Transcript 정용진 - snubi
분자생물학 데이터베이스 - 역사적인 배경 - 2006년 3월 28일 정용진 분자생물학 데이터베이스의 발전 데이터베이스 종류 데이터 내용 예 문헌 데이터베이스 서지학적 인용 온라인 간행물 Medline(1971) 사실정보 데이터베이스 핵산서열 아미노산 서열 3차원분자구조 GenBank(82),EMBL(82) PIR(1968),PRF(1979), SWISS-PROT(1986) PDB(1971), CSD(1965) 모티프 라이브러리 분자분류 생화학 경로 PROSITE(1988) SCOP(1994) KEGG(1995) 지식기반 도서목록 데이타베이스 초록, 저자, 제목, 출판자, 색인단어, 분류 기호 2차 출판 목적 - 정보의 검색 - 사람들이 읽고 이해하기 위한 것 도서목록 데이터베이스 CA(Chemical Abstracts) - Chemical Abstracts Service (1907) - 화학적 문헌 BA(Biological Abstracts) - BIOSIS (1926) - 생물학적, 의학적 문헌 MEDLINE - NIH (1971) - National Center for Biotechnology Information (NCBI) (1988) MEDLINE by NCBI 사실정보 데이터베이스와 연결 - DNA, 단백질 서열, 3차원 분자구조 온라인으로 전문을 제공하는 출판사와 연결 무료사용 가능 (인터넷) 사실정보 데이타베이스 출판된 논문들에 관련된 실험데이터 집합 컴퓨터를 이용한 분석을 위해 사용 종류 - 아미노산 서열 데이터베이스 - 3차원 구조 데이터베이스 - 핵산 서열 데이터베이스 아미노산 서열 데이타베이스 국립 생명의학 연구재단(NBRF) - Margaret Dayhoff - NBRF protein sequence database PIR (Protein Information Resource) - 1984 by NIH PRF (Protein Research Foundation) - 1979 by Japan SWISS-PROT - 1984 by 제네바대학 3차원 구조 데이터베이스 PDB (Protein Data Bank) - 실험적으로 정해진 생물학적 거대분자 들의 3차원 구조 보관 - Protein, RNA, DNA 등의 구조데이터 - 1971 by BNL RCSB (1999) CSD (Cambridge Structural Database) - 유기화합물, 금속유기화합물 3차원 구조 - 1965 by CCDC 핵산 서열 데이터베이스 GenBank - 1982 by Los Alamos NCBI (1992) EMBL Database - 1982 by EMBL DDBJ (DNA Data Bank of Japan) - 1984 International Nucleotide Sequence Database Collaboration Flat File형식 Flat file system “파일들 사이의 관계를 지배하는 계층적 질서가 없는 파일 유지 관리 체계. 보조 기억 장치인 디스크 내에 저 장되어 있는 파일은 모두 각각 다른 이름을 가져야 한다. 각각 다른 디렉터리에 존재하더라도 2개의 파일이 같은 이름을 가질 수 없다. 매킨토시운영 체계의 초기 버전이 었던 매킨토시 파일 시스템(MFS)과 마이크로소프트 디스 크 운영 체계(MS-DOS)의 버전 1.X 등에서 단층 파일 체 계가 채용되었다. 계층적 파일 시스템(HFS)과 대칭된다.” GenBank & SWISS-PROT <그림2-2> 1) 명명법&서지학적 정보 2) Features table 3) 일차 서열 데이타 유전체 데이타베이스 - 생물종에 대해 특이적이며 주어진 생물종에 대한 유전적 지도, 물리적 지도, 핵산 서열, 그리고 아 미노산 서열과 같은 데이터 포함 - 생물학적 조직 유전체 구조, 기능 표현 <표2-4> - 기능 유전체학(functional genomics) - DNA chip, protein chip과 접목 지식기반(Knowledge Base) 사실정보 데이터베이스 내용의 표준화의 어려움에서 시작 단순한 검색보다는 추론을 목적으로 함 : 저장된 지식으로부터 새로운 지식 생성 PROSITE (1988) SCOP (1994) KEGG (1995)