Transcript Arbre du vivant 2012

Rhodobiontes
Trentepoliophycées
Ulvophycées
Chlorophycées
Prasinophycées
Euglyphides
Chlorarachniobiontes
Glaucocystobiontes
Phytomyxea
Haplosporidies
Centrohelida ?
Foraminifères
Radiolaires
RHIZARIA
Katablépharides
Fungi
Actinophryda
STRAMÉNOPILES
(= HÉTÉROCHONTES)
HAPTOBIONTES
Euglénoïdes
Mésomycétozoaires
Chytridiomycètes
Microsporidies
Basidiomycètes
Ascomycètes
Parabasalia
Choanoflagellés
Métazoaires
(= animaux)
Unichontes
Ciliés
Oobiontes
Chromobiontes
AMOEBO- Mycétobiontes
BIONTES (= Archamaeba
AMOEBOZOA)
Lobosa
Eumétazoaires
Apicomplexes
Bicosoécidés
Cryptophytes
Spongiaires
Placozoaires
ALVÉOLÉS (=
Ellobiopsidés ALVEOLATA)
Labyrinthulobiontes
Picobiliphytes ?
CRYPTOBIONTES
Dinobiontes
OPISTHOCHONTES
Diplomonadines
Kinétoplastides
Oxymonadines
Retortamonadines
EXCAVATES
Euglénobiontes
Acrasiobiontes
(= Heterolobosa)
Percolobiontes
DISCICRISTATES
Chromalvéolés
ARCHAEPLASTIDA
(= PLANTAE)
Cercobiontes
Embryophytes
Charophycées
Zygnématophycées
D’après Baldauf (2003, 2008), Adl et al.
(2005), Boudouresque (2011), Burki et al.
(2012), très simplifié et mis à jour
(Boudouresque, original)
Retaria
Chlorobiontes Streptobiontes
Viridiplantae
Les 10 règnes d’Eucaryotes
Ce que la coutume a nommé ‘végétaux’ (il manque
D’après Boudouresque (2011),
mis à jour (2012)
Rhodobiontes
Trentepoliophycées
Ulvophycées
Chlorophycées
Prasinophycées
Euglyphides
Chlorarachniobiontes
Glaucocystobiontes
Phytomyxea
Haplosporidies
Centrohelida ?
Foraminifères
Radiolaires
RHIZARIA
Katablépharides
Fungi
Actinophryda
STRAMÉNOPILES
(= HÉTÉROCHONTES)
HAPTOBIONTES
Euglénoïdes
Mésomycétozoaires
Chytridiomycètes
Microsporidies
Basidiomycètes
Ascomycètes
Parabasalia
Choanoflagellés
Métazoaires
(= animaux)
Unichontes
Ciliés
Oobiontes
Chromobiontes
AMOEBO- Mycétobiontes
BIONTES (= Archamaeba
AMOEBOZOA)
Lobosa
Eumétazoaires
Apicomplexes
Bicosoécidés
Cryptophytes
Spongiaires
Placozoaires
ALVÉOLÉS (=
Ellobiopsidés ALVEOLATA)
Labyrinthulobiontes
Picobiliphytes ?
CRYPTOBIONTES
Dinobiontes
OPISTHOCHONTES
Diplomonadines
Kinétoplastides
Oxymonadines
Retortamonadines
EXCAVATES
Euglénobiontes
Acrasiobiontes
(= Heterolobosa)
Percolobiontes
DISCICRISTATES
Chromalvéolés
ARCHAEPLASTIDA
(= PLANTAE)
Cercobiontes
Embryophytes
Charophycées
Zygnématophycées
Retaria
Chlorobiontes Streptobiontes
Viridiplantae
les Procaryotes Cyanobactéries, Planctomycètes et Actinobactéries)
Il manque ici les Procaryotes :
Cyanobactéries,
Rhodobiontes
Trentepoliophycées
Ulvophycées
Chlorophycées
Prasinophycées
Euglyphides
Chlorarachniobiontes
Glaucocystobiontes
Phytomyxea
Haplosporidies
Centrohelida ?
Foraminifères
Radiolaires
RHIZARIA
Katablépharides
Fungi
Ciliés
Actinophryda
STRAMÉNOPILES
(= HÉTÉROCHONTES)
HAPTOBIONTES
Euglénoïdes
Mésomycétozoaires
Chytridiomycètes
Microsporidies
Basidiomycètes
Ascomycètes
Parabasalia
Choanoflagellés
Métazoaires
(= animaux)
Unichontes
Apicomplexes
Oobiontes
Chromobiontes
AMOEBO- Mycétobiontes
BIONTES (= Archamaeba
AMOEBOZOA)
Lobosa
Eumétazoaires
ALVÉOLÉS (=
Ellobiopsidés ALVEOLATA)
Bicosoécidés
Cryptophytes
Spongiaires
Placozoaires
Dinobiontes
Labyrinthulobiontes
Picobiliphytes ?
CRYPTOBIONTES
D’après Boudouresque (2011)
OPISTHOCHONTES
Diplomonadines
Kinétoplastides
Oxymonadines
Retortamonadines
EXCAVATES
Euglénobiontes
Acrasiobiontes
(= Heterolobosa)
Percolobiontes
DISCICRISTATES
Chromalvéolés
ARCHAEPLASTIDA
(= PLANTAE)
Cercobiontes
Embryophytes
Charophycées
Zygnématophycées
Retaria
Chlorobiontes Streptobiontes
Viridiplantae
Le terme coutumier ‘Algues’
Rhodobiontes
Trentepoliophycées
Ulvophycées
Chlorophycées
Prasinophycées
Euglyphides
Chlorarachniobiontes
Glaucocystobiontes
Phytomyxea
Haplosporidies
Centrohelida ?
Foraminifères
Radiolaires
RHIZARIA
Katablépharides
Fungi
Ciliés
Actinophryda
STRAMÉNOPILES
(= HÉTÉROCHONTES)
HAPTOBIONTES
Euglénoïdes
Mésomycétozoaires
Chytridiomycètes
Microsporidies
Basidiomycètes
Ascomycètes
Parabasalia
Choanoflagellés
Métazoaires
(= animaux)
Unichontes
Apicomplexes
Oobiontes
Chromobiontes
AMOEBO- Mycétobiontes
BIONTES (= Archamaeba
AMOEBOZOA)
Lobosa
Eumétazoaires
ALVÉOLÉS (=
Ellobiopsidés ALVEOLATA)
Bicosoécidés
Cryptophytes
Spongiaires
Placozoaires
Dinobiontes
Labyrinthulobiontes
Picobiliphytes ?
CRYPTOBIONTES
D’après Boudouresque (2011)
OPISTHOCHONTES
Diplomonadines
Kinétoplastides
Oxymonadines
Retortamonadines
EXCAVATES
Euglénobiontes
Acrasiobiontes
(= Heterolobosa)
Percolobiontes
DISCICRISTATES
Chromalvéolés
ARCHAEPLASTIDA
(= PLANTAE)
Cercobiontes
Embryophytes
Charophycées
Zygnématophycées
Retaria
Chlorobiontes Streptobiontes
Viridiplantae
Il manque ici les Procaryotes :
Le terme coutumier ‘champignons’’ :
Planctomycètes et Actinobactéries
un ensemble polyphylétique
Rhodobiontes
Trentepoliophycées
Ulvophycées
Chlorophycées
Prasinophycées
Euglyphides
Chlorarachniobiontes
Glaucocystobiontes
Phytomyxea
Haplosporidies
Centrohelida ?
Foraminifères
Radiolaires
RHIZARIA
Katablépharides
Fungi
Ciliés
Actinophryda
STRAMÉNOPILES
(= HÉTÉROCHONTES)
HAPTOBIONTES
Euglénoïdes
Mésomycétozoaires
Chytridiomycètes
Microsporidies
Basidiomycètes
Ascomycètes
Parabasalia
Choanoflagellés
Métazoaires
(= animaux)
Unichontes
Apicomplexes
Oobiontes
Chromobiontes
AMOEBO- Mycétobiontes
BIONTES (= Archamaeba
AMOEBOZOA)
Lobosa
Eumétazoaires
ALVÉOLÉS (=
Ellobiopsidés ALVEOLATA)
Bicosoécidés
Cryptophytes
Spongiaires
Placozoaires
Dinobiontes
Labyrinthulobiontes
Picobiliphytes ?
CRYPTOBIONTES
D’après Boudouresque (2011)
OPISTHOCHONTES
Diplomonadines
Kinétoplastides
Oxymonadines
Retortamonadines
EXCAVATES
Euglénobiontes
Acrasiobiontes
(= Heterolobosa)
Percolobiontes
DISCICRISTATES
Chromalvéolés
ARCHAEPLASTIDA
(= PLANTAE)
Cercobiontes
Embryophytes
Charophycées
Zygnématophycées
En bleu : taxons revendiqués par les
‘botanistes’ et les ‘zoologistes’
Retaria
Chlorobiontes Streptobiontes
Viridiplantae
Le terme coutumier ‘protozoaires’ :
un ensemble polyphylétique
Ulvophyceae
Chlorophyceae
Prasinophyceae
Chlorarachniobionta
Glaucocystobionta
Phytomyxea
Haplosporidia
Centrohelida ?
Foraminifera
Radiolaria
Picobiliphytes ?
CRYPTOBIONTA
RHIZARIA
Katablepharids
Apicomplexa
Ciliophora
Actinophryda
STRAMENOPILES
(= HETEROKONTS)
Labyrinthulobionta
Bicosoecids
Euglenoids
Chytridiomycota
Microsporidia
Basidiomycota
Ascomycota
Parabasalia
Choanoflagellata
Porifera
Metazoa (=
animals)
Ellobiopsids
HAPTOBIONTA
Mesomycetozoa
Fungi
Unikonts
AMOEBO- Mycetobionta
Archamaeba
BIONTA (=
AMOEBOZOA)
Lobosa
Eumetazoa
ALVEOLATA)
Oobionta
Chromobionta
Cryptophytes
Placozoa
Dinobionta
OPISTHOKONTS
RetortaOxymo- monads
Diplo- nads
monads
EXCAVATES
Kinetoplastids
Euglenobionta
Acrasiobionta
(= Heterolobosa)
Percolobionta
DISCICRISTATES
Chromalveolata
Rhodobionta
Euglyphids
Cercobionta
Trentepoliophyceae
ARCHAEPLASTIDA
(= PLANTAE)
From Baldauf (2003, 2008), Adl et al.
(2005), Boudouresque (2011), Burki et al.
(2012), simplified
(Boudouresque, original)
Retaria
Streptobionta
Embryophytes
Charophyceae
Zygnematophyceae
Chlorobionta
Viridiplantae
The 10 Eukaryote kingdoms
Chlorophyceae
Prasinophyceae
Chlorarachniobionta
Glaucocystobionta
Phytomyxea
Haplosporidia
Centrohelida ?
Foraminifera
Radiolaria
Picobiliphytes ?
CRYPTOBIONTA
RHIZARIA
Katablepharids
Cryptophytes
Dinobionta
ALVEOLATA)
Ellobiopsids
Apicomplexa
Ciliophora
Actinophryda
STRAMENOPILES
(= HETEROKONTS)
Labyrinthulobionta
Bicosoecids
Oobionta
Chromobionta
HAPTOBIONTA
Euglenoids
Mesomycetozoa
Chytridiomycota
Microsporidia
Basidiomycota
Ascomycota
Parabasalia
Choanoflagellata
Porifera
Metazoa (=
animals)
Fungi
Unikonts
AMOEBO- Mycetobionta
Archamaeba
BIONTA (=
AMOEBOZOA)
Lobosa
Placozoa
Eumetazoa
OPISTHOKONTS
Diplomonads
Kinetoplastids
RetortaOxymo- monads
nads
Euglenobionta
Acrasiobionta
(= Heterolobosa)
Percolobionta
EXCAVATES
DISCICRISTATES
Chromalveolata
Rhodobionta
Euglyphids
Cercobionta
Trentepoliophyceae
Ulvophyceae
ARCHAEPLASTIDA
(= PLANTAE)
Retaria
Streptobionta
Embryophytes
Charophyceae
Zygnematophyceae
Chlorobionta
Viridiplantae
The custumary notions of ‘algae’ and ‘fungi’ (not Fungi in a
modern meaning)
D’après
Boudouresque, 2011
Magnoliophytes (sens large)
Filicophytes (sens large)
LES VIRIDIPLANTAE
Embryophytes
Bryophytes (sens large)
Coléochaetophycées
Streptobiontes
Charophycées
Chaetosphaeridiophycées
Zygnématophycées
Klebsormidiophycées
Chlorokybophycées
Cladophorophycées
Bryopsidophycées
Dasycladophycées
Trentepohliophycées
Ulvophycées
‘Algues vertes ’ :
un ensemble
paraphylétique
impossible à
définir (ni
phylogénétique, ni
morphologique, ni
fonctionnel)
A ne pas utiliser en
dehors de la
vulgarisation
élémentaire
Chlorobiontes
Trébouxiophycées
Chlorophycées
Prasinophycées
Rhodobiontes (outgroup)
8
‘Algues rouges’ est le nom vernaculaire de
Rhodobiontes. Il peut être utilisé sans
limites : il se superpose à un taxon
monophylétique et bien défini
Arbre phylogénétique
des Rhodobiontes
Floridéophycées
Bangiophycées
Rhodellophycées
Porphyridiophycées
Rhodophytina
Stylonématophycées
Compsogonophycées
Cyanidiophycées
Gènes : PSI P700 chl
a, psaA, rbcL
Cyanidiophytina
D'après Yoon et al., 2006. J. Phycol., 42 : 482-492 (2006).
Redessiné Boudouresque (2011)
9
Arbre phylogénétique des Chromobiontes
Phéophycées (‘algues brunes’)
Schizocladiophycées
Phaeothamniophycées
Xanthophycées (‘algues jaunes’)
Raphidophycées
Pinguiophycées
Les termes ‘algues brunes’,
‘algues jaunes’, ‘diatomées’, etc.
peuvent être utilisés sans restriction : ils correspondent aux
noms vernaculaires de taxons
monophylétiques et bien définis
Il n’en va bien sur pas de même
du terme ‘algues’, ensemble
polyphylétique impossible à
définir (ni phylogénétique, ni
morphologique, ni fonctionnel), à
réserver à la vulgarisation
élémentaire
Bacillariophycées
Médiophycées
‘Diatomées’
Coscinodiscophycées
Bolidophycées
Pélagophycées
Chrysophycées (‘algues dorées’)
D’après Boudouresque
2011
Synurophycées
Synchromophycées
Eustigmatophycées
Outgroups
Dictyochophycées
Rhodobiontes, Cryptobiontes ou Oobiontes
10
Un ensemble
paraphylétique :
les ‘poissons’
Les ‘poissons’
Actinistiens (coelacanthes)
Dipneustes
Amphibiens
Mammifères
Chéloniens (tortues)
Lézards, serpents
Tétrapodes
Sarcoptérigiens
Ostéichthyens
Crocodiles
Oiseaux
Téléostéens
Chondrostéens (esturgeons)
Cladistiens (Polypterus)
Chondrichtyens (requins, raies)
Pétromyzontidés (lamproies)
Myxinoïdes
D’après Mulley et Holland
(2004) et Lecointre et Le
Guyader (2006), redessiné et
modifié (Boudouresque)
11
Les ‘invertébrés’
Kinorhynches
Priapulidés
Nématodes
Tardigrades
Onychophores
Insectes
Crustacés
Myriapodes
Chélicérates
Myzostomides
Bryozoaires
Entoproctes
Gastrotriches
Rotifères
Gnathostomulides
Platyhelminthes
Némertes
Brachiopodes
Phoronides
Annélides
Mollusques
Chaetognathes
Acoeles
Hémichordés
Echinodermes
Xénoturbellidés
Urochordés (Tuniciers)
Céphalochordés
Craniates
Cnidaires
Porifères (Spongiaires)
Cténophores
Un ensemble
paraphylétique :
les ‘invertébrés’
Ecdysozoa
Protostomiens
Lophotrochozoa
Deutérostomiens
D’après Lecointre et Le
Guyader (2006) et Marlétaz et
Le Parco (2010), redessiné et
modifié (Boudouresque)
12
Crocus
Les Eucaryotes
ARCHAEPLASTIDA
(= PLANTAE)
Trentepoliophycées
Chlorarachniobiontes
Glaucocystobiontes
Phytomyxea
Chlorophycées
Prasinophycées
Gymnodinium
Foraminifères
Radiolaires
Ulva
Apicomplexes
Ciliés
Actinophryda
Unichontes
AMOEBO- Mycétobiontes
Archamaeba
BIONTES
Entamoeba
hysto- (=
AMOEBOZOA)
litica (dysenterie)
Lobosa
Fungi
basalia
Métazoaires
(= animaux)
Choanoflagellés
Axinella
Eumétazoaires
Diatomée
HAPTOBIONTES
Trichomonas vaginalis
(maladie sexuellement
transmissible)
Nosema (cause
Paramortalité des abeilles)
Spongiaires
Placozoaires
Oobiontes
Chromobiontes
Cafeteria
Radiolaires
Mésomycétozoaires
Chytridiomycètes
Amanite (exMicrosporidies
champignons, Basidiomycètes
pro parte)
Ascomycètes
STRAMÉNOPILES
(= HÉTÉROCHONTES)
Bicosoécidés
Oobionte (ex-champignons, pro parte)
Cryptophytes
Paramécie
Labyrinthulobiontes
RHIZARIA
Katablépharides
Plasmodium
(paludisme)
ALVÉOLÉS (=
Ellobiopsidés ALVEOLATA)
Picobiliphytes ?
CRYPTOBIONTES
Alexandrium
Dinobiontes
HaploForaminifères
sporidies
Centrohelida ?
Delesseria
Ulvophycées
Cercobiontes
Rhodobiontes
Euglyphides
Chromalvéolés
Tetraselmis
Embryophytes
Charophycées
Zygnématophycées
Retaria
Chara
Chlorobiontes Streptobiontes
Viridiplantae
Fougère
Diplomonadines
OPISTHOCHONTES
Homo sapiens
Elysia
Emiliania (à l’origine de la craie)
Euglénoïdes
Kinétoplastides
Euglena
RetortaOxymomonanadines
dines
Euglénobiontes Cystoseira
Acrasiobiontes
(= Heterolobosa)
Percolobiontes
EXCAVATES
Naegleria (amibe des piscines)
DISCICRISTATES
Trypanosoma
(maladie du sommeil)
Undaria