Transcript LA GALERIE API 20E

GALERIE API 20E : ensemencement,
lecture et interprétation
La galerie API 20 E
1- Présentation de la galerie
Galerie de 20 microtubes prêts à l’emploi permettant de réaliser 23 tests biochimiques afin
d’identifier des bacilles Gram – appartenant à la famille des ENTEROBACTERIACEAE.
Cupule
Microtube contenant le milieu déshydraté
1- GALERIE API 20E :
son ensemencement
La galerie API 20 E
1- Présentation de la galerie
Galerie de 20 microtubes prêts à l’emploi permettant de réaliser 23 tests biochimiques afin
d’identifier des bacilles Gram – appartenant à la famille des ENTEROBACTERIACEAE.
Cupule
Microtube contenant le milieu déshydraté
La suspension bactérienne introduite dans le tube dissout les substrats déshydratés.
Préparation de l’inoculum pour ensemencer la
galerie API 20 E
2- Préparation de l’inoculum
1 seule colonie
sur GO
isolement
Prélèvement
d’une souche pure
sur GNI
5 mL
d’eau
5 mL
d’eau
distillée stérile
distillée stérile
Souche pure sur GNI
Ensemencement de la galerie API
20E
3- Ensemencement de la galerie API 20 E
Introduire la suspension bactérienne dans chaque tube à l’aide d’une pipette Pasteur
stérile ouverte, pointe appuyée à l’intérieur et sur le côté pour éviter la formation de
bulles
Pour certains caractères:
Remplir de suspension le tube et la
cupule
Pour les tests :
CIT VP GEL
Remplir le tube de suspension puis Recouvrir
d’huile de paraffine
Pour les tests : ADH, LDC, ODC, H2S,
URE
2- GALERIE API 20E :
sa lecture
2-1- Les réactifs à ajouter pour la
lecture
Après 24h d’incubation à 37°C, cupules ans lesquelles on
doit rajouter des réactifs
4- Lecture de la galerie API 20 E
Chlorure
de fer III
Napht-1-ol
Naphtyl-1amine
2-2- Aspect des résultats positifs et
négatifs
Tests4-négatifs
Lecture de la galerie API 20 E
Les 10 premiers tests
Tests positifs après ajout des réactifs utiles
+ Réactif
TDA
+ Réactif
TDA
+ Réactif + Réactifs
Kovacs VP 1 et 2
+ Réactif + Réactifs
Kovacs VP 1 et 2
Les 10 derniers tests
Tests négatifs
Tests positifs
Après ajout des réactifs Nit 1 et Nit 2 : lecture de la NR (ici NR +)
2-3- Explication des résultats positifs
ONPG
Mise en évidence
de la béta-galactosidase
Substrat : ONPG
Réaction : ONPG + eau
Galactose + orthonitrophénol
jaune
ADH, LDC, ODC
Mise en évidence de :
- l'arginine désaminase
- lysine décarboxylase
- ornithine décarboxylase
Substrats :
- arginine (dans ADH),
- lysine (dans LDC)
- ornithine (dans ODC)
Rouge/Rose = +
Jaune/Orangé = -
Réactions : dégradations libérant
des produits basiques
Révélateur : rouge de phénol
Rouge/Orangé = +
Jaune = -
Citrate
Mise en évidence de la
dégradation du citrate comme
seule source de carbone.
Réaction : dégradation
consommant des H+, donc
responsable d’une alcalinisation.
Substrat : citrate
Révélateur : BBT
H2S
Mise en évidence de production
de sulfure
Substrat : thiosulfate de sodium
Révélateur : Fe3+
Résultat positif : présence d’un
précipité noir de sulfure de fer
Urée
Mise en évidence de la présence d'une
uréase
Substrat : urée
Réaction : urée + eau
d’où alcalinisation.
CO2 + 2 NH3,
Révélateur : Rouge de phénol
Lecture :
attention un orange clair sera -,
un orange foncé sera considéré comme +
TDA
Mise en évidence d'une tryptophane
désaminase
Substrat : Tryptophane
Produit obtenu : Acide indol
pyruvique
Révélateur : Réactif ajouté : Chlorure de fer III
donnant un produit marron foncé en
présence d’acide indol pyruvique
Indole
Mise en évidence d'une
tryptophanase
Substrat : Tryptophane
Produit : Indole
Révélateur : Réactif ajouté :
Kovacs (ou James)
Voges Proskauer
Mise en évidence de la production
d'acétoïne, de 2,3 butane diol et de
butane dione
Substrat : Pyruvate
Révélateur : Réactifs ajoutés :
VP1 et VP2
(1- naphtol et KOH)
TABLEAU DE LECTURE DE LA GALERIE MINIATURISÉE API 20E
Substrat :
ONPG
ONPG = OrthoNitro-PhénylGalactoside
ADH
LDC
ODC
Arginine
Lysine
Ornithine
CIT
Citrate
Utilisation du citrate
H2S
Thiosulfate de
sodium
Production d’H2S
Fe III
Lecture directe
URÉ
Urée
Uréase
Rouge de
Phénol
Lecture directe
Tryptophane
Tryptophane
désaminase
TDA
IND
Tryptophane
VP
Pyruvate de
sodium
GEL
Gélatine
GLU à
ARA
Substrat
carboné
(glucide)
=
zymogramme
NO2- / N2
Nitrates (NO3-)
Caractère recherché
Révélateur
Lecture directe ou indirecte
Test (si nécessaire)
Microtube
Béta
galactosidase
Arginine Dihydrolase
Lysine Décarboxylase
Ornithine Décarboxylase
Lecture directe
Rouge de
phénol
Lecture directe
BBT
Lecture directe
Lecture indirecte
Ajouter une goutte de réactif
chlorure de fer III
Tryptophanase ou
production d’indole
Lecture indirecte
Ajouter une goutte de réactif
Kovacs
production d’acétoïne
(3-hydroxybutanone
Lecture indirecte
Ajouter 1 goutte de VP1 et
VP2 Attendre 10 minutes
gélatinase
Utilisation de substrats
carbonés (glucides)
Nitrate réductase
Particules de
charbon
BBT
BBT
Lecture directe
Lecture directe
Lecture indirecte
Ajouter 1 goutte de NIT1 et
NIT2 et zinc éventuellement
Résultat
-
Résultat +
3- GALERIE API 20E :
son interprétation (identification de la
souche)
Validation et possibilité d’interprétation si :
– Cupule Glu +
– Ou 3 autres cupules au moins positives
Démarche d’identification :
- apporter la preuve que la bactérie
appartient bien à la famille des
Enterobacteriaceae (montrer qu’elle a les
7 caractères définissant la famille)
- identifier le genre, voire l’espèce :
* approche dichotomique, ou utilisation
de tableaux des caractères
* codage API
* approche probabiliste utilisant un
logiciel informatique
5- Identification de la souche
Lecture des résultats de la galerie :
-
5
2
1
5
7
7
+
+
3
Résultats reportés sur la fiche d’identification
Code n°: 5 215 773 (55)
Se référer au catalogue pour identifier la souche à l’aide du code
5
+
+
5
5- Identification de la souche (suite)
Méthode d’identification probabiliste
(p340 DTK)
• Le nom du micro-organisme est obtenu par un
calcul de probabilité
• A chaque caractère d’un micro-organisme donné
fait référence une probabilité d’être + ou –
• La probabilité que ce soit un taxon donné
correspond aux produits des probabilité
attribué à chaque caractère (si + = % de
positivité ou si - =100%-% de positivité)
= Le logiciel classe tous les résultats pour donner
le ou les taxons les plus probables.
typicité
Indice de typicité : comparaison entre le profil trouvé et le profil réel de la
souche