页接口运行结果 在UCSC上显示TargetScan运行结果 二、miRanda Target Detection介绍 2种运行模式： 本地运行 1、运行在linux环境下 2、程序和相关数据下载地址： http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do 网页接口 http://www.microrna.org/microrna/getGeneForm.do miRanda Target Detection本地运行版本介绍 1、需要2个输入文件 包含了miRNA序列的fasta文件 包含了目标基因3’UTR序列的fasta文件 2、运行miRanda miranda file1 file2 [ options … ] 常用参数： [-sc score] [-en energy] [-go X] [-ge Y] [-out fileout] [-quiet] [-trim T] miRanda Target Detection本地运行结果实例 miRanda Target Detection网页接口界面 miRNA search Target mRNA search miRanda Target Detection查询结果界面 miRanda Target Detection结果详情界面 三、PicTar介绍 http://pictar.mdc-berlin.de/ PicTar 用户界面一 PicTar 搜索结果界面一 PicTar 搜索结果界面二 PicTar 用户界面二 PicTar 搜索结果界面三 PicTar结果在UCSC上的数据展示 从UCSC批量下载PicTar结果 四、Microcosm http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/ Microcosm Search界面 Microcosm Enter界面 Microcosm Download界面 五、microT-ANN http://diana.cslab.ece.ntua.gr/microT_v4/index.php microT-ANN 结果界面 TarBase: miRNA目标基因的可靠数据库，数据有实验支持。 http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/ 六、miRDB http://mirdb.org/miRDB/ miRDB 结果界面 七、 Mirgen http://www.diana.pcbi.upenn.edu/cgi-bin/miRGen/v3/Targets.cgi miRDB 结果界面 根据具体的研究要求，综合考虑来自多个预测工具的结果。