Exploiter des images avec le logiciel EZ-Rhizo Les icônes de la barre d’outils Installation du logiciel Télécharger

le logiciel sur le site : http://www.psrg.org.uk/plant-biometrics.html

On télécharge un logiciel d’installation

EZ setup.exe

Lancer

le logiciel d’installation A la fin

accepter

l’installation de Easy PHP (gestionnaire de données). Attention, ne fonctionne que sous XP !

Lancer

le logiciel à partir de l’icône créé sur le bureau.

Traiter une image Ouvrir une image : File/Open

: charge une image en .

bmp

; l’image apparait sur l’écran.

Convertir l’image en noir et blanc :

Cliquer sur

black and white

. Choix d’une valeur seuil d’élimination des pixels entre 0 et 255.

60

.

Eliminer le bruit de fond :

Cliquer sur

Remove noise

. Choix « gaussian -2 »

Retoucher l’image :

Le logiciel ne reconnait les racines que si elles sont continues.  Dilater les pixels pour visualiser les défauts de l’image : cliquer sur

Dilate.

 Passer à la fonction couper un segment cadre

Re touch

: les discontinuités sont visibles. Utiliser un pinceau blanc (bouton gauche de la souris) pour reconnecter des discontinuités dans le réseau racinaire ou un pinceau noir (bouton droit de la souris) pour séparer des racines enchevêtrées ou qui n’appartiendrait pas à la racine (morceau de tige au dessus du collet). La taille du pixel peut être choisie (prendre la taille la plus fine). Pour plus de précision, on peut augmenter le grossissement (magnification) et déplacer l’image dans le (Up, Right, Left, Down). Lorsque l’image est « réparée, cliquer sur OK pour valider.

Identification des racines :

 Supprimer les pixels de bordure afin d’avoir un squelette d’un pixel d’épaisseur : cliquer sur

Skeletonise.

 Identifier tout objet constitué de pixels contigus et qui peut être considéré comme racine : cliquer sur

Find roots

(un ensemble de  pixels en connexion est figuré dans une même couleur). Possibilité de revenir à la fonction retouche autant de fois que nécessaire (Dilate puis Skeletonise). Accepter ou refuser les racines détectées : cliquer sur

Confirm roots

(o n peut refuser deux fragments d’une même racine non connectés mais il est, à ce stade, trop tard pour revenir à la retouche).

Enregistrement des mesures :

Mesurer et stocker les paramètres du réseau racinaire dans un fichier .bmp .txt. (exemple : lent_j15_200.bmp.txt) : cliquer sur

experiment

. Préciser le nom d’utilisateur, le nom de l’expérience… (A noter que « média » désigne le milieu de culture !)

Save

Remarque : les fichiers .bmp.txt sont stockés dan un répertoire « d’analyses.

results

» cré é à l’installation du logiciel (souvent dans le même dossier que celui où l’on a installé Ez-Rhizo). Vider ce répertoire (après en avoir fait une sauvegarde) lorsqu’on souhaite faire une nouvelle série Le fichier créé pour un échantillon est lisible avec un éditeur de textes.

Voir annexe 1.

Traiter les données avec le gestionnaire de données (Easy PHP) Exemple de données

Exemple de contenu d’un fichier .bmp.txt

lent_j25_100.bmp User name: jy Experiment name: 4 Box name: len4 Genotype: lentille blonde Media: scan Age of plants: 25 day(s) after germination Number of plant: 1 scale 0.025400 Root 1: Main root length: 7.292224 Main root vector: 6.560312 Main root angle: 2.673348 Number lateral root(s): 3 R1-LR2: Length: 3.891925 Position: 0.545726 R1-LR2-LR1: Length: 0.198842 Vector: 3.257194 Position: 0.245284 Angle: 23.139462 Vector: 0.186044 Number secondary root(s): 4 Angle: -108.434949 Number secondary root(s): 0 0 0 R1-LR2-LR2: Length: 0.061321 R1-LR2-LR3: Length: 0.086721 Position: 0.714810 Position: 0.970615 Vector: 0.061321 Vector: 0.082196 Angle: -45.000000 Angle: -63.434949 Number secondary root(s): Number secondary root(s): 0 R1-LR2-LR4: Length: 0.713005 Position: 2.556994 Vector: 0.672975 Angle: 11.309932 Number secondary root(s): R1-LR3: Length: 1.535578 R1-LR4: Length: 0.025400 Position: 1.076573 Position: 2.199589 Vector: 1.393232 Vector: 0.025400 Angle: -15.068488 Angle: 0.000000 Number secondary root(s): 0 Number secondary root(s): 0

Intérêt du logiciel

A l’installation de EZ –Rhizo, un répertoire Easy PHP s’est créé. On y trouve un easyPHP.exe qui lance le gestionnaire de données. Objectif : réaliser un traitement statistique des données l’étude.

à partir d’un nombre signification de mesures. Sélectionner les données intéressantes pour

Traiter une image Transférer les données vers la base de données :

 Lancer Easy-PHP.

Refuser l’installation d’une nouvelle version

(incompatible avec Ez-Rhizo).  Lancer Ez-Rhizo.  Cliquer sur

Add Data : Ne pas donner de mot de passe (OK).



Sélectionner

le répertoire

« results »

.bmp.txt

.

Le stockage de données contenues dans « results » est confirmé par

« data correctly inserted »(OK).

Créer un fichier de données exploitable sous Excel (ou autre tableur) :

Cliquer sur

Inquire :

sélectionner le répertoire dans lequel vous souhaitez retrouver les données et nommer ce fichier en .csv = données en séquences séparées par des virgules. Cliquer sur

Enregistrer . Sélectionner

les données que vous souhaitez voir figurer dans le fichier

.



données générales : important

: âge ou le milieu , 

Racine principale, racine secondaire

: choisir, 

Autres paramètres :

les dimensions des zones basales ramifiées ou apicales, la dimension totale de la racine, etc.… L’opération est confirmée par

« Request done » OK :

on peut retrouver le fichier dans le répertoire spécifié (ex :

publication.csv).

Enregistrer le fichier au format Excel (.xls par exemple).

Remarque

: s’il existe des données redondantes (imperfection du logiciel ou répertoire « results » mal vidé), supprimer les lignes superflues.

Exploiter des données dans un tableur :

  Organiser des données ( fichier .csv) sous Excel : Ouvrir le fichier .csv et le mettre au format exploitable dans votre tableur : Sélectionner la colonne A (clic en haut de la colonne sur A)  Choisir «

données

» puis «

convertir

»,  Choisir «

type de données d’origine

» :

délimité

puis

suivant

,  Choisir «

séparateurs

» :

virgule

puis

suivant,



Choisir «format des données » : standard

,  puis

« avancé » : séparateur de décimales :

choisir le point

« . »

puis

OK

puis

terminer.

 Les données s’organisent dans le tableau  Enregistrer le fichier au format Excel (.xls par exemple).  Tous les traitements opérables par un tableur-grapheur sont possibles.

Courbe de croissance de la racine principale dimension en cm ou nombres

9,80

lentille blonde

13,80 15,33 15 20

Age

25 30 15,96 longueur racine principale