Transcript инструкция spdbv и белок COД

Федеральное агентство по образованию
Федеральное государственное автономное образовательное
учреждение высшего профессионального образования
«СИБИРСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ»
Институт фундаментальной биологии и биотехнологии
Кафедра биофизики
Инструкция
DeepView – The Swiss-PdbViewer
Display Modes
EC 1.15.1.1 Супероксиддисмутаза
Артеменко Карина
Красноярск 2014
Режимы отображения
3 режима отображения
Режим
Основные функции дисплея
Normal
Опорные, боковые цепи, ленты и молекулярные
поверхности отображаются как проволочный каркас
3D-rendering
Вторичная структура, поверхности
Stereoscopic
Стерео-изображение. Позволяет визуализировать
молекулы в реальном 3D.
2
• Display>Slab - Сечение изображения
• Глубину плиты можно регулировать
в Preferences> Display
superoxide dismutase
(Fe)
Normal and slab display.
3
Нормальный Режим отображения
• Этот режим используется по умолчанию для Mac и
Windows. Это позволяет быстро реальный
отображение времени и высокую частоту кадров
рендеринга. Таким образом, это наиболее
подходящий режим для простой работы.
• Этот режим позволяет применять все команды
DeepView, в том числе всех вычислений и
инструментам настройки.
• Под Preferences меню вы можете настроить
несколько вариантов, регулирующие внешний вид
молекул при нормальном дисплее.
4
3D - изображение
1. Use OpenGL Rendering - Отображаются Ленты и Поверхности
2. Render in solid 3D - Отображаются боковые цепи
5
6
Управление изображением
Preferences>Surfaces
Изменять цвет, насыщенность поверхностей
Preferences>Ribbons
Цвет, форма, размеры и т.д. лент
Preferences>3D Rendering
Размер, цвет и сглаженность атомов
7
Preferences>Ribbons
8
Гладкость
Количество граней,
используемых для описания
одной сферы
Количество граней,
используемых для описания
одного цилиндра
1
8
10
…
…
…
13
7200
58
9
Preferences>
3D Rendering
10
Другие 3D-функции, которые можно установить
в Preferences>3DRenderings включают в себя:
• использование сеток для рисования твердых
объектов: это сделает более хорошие, но медленные,
изображения
• реальное время показа твердых изображений
Наконец, нажав Preferences>3D Light , для
определения позиции и интенсивности до трех
источников света для освещения 3D визуализации.
11
12
Текущие ограничения OpenGL 3D визуализации
включают в себя:
• Mac только: изображения появляются в 256
цветах на экране (но они будут всегда экономиться
в миллионах цветов). Вы должны выделить
достаточный объем оперативной памяти для
программы, так чтобы все изображения (24 бита)
могли находиться в памяти.
• Изображения, больше, чем экран, не могут быть
предоставлены (для больших изображений следует
использовать POV-Ray).
13
POV-Ray изображение
• File>Save>Pov3 или File>Save>MegaPov
(то же самое как Pov3, но с еще более
гладкими цветами)
14
STEREOSCOPIC MODES
• Click Display>Stereo View: это включает вид
стерео и выключает.
• Swiss-PdbViever поддерживает три
различных стерео режима: красный и
синий (red and blue), бок о бок (side by side),
и аппаратное стерео (hardware stereo).
• Stereoscopic View Settings
Preferences>Stereo Display. По умолчанию
используется режим Side by side.
15
Red and blue
Отображаются красные и синие перекрывающиеся изображения.
Красное изображение вращается -2 градуса вокруг вертикальной
оси и синее изображения вращается +2 градуса:
Preferences>Stereo Display.
Угол поворота между
двумя изображениями
(2+2=4° по умолчанию).
16
Side by side
Левое изображение - изображение контроля. По умолчанию
левое изображение вращается –2 градуса вокруг
вертикальной оси, правое изображение +2 градуса:
17
Два фактора, корректируемые в диалоговом окне
Stereoscopic View Settings dialog, влияющие на“side
by side” стерео восприятие:
1. угол поворота в градусах
2. разделение в пикселях
18
Hardware stereo
Два режима стерео:
• Первый режим Above/Below стерео (AB). В этом
режиме экран разделен по вертикали на две части
(Выше/ниже). Левое изображение отображается в
верхней части экрана, а правое – нижней.
• Второй режим - истинный OpenGL стерео в окне.
Этот режим стерео использует способность OpenGL
для поддержки различных экранных буферов для
левого глаза и правого глаза. Этот режим является
более удобным, чем стерео формат (AB).
19
EC 1. -. -. - Оксидоредуктазы (катализируют
перенос электронов от одной
молекулы, восстановитель, на
другую ,окислитель).
EC 1,15. -. - Включает в себя ферменты,
которые действуют на супероксид- радикалов
в качестве акцепторов.
ЕС 1.15.1 -. Действует на супероксид в качестве
акцептора.
EC 1.15.1.1 Супероксиддисмутаза.
20
Супероксиддисмутаза
• Супероксиддисмутаза (СОД) -относится к
группе антиоксидантных ферментов.
• Вместе с каталазой и другими
антиоксидантными ферментами она
защищает организм человека от постоянно
образующихся
высокотоксичных кислородных радикалов.
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
• http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?
structureId=3TQJ
• Структура супероксиддисмутазы (Fe)
(SODB) от Coxiella burnetii
35