Transcript Introduction à l`informatique médicale

Introduction à l’informatique
médicale
Pr. F. Kohler
[email protected]
Domaine
de l’informatique médicale
• L’informatique « technologique »
– Embarquée dans le matériel médical : imagerie, traitement du signal,
automate de laboratoire, chirurgie assistée (robot)….
• L’informatique au service de la communication
– Télémédecine, Télésanté, @Santé : patient/PS, PS/PS
• L’informatique au service de la documentation et de la connaissance
– Base de données bibliographiques, système d’aide à la décision…
• L’informatique au service de la prise en charge coordonnée du patient
– Dossier médical partagé, système d’information…
• L’informatique au service de la santé publique
– Système de surveillance épidémiologique et d’alerte
• …
Toutes ces applications de l’informatique nécessitent l’emploi d’éléments
de langage médical partagé
Du langage naturel à un
langage standardisé
• Le langage naturel est :
– Spécifique à une langue
– Souvent ambigu :
• Synonymie
• Polysémie
– Contextualité :
« La petite brise la glace »
Le traitement et le partage de
l’information
• Nécessite une standardisation pour enlever toute
ambigüité
• Ceci concerne les différents champs de la santé :
– Diagnostics, Actes, Médicaments, Dispositif médicaux,
Etablissement de santé, Professionnel de santé
–…
• Ceci est impératif pour les traitements :
– Traduction dans différentes langues, Facturation,
Statistiques, Aide à la décision, Surveillance et Alerte
– ….
Un exemple
Madame X a été hospitalisée en urgence pour des
douleurs thoraciques rétrosternales caractéristiques
irradiant dans le bras gauche dont les premiers
épisodes remontent à 2 ans avec survenue à l'effort
ou au froid. Il n'y avait pas d'OAP. Les enzymes
cardiaques étaient élevées avec un tracé ECG
perturbé permettant d'affirmer le diagnostic
d'infarctus postérieur du myocarde.
Cette patiente, obèse (120KG), est porteuse d'un
diabète équilibré dont nous n'avons pas modifié le
traitement insulinique. Elle présente également une
hypercholestérolémie à 3,2 g/l.
Malgré nos recommandations, elle continue à fumer
environ 2 paquets de cigarettes par jour. Au niveau
gynécologique, elle a un syndrome
préménopausique assez bien toléré pour lequel
aucun traitement n'a été envisagé.
Dans les antécédents, on ne note pas d'IVG, mais
une HTA en 86. Le bilan habituel et le traitement par
angioplastie endoluminale de cet infarctus ont
permis de laisser sortir la patiente au bout de 15
jours.
Quel est le mode d’entrée ?
Quand a-telle été hospitalisée ?
« douleurs thoraciques
rétrosternales caractéristiques
irradiant dans le bras gauche » :
ANGOR
OAP : œdème aigu du poumon
HTA : hypertension artérielle ou
hystérectomie total par voie
abdominale
Bilan habituel ?
….
On peut faire mieux
• Hiérarchisation et synthèse
Madame X née le 10/03/1935 est hospitalisée du 10/03/09 au 25/03/09 en provenance de son domicile et
quittant l'entité pour un autre établissement de soins de suite et de réadaptation
Problème actuel ayant motivé le plus les soins
Infarctus postérieur aigu du myocarde avec
Angor ancien, tracé ECG perturbé caractéristique
Enzymes cardiaques élevées
sans
Œdème aigu du poumon ni insuffisance cardiaque
Autres problèmes actuels
Diabète insulinodépendant sans complications
Hypercholestérolémie
Tabagisme - Obésité par excès calorique
Syndrome préménopausique avec ménorragies
Problème passé pouvant avoir des conséquences
Hystérectomie totale par voie abdominale en 1986
Actes diagnostiques et thérapeutiques en Y:
Coronarographie
Angioplastie coronaire endoluminale
Et après ?
• Il faut coder
– Dictionnaire
• Dictionnaire des termes médicaux
– Classification
• CIM
– Nomenclature
• NGAP
– Thésaurus
• MeSH
Dictionnaire
• Recueil des mots d'une langue, des termes d'une science, d'un art,
rangés par ordre alphabétique, avec leur signification.
• Un dictionnaire de la langue, indique la définition, l'orthographe,
les sens et les emplois des mots d'une langue.
• Autres : dictionnaire de synonymes, un dictionnaire d'orthographe,
un dictionnaire de conjugaisons, un dictionnaire d'homonymes, un
dictionnaire de rimes, dictionnaires bilingues, voire multilingues.
• Ouvrages de type encyclopédique qui contiennent, classé par ordre
alphabétique ou thématique, tout ce qui concerne une science, un
art, des faits ou des noms :
– Un dictionnaire de mathématiques, un dictionnaire de médecine, un
dictionnaire d'économie, un dictionnaire d'informatique, un
dictionnaire de noms propres.
Classification
•
Système organisé et hiérarchisé de classification d' « objets ». *
– Suivant les objets considérés (les espèces vivantes, les maladies, les produits ou services, les
étoiles, les documents dans une bibliothèque...), se sont développés différents systèmes de
classification.
•
•
Les classifications sont utilisées dans tous domaines d'activités humaines. Les
classifications portant sur un domaine limité sont généralement bien admises par
les spécialistes du domaine.
Les classifications à vocation universelle ne peuvent faire abstraction d'un point de
vue et sont, de ce fait, l'objet de nombreuses critiques. Elles apportent cependant
un éclairage sur la nature de la connaissance.
– Dewey
•
•
Les classifications sont très importantes pour organiser les connaissances et le
travail de chacun au sein de l'ensemble. Classer les objets ou les connaissances,
c'est dire comment ils/elles se situent les un(e)s par rapport aux autres. Plusieurs
points de vue complémentaires peuvent être considérés.
Les classifications se distinguent en fonction du formalisme apporté soit aux
classes soit aux relations entre ces classes et à l'arborescence qui en résulte.
Nomenclatures
• Désigne une instance de classification (tableau,
liste, règles d'attribution d'identité...) faisant
autorité et servant de référence à une discipline
donnée.
• Le mot et l'idée viennent directement du latin
nomenclatura (1559). Le nomenclator était un
esclave qui clamait les noms des plats d'un dîner,
annonçait les personnes qui entraient.
• « inventaire des termes propres à un domaine
défini ».
Thésaurus
• Type particulier de langage documentaire.
• Constitué d'un ensemble structuré de concepts représentés
par des termes, pouvant être utilisés pour l'indexation de
documents dans une banque de données bibliographiques
ou dans un catalogue de centre de documentation, à des
fins de recherche documentaire.
• Deux types de termes composent un thésaurus :
– les descripteurs utilisés pour indexer un document ;
– les non-descripteurs qui ne peuvent pas être employés pour
indexer un document, et qui renvoient au descripteur à utiliser.
Ils sont utilisés à la recherche.
• MeSH
MeSH
Conditions d’un bon codage :
• Codage bi-univoque :
– Un seul terme ne désigne qu’un objet
– Un objet n’est désigné que par un seul terme
• Pas d'ambiguité
– ni par polysémie
– ni par homonymie
Classification Mono-Axiale
Ensemble d'objets à classer
Classes Principales
Classes
Filles
1er niveau
Dans une classe, le critère donné s’applique
à tous les éléments de la classe.
Les critère se succèdent dans un ordre
d’importance décroissante
Classes
Filles
2ème niveau
Multiaxial
Axe 1
(Nosologique)
Axe 2
(Topographique)
3
Combine des termes appartenant à des classes
différentes
Connections des termes de catégories
différentes par un langage ( type : est un ,a ,
traite, est causé par …)
Modificateurs
• Fonction d’adjectifs de la langue naturelle
–
–
–
–
Degré de certitude
Intensité , évolution
Assertion
…
Classification statistique internationale des maladies
et des problèmes de santé connexe (CIM)
• W. Farr (1839)
– First annual report. London, Registrar General of England and Wales
• "Les avantages d'une nomenclature statistique uniforme, même
imparfaite, sont si évidents qu'il est surprenant qu'aucune
attention n'ait été accordée à sa mise en vigueur dans les tables
mortuaires. En de nombreuses circonstances, chaque maladie a
été désignée par trois ou quatre termes, et chaque terme a été
appliqué à de nombreuses maladies différentes : des noms
vagues et impropres ont été employés, ou bien des complications
ont été enregistrées à la place des maladies primitives. Dans ce
domaine de la recherche, la nomenclature est d'une importance
aussi grande que les poids et mesures dans les sciences
physiques, et elle doit être établie sans délai."
Historique
==> proposition en 1855 d'une nomenclature divisée en 5 groupes
1. maladies épidémiques,
2. maladies constitutionnelles (générales),
3. maladies locales selon leur localisation
anatomique
4. maladies du développement
5. maladies conséquences directes d'un
traumatisme
Classification statistique internationale des
maladies et des problèmes de santé connexe
(CIM 10ième révision)
• Historique
– 1893 Jaques Bertillon. Nomenclature
internationale des causes de décès
– Élargissement progressif du domaine au-delà des
maladies et des traumatismes
– CIM 9 : 1975
– CIM 10 : Version actuelle utilisée en France
– CIM 11 : Travaux préparatoires en cours
Présentation de la CIM 10
– CIM 10 Mise en application 1/1/1993 version anglaise et
1/1/94 version française
– 3 volumes
• Volume 1 : Table analytique
–
–
–
–
Classification elle même
Classification de la morphologie des tumeurs (anatomopathologie)
Listes pour les mises en tableaux
Définitions, règlement
• Volume 2 : Mode d'utilisation
– Indications et instructions pour l'utilisation du volume 1
– Historique de la classification
• Volume 3 : Index alphabétique
– Index des chapitres I à XIX et XXI
– Index des causes de mortalité et de morbidité (Chapitre XX)
– Index des médicaments et produits chimiques
– Enrichissement nationaux (France : extension ATIH)
CIM 10 : Volume 1 – Analytique
• Mono-axiale :
– étiologie (maladies infectieuses, tumeurs)
– système (maladies cardio-vasculaires)
• 21 Chapitres :
– 19 chapitres pour coder la pathologie
– Plus :
• 1 chapitre : Causes externes de morbidité et de mortalité
• 1 chapitre : Facteurs influant sur l'état de santé et motif de
recours aux service de santé
• Une classification supplémentaire : M
"Morphologie" des tumeurs
CIM 10 : Volume 1 – Analytique
•
•
•
Code alphanumérique
– 1 lettre 3 Chiffres
– Lettre U réservée à des adjonctions, modifications, classifications
provisoires
Parois double code : Code † (étiologique) * (manifestation)
Présentation
– Titre du chapitre avec limite des codes
– Comprend (inclusion)
– A l'exclusion de
– Liste des groupes
– Puis sous titre des groupes et limites des codes
– Rubrique à 3 caractères
– Subdivisions
CIM 10 : Volume 1 – Analytique
•
Les 21 chapitres
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
1 : certaines maladies infectieuses et parasitaires (A00-B99)
2 : Tumeurs (C00-D48)
3 : Maladies du sang et des organes hématopoïétique et certains troubles immunitaires (D50-D89)
4 : Maladies endocriniennes, nutritionnelles et métaboliques (E00-E90)
5 : Troubles mentaux et du comportement (F00-F99)
6 : Maladies du système nerveux (G00-G99)
7 : Maladies de l'œil et de ses annexes (H00-H59)
8 : Maladies de l'oreille et de l'apophyse mastoïde (H60-H95)
9 : Maladies de l'appareil circulatoire (I00-I99)
10 : Maladies de l'appareil respiratoire (J00-J99)
11 : Maladies de l'appareil digestif (K00-K93)
12 : Maladies de la peau et du tissu cellulaire sous-cutané (L00-L99)
13 : Maladies du système ostéo-articulaire, des muscles et du tissu conjonctif (M00-M99)
14 : Maladies de l'appareil génito-urinaire (N00-N99)
15 : Grossesses, accouchement et puerpéralité (Ooo-O99)
16 : Certaines affections dont l'origine se situe dans la période périnatale (P00-P96)
17 : Malformations congénitales et anomalies chromosomiques (Q00-Q99)
18 : Symptômes, signes et résultats anormaux d'examens cliniques et de laboratoire, non classés ailleurs (R00-R99)
19 : Lésions traumatiques, empoisonnements et certaines autres conséquences de causes externes (S00-T98)
20 : Causes externes de morbidité et de mortalité (V01-Y98)
21 : Facteurs influant sur l'état de santé et motif de recours aux service de santé
CIM 10 : Volume 1 – Analytique
• Une classification hiérarchique
Notion de groupe
(Bornes des codes)
Chapitre 1
(Bornes des codes)
CIM 10
•••
Chapitre 21
•••
Catégorie 1
Catégorie 2
Catégorie n
3 caractères
1 lettre
2 chiffres
•••
•••
Extensions
OMS
ATIH
• Titre et bornes du
chapitre
• Contexte : exclusions /
inclusions avec bornes
des groupes
Exemple
• Double codage
(dague
astérisque)
• Classification
Exemple
Occupant d'un autobus blessé dans un accident de transport (V70-V79)
A l'exclusion de: minibus (V40-V49)
•
Mme X, passagère
d'un autobus est
blessée lors d'un
accident entre le bus
et une mobylette,
présente à l'entrée à
l'hôpital une fracture
ouverte de la
malléole externe (
S82 .6 .1)
.0 Fermée
.1 ouverte
Les subdivisions suivantes à quatre caractères s'appliquent aux
catégories V70-V78:
.0 Conducteur blessé dans un accident en dehors de la circulation
.1 Passager blessé dans un accident en dehors de la circulation
.2 Personne à l'extérieur du véhicule blessée dans un accident en dehors de
la circulation
.3 Occupant, sans précision, d'un autobus, blessé dans un accident en
dehors de la circulation
.4 Personne blessée en montant ou en descendant du véhicule
.5 Conducteur blessé dans un accident de la circulation
.6 Passager blessé dans un accident de la circulation
.7 Personne à l'extérieur du véhicule blessée dans un accident de la
circulation
.9 Occupant, sans précision, d'un autobus, blessé dans un accident de la
circulation
V70 Occupant d'un autobus blessé dans une collision
avec un piéton ou un animal
A l'exclusion de: collision avec un véhicule à traction animale
ou un animal monté (V76.-)
V71 Occupant d'un autobus blessé dans une collision
avec un cycle
V72 Occupant d'un autobus blessé dans une collision
avec un véhicule à moteur à deux ou trois
roues
V73 Occupant d'un autobus blessé dans une collision
avec une automobile ou une camionnette
Chapitre 21 : Facteurs influant sur l'état de santé et
motifs de recours aux services de santé (Z00-Z99)
– Contacts avec service de santé pour examens divers (Z00-Z13)
• exemple : Z00.6 Examen de comparaison et de contrôle dans le cadre d'un programme de
recherche clinique
– Risques liés à des maladies transmissibles (Z20-Z29)
• exemple : Z20.6 Sujet en contact avec et exposé au virus de l'immuno déficience humaine
[VIH]
– Motifs liés à la reproduction (Z30-Z39)
• exemple : Z30.0 Conseils et avis généraux concernant la contraception
– Recours pour actes médicaux et soins spécifiques (Z40-Z54)
• exemple : Z41.2 circoncision rituelle
– Santé menacée par conditions socio-économiques et psycho-sociales (Z55-Z65)
• exemple : Z59.5 Pauvreté extrême
– Autres motifs de recours aux serv. de santé (Z70-Z76)
• exemple : Z71.1 Sujet inquiet de son état de santé (sans diagnostic) "Bien portant inquiet"
– Antécédents personnels et familiaux et de certaines affections (Z80-Z99)
• exemple : Z85.0 Antécédents personnel de tumeur malignes des organes digestifs
Mise en tableau
• Liste pour la mise en tableau en vue de
statistique de morbidité et de mortalité
• Statistiques descriptives de mortalité et de
morbidité
• Suivi de la mortalité et de la morbidité
mondiale par l’OMS
Principe du codage
• Toujours utiliser les volumes alphabétique
et analytiques
• Ne pas interpréter
• Toujours vérifier dans l'analytique
• Toujours lire "Exclusion" et "Inclusion"
• Connaître les bornes de codes des chapitres
• Formation au codage
Utilisation de la CIM 10
• Statistiques internationales et nationales de
mortalité et de morbidité
– Certificat de décès
– Maladies à déclaration obligatoire
– Bilan d’activité des établissements de santé
• Programme de médicalisation des systèmes
d’information (PMSI)
– Court séjour : RUM et RSS
– SSR : RHS
– Psychiatrie : RIS
La description des actes
• La nomenclature générale des actes
professionnels (NGAP)
• La classification commune des actes médicaux
(CCAM)
• Le catalogue des actes de rééducation
réadaptation (CdARR)
• …
La NGAP
• Objectif : Tarification
– Repérer les actes réalisés par sages femmes et auxiliaires
médicaux et les actes intellectuels des médecins, chirurgiens
dentistes pour leur attribuer une notation en lettre clé
– La valeur de chaque lettre clé est fixée lors de la négociation de la
convention
• Commission de la nomenclature
– Etat : Ministère de la santé
– Assurance maladie
– Profession : syndicats médicaux et paramédicaux
Les Lettres clé
• Exemples
• Coefficients : nombre indiquant la valeur relative de chaque acte
CCAM : Codage, tarification et PMSI
Codes descriptifs de l’acte

1

codes supplémentaires


2 3 4
 
 


5
6
7
8
1 code de l’acte
2 code activité
3 code extension documentaire
4 code phase de traitement
5 et 6 Modificateurs
7 Association non prévue
8 Remboursement exceptionnel
•
Le système de codification :
un code semi-structuré de 7 caractères
calé sur la structuration des libellés
AA
 AA 
NNN
topographie
action
Accès
et/ou
technique
compteur
Evacuation de collection de la cavité pleurale, par thoracotomie sans résection costale :
GGJA002
Catalogue des actes de rééducation
réadaptation : CdARR
• Activités de rééducation-réadaptation (CdARR – BO N° 97/6
bis)
• Les actes sont classés dans 12 catégories
– Un acte appartient à une et une seule activité
• Structure du catalogue : code, libellé et définition
• Utilisation : PMSI champs SSR dans le recueil des activités
de rééducation, réadaptation :
– Chaque acteur recueille pour chaque patient les actes qu’il
réalise.
– Chaque semaine, par patient, il fait le cumul des temps des
actes qu’il a réalisé dans chacune des 12 activités
Typologie des aides au codage
•
•
•
•
•
Recherche de mots dans les libellés
Parcours d’arbre et hypertexte
Systèmes documentaires
Systèmes multiaxiaux
Réseaux sémantiques
Recherche de mots
dans les libellés
• Principe
– Recherche d’un texte littéral dans un libellé
• Application
– Codage dans le cadre d’un catalogue simple
• Limites
– Le libellé doit comporter l’ensemble de l’information utile
• Pas de tolérance orthographique
• Pas de possibilité de prendre en compte différentes
expressions d’un même concept
• Pas de possibilité de prendre en compte des
inclusions ou exclusions
Exemple des limites
• Comment coder un protéinurie orthostatique avec anomalies
glomérulaires mineures ?
– Recherche “Protéinurie orthostatique”
– Réponse N39.2 Protéinurie orthostatique, sans précision : Codage
imprécis => Conséquence sur la tarification
• Impossibilité de trouver
– N06- Protéinurie isolée avec lésions morphologiques précisée et
le 5ième caractère .0 : N06.0 Codage qui doit être utilisé
• Conclusions
– Intérêt limité dans le cadre de la CIM et de la CCAM
– CIM 10 et CCAM sur internet
Parcours d’arbre et hypertexte
• Principe
– Organisation hiérarchique avec présentation à chaque niveau des sous
niveaux
– Possibilité d’étendre l’arbre à des “liens” pour constituer un réseau de
type hypertexte
• Application
– Consultation en ligne de la CIM ou de la CCAM
• Limites
– Nécessité de connaître les principes d’organisation des classifications
et catalogue utilisés
– Pas de prise en compte des informations de l’index alphabétique pour
la CIM
• Exemple
– CIM 10 sur internet
Systèmes documentaires
• Principe
– Chaque code est indexé à l’aide des mots d’un thesaurus
comprenant non seulement les concepts du libellé mais
également ceux des inclusions et de l’index alphabétique
– Dans le thesaurus possibilité de définir des synonymes
(frères), des relations d’appartenance (fils)
– Possibilité suivant le langage d’interrogation de prendre en
compte les exclusions
• Application
– Toutes nomenclatures, classifications...
– Documentation scientifique
Systèmes documentaires
• Limites
– Liées à l’indexation des codes par les analystes de la
nomenclature
• Indexation manuelle / full texte
– Liées au thesaurus employé et aux relations existantes en
son sein
• Thesaurus personnel / MESH
– Liées au langage d’interrogation
• Interface en langage formel type ESAQuest / Interface en langage
naturel
– Exemple
• Aide au codage de certains logiciel commerciaux
Conclusions
• Nomenclatures et classifications imposées dans
le cadre réglementaire :
– CIM 10, CdARR, CCAM, NGAP
• Difficultés pour les nomenclatures et
classifications imposées de :
– Rendre compte des hyperspécialités
– Tenir compte des évolutions rapides des
connaissances et techniques (actes)
• Apport de l’informatique dans l’aide au codage