生物科技的興起和應用範疇

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Transcript 生物科技的興起和應用範疇

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生命的化學
Organic chemistry
Biochemistry
Inorganic chemistry


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主題




基礎化學
生命的化學與生物分子
醇類、醣類、羧酸、脂類、核苷酸與核酸、氨基
酸與蛋白質


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物質







生命的構成和運作需要「物質」和「能量」。
物質依「組成」的不同,可分為「純物質」與
「混合物」兩大類。
質地均勻,具有一定組成與特性的物質,稱為純
物質 。又可分為「元素」與「化合物」兩類。
由「兩種或兩種以上的純物質」混合而成的物質,
稱為混合物。混合物可使用一般物理方法,分離
出各純物質。混合物又可分為「均勻混合物」與
「不均勻混合物」兩種。


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元素與化合物




元素(element) :僅由「一種原子」所構成的純物
質,又稱單質,如:金(Au)、銀(Ag)、銅(Cu)、鐵
(Fe)、氫(H2)、氧(O2)、氮(N2)等。元素無法利用
一般的物理方法與化學方法變成它種物質。
化合物(compound) :由「兩種或兩種以上原子」
化合而成的純物質,如:水(H2O)、食鹽(NaCl)、
二氧化碳(CO2)、葡萄糖(C6H12O6)、蔗糖
(C12H22O11)等。化合物可分為有機的(organic)和無
機的(inorganic)兩類。化合物可使用化學方法將它
變成其它物質。化合物的基本單元是分子
(molecule) 。 生物巨分子如核酸、蛋白質、多醣,
其結構通常很複雜。


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混合物的均勻與不均勻






均勻混合物:僅含一個「相」的混合物,如:空氣、
海水、高梁酒、血清、合金等。又稱『溶液』。
不均勻混合物:含二個或二個以上的「相」的混合
物,如:啤酒、血液、砂土等。
相( phase):物質系中均勻的部份,具有明顯的界
面而可與物質系中其餘部份區分者,如:氣相、液
相、固相。


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無生命物質與有生命物質






地球(含海洋、大氣)的化學元素組成:鐵
39.8%,氧27.7%,矽14.5%,鎂8.7%,鎳3.2%,
鈣2.5 %,鋁1.8%,硫0.6%,鈉0.4 %等。
地殼的化學元素組成:氧44.6 %,矽27.7%,鋁
8.1%,鐵5.0%,鈣3.6 %,鈉2.8 %,鉀2.6 %,
鎂2.1%等
人體的化學元素組成:氫63.0 %,氧25.5 %,碳
9.5 %,氮1.4 %,鈣0.31 %,磷0.22 %,鉀0.06
%,硫0.05 %,氯0.03 %,鈉0.03 %,鎂0.01 %
等。另有微量元素,包括鐵、錳、鋅、銅、硼、
鉬等。


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物質:元素(element)與原子(atom)









公元前四世紀,古希臘哲學家亞里斯多德相信,
各種形式的物質都是由火、空氣、水和土四種元
素按不同比例排列而成。
迄今已知元素超過109種,原子序1(氫)到92(鈾)為
自然存在,其餘約20種為人造。
元素由一種原子構成,每種元素都有獨特的化學
性質。
宇宙中大多數物質都由不同元素的化合物組成,
其構成份稱為分子。
每種物質都由稱為原子的微小粒子組成。每個原
子又由稱為次原子粒子的更小粒子組成。


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原子結構






除了穩定的氫原子之外,原子核包含質子(proton)
與中子(neutron),電子(electron)則在不同軌域圍
繞著原子核。
質子帶正電荷(+1.602 ×10 -19庫侖),中子不帶電,
電子帶負電荷(-1.602 ×10 -19庫侖)。
質子(質量為1.673×10-27公斤)和中子(質量為
1.675×10-27公斤)比電子(質量9.11×10-31公斤,為質
子的1/1836倍)重許多,原子量(atomic weight)主
要由原子核構成。


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與生物分子有關的重要原子


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化學鍵結







離子鍵:「失去電子的陽離子」和「獲得電子的
陰離子」相互吸引
共價鍵:共享的電子對 / 八隅體(octet) / 單鍵、雙
鍵、參鍵
金屬鍵:鬆散的電子海
氫鍵與凡得瓦力


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共價鍵


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化學符號、分子式、結構式


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水的化學






地球表面約70%被水覆蓋。生命誕生於原始海洋。
水是生物體最主要組成份,平均含水量60%~80
%。水是生命的第一需要。
水是良好溶劑。水有較高的比熱。固態水(冰)
的密度比液態水小。
水的解離與pH值
H2O ←→ H+ + OHpH = -log〔 H+ 〕
常溫常壓純水中〔 H+ 〕= 〔 OH- 〕= 10-7M
M = 莫耳 / 公升
莫耳 = 6.02×1023
〔 H+ 〕× 〔 OH- 〕= 10-14


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生物體內的微量元素(礦物質)






骨骼、牙齒的構成者,如鈣、磷
細胞生理功能的維護者,如鈣、鉀、鈉、氯
有機大分子的關鍵作用者,如鎂(葉綠素)、鐵(血紅
蛋白)、銅(血藍蛋白)、鈷(維生素B12)、鋅(DNA聚
合酶和RNA聚合酶)、鉬(固氮酶)
活躍代謝調節者,如硒、鍺、硼


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生物體內的無機鹽





一般以離子狀態存在(Na+、K+、Ca2+、Cl-、
HCO3-、OH-、HPO42-)。與水有關。
維持滲透壓平衡:食鹽NaCl
維持pH值平衡:碳酸H2CO3←→H+ + HCO3-


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碳的化學:有機化學(organic chemistry)
/生物化學(biochemistry)


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生物分子(biomolecule)中重要的官能基
(functional group)與鍵結種類(bond type)-1







氨(胺)基(amino group):中性pH值帶正電
羥基(hydroxyl group):醇類(alcohols);增加對
水溶解度;易與氨基形成氫鍵
羧基(carboxyl):水中呈酸性;中性pH值帶負電;
形成離子鍵或酯鍵(ester bond)
碳氧基(carbonyl group):酮基(keto group)或醛
( aldehyde);易與羥基形成氫鍵


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生物分子(biomolecule)中重要的官能基
(functional group)與鍵結種類(bond type)-2






硫氫基(sulfhydryl group):主要存在蛋白質中;
易與Zn2+結合;雙硫鍵(disulfide bond)
醯胺基(amide group):主要存在蛋白質中;其
中的C-N鍵稱為胜肽鍵(peptide bond);其中的O
與H常參與氫鍵
磷醯基(phosphoryl group)或磷酸酯(phosphate
ester):帶負電;核酸(nucleic acid)分子中的磷
酸二酯(phosphodiester)


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生物中的主要有機分子










醇類(alcohols):乙醇(ethanol)、甘油(glycerol)
醣類(sugars):核糖(ribose)、葡萄糖(glucose)、
蔗糖(sucrose)、澱粉(starch)
羧酸(carboxylic acids):醋酸(acetate)、乳酸
(lactate)、丙酮酸(pyruvate)、檸檬酸(citrate)、
脂肪酸(fatty acids)
脂類(lipids):油脂(oil and fat)、磷脂
(phospholipid)、固醇(sterol)
核苷酸(nucleotides)與核酸(nuclic acids):
ATP(adenosine triphosphate)、
DNA(deoxyribonucleic acid)、RNA(ribonucleic
acid)
氨基酸(amino acids)與蛋白質(proteins):多胜肽
(polypeptide)


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醣類(sugars)






含有一個碳氧基的多羥基分子(polyhydroxyl
molecule)
單糖(monosaccharide)依碳原子數目分為三碳糖、
四碳糖、五碳糖(如木糖、核糖)、六碳糖(如葡
萄糖、果糖)、七碳糖等,又稱為碳水化合物
Cx(H2O)x
再依分子中單糖單元的數目分為雙糖
(disaccharide,如蔗糖、乳糖)、寡糖
(oligosaccharide)、多糖(polysaccharide)


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醣類


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重要的多醣







澱粉(starch):直鏈澱粉(100 ~ 1000個葡萄糖,
α-1,4鍵結)、支鏈澱粉(分支點鍵結α-1,6,平均
間隔25個葡萄糖,支鏈含15 ~ 25個葡萄糖,總
共300 ~ 6,000個葡萄糖)
肝糖(glycogen):類似支鏈澱粉,分支較頻繁(分
支點平均間隔8 ~ 12個葡萄糖)且支鏈較短,但整
個分子較大(可達50,000個葡萄糖)
纖維素(cellulose):葡萄糖以β-1,4鍵結連結而成
的直鏈聚合物,(從約300 到超過15,000個葡萄糖)
幾丁質(chitin):N-乙醯基葡萄糖胺(葡萄糖第二
號碳上的羥基被乙醯胺基取代)以 β-1,4鍵結連結
而成的直鏈


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醣類的功能







供給能量:葡萄糖
儲存能量:澱粉、肝糖
代謝中間物
細胞膜的構成份:醣脂、醣蛋白
細胞壁的構成份:肽聚醣、脂多醣、纖維素
支撐生物體:纖維素、幾丁質(甲殼素)


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羧酸


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脂類


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脂類的功能





儲存能量、保護組織:三酸甘油脂
構成細胞膜:磷脂
增強細胞膜:固醇
製造荷爾蒙(雌性素及睪固酮)、維生素D的原
料:膽固醇


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核苷酸
ATP是細胞的
能量貨幣:
細胞生成ATP
供代謝、生
長之用;ATP
水解產生
ADP + Pi並釋
放能量


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核苷酸
NAD+ 參與脫氫
反應,產生
NADH + H+;
NADPH + H+ 參
與還原反應,產
生NADP +


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核酸


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鹼基


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DNA


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核酸的功能








地球生物體的遺傳物質(遺傳信息儲存所):絕
大多數生物(RNA病毒除外)以去氧核糖核酸
(DNA)為本體。
細胞內遺傳信息的傳遞物質:信差核糖核酸(mRNA)
參與蛋白質合成:核糖體核糖核酸(r-RNA)、攜
帶者核糖核酸(t-RNA)
調節基因的表達:小干擾核糖核酸(siRNA)


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氨基酸

R


H-C-COOH

NH3


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胜肽鍵與多胜肽


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蛋白質的結構






一(初)級結構:蛋白質中胺基酸的順序
二(次)級結構:α-螺旋狀體(α-helix)、β-結構
(β-structure)
三級結構:蛋白質的摺合
四級結構:蛋白質由二個以上的胜肽鏈(次單位)
組成時


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蛋白質的功能





生物體內各種反應的催化劑,酵素
生物體內的結構成分,如動物的肌肉、皮膚、毛

生物體內活性成分,如介白素(interleukin)、抗體、
荷爾蒙(生長激素、胰島素)、細胞表面受器
(乙醯膽鹼受器 )


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化學反應改變鍵結




碰撞理論與活化能、可逆反應與化學平衡
反應速率與催化劑、生物催化劑與酵素(酶)


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與環保有關的化學




溫室效應氣體:二氧化碳CO2、甲烷CH4
生物可降解塑膠PLA
可再生能源biodiesel


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聚乳酸(polylactic acid or polylactide,
PLA)









Biodegradable, thermoplastic, aliphatic polyester
derived from renewable resources
玉米澱粉、蔗糖 →細菌醱酵 → 乳酸(lactic acid)
2 lactic acid → dimerization → lactide
lactide → polymerization → polylactide

PLA在堆肥工廠中可在三個月內分解,垃圾掩埋
場的情況不明。


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生物柴油(biodiesel)






Diesel-equivalent processed fuel derived from
biological sources (such as vegetable oils) which can
be used in unmodified diesel-engine vehicles
Oil or fat (triglyceride) + methanol or ethanol →
transesterification → methyl esters or ethyl esters

一般柴油引擎可直接使用B20 (20%生物柴油混合
80%石油柴油;修改過的引擎甚至可使用純的生
物柴油 (B100)