Transcript 3D 表示 - National Alliance for Medical Image Computing

Slicer3チュートリアル
Sonia Pujol, Ph.D.
Surgical Planning Laboratory
Harvard Medical School
Sonia Pujol, PhD
National Alliance for Medical Image Computing
Neuroimage Analysis Center
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Slicer3チュートリアル
このチュートリアルはSlicer3
における3Dでのビジュアライ
ゼーションを簡潔に紹介
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Slicer3
• 画像解析のためのエンドユ
ーザー向けアプリケーション
• オープンソースソフトウェア
• 臨床研究と工学研究の両者
に卓越したソフトウェア環境
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ダウンロード
• Slicerの対応しているOS環境はWindows, Linux, Mac
OSX.
• 下記のwebサイトよりダウンロード
→http://www.slicer.org/pages/Special:SlicerDownloads
免責条項
使用者は添付ライセンス内の内容と関連法に遵守してslicerを使用すること
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ダウンロード
ダウンロードのタイプとして
‘Stable Releases’を選択
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ダウンロード
ダウンロード先のPCのOSを選択
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ダウンロード
“Slicer3-3.4”の最新版を選択
し,Downloadをクリックする
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トレーニングデータ
このチュートリアルで使用するトレーニングデータ：
Slicer3minuteDataset.zipを下記のwebサイトからダウンロード
→http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Slicer3.4:Training
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トレーニングデータ
• Slicer3 minute dataset
– 脳のMR画像
– 解剖学的な構造の3D再構成
• この脳データはTalos等によって作成
されたSPLの脳アトラスの一部
– 脳アトラスの詳細
http://www.spl.harvard.edu/publications/item/view/1265
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起動
・Linux/Mac ユーザー
Slicer3.4のディレクトリ
にあるSlicer3の実行ファイル
を起動
・Windows ユーザー
『スタート→
すべてのプログラム→
Slicer3 3.4 2009-05-21→Slicer3』
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Slicer Welcome
SlicerWelcomeモジュールは
デフォルトモジュール
→特徴
・Slicer3のGUIの概観
・データの読み込み,保存
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3Dシーンの読み込み
Fileメニューより,
『File→Load Scene』
を選択
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3Dシーンの読み込み
•Slicer3MinuteDatasetディレクトリを選択し,シーン
ファイルであるslicer3minute.mrmlを選択.
•そのシーンを読み込むためにOpenをクリック.
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3Dシーンの読み込み
Slicerは3D Viewerにおいて,頭部
の3Dモデルを,2D Viewerにおい
て,脳のMR画像の各断面におけ
るスライスを表示
3D Viewer
2Dスライス
Viewer
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3Dシーンの読み込み
•画面左上に存在するModulesを左クリック
•All Modulesを選択
• 画像解析や3D表示のための95個のモジュールのリ
ストを表示
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3Dシーンの読み込み
•Modulesより,Modelモジュールを選択.
• ツールバーにおける
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アイコンをクリック.
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3Dシーンの読み込み
SlicerはModelsモジュールの
GUIを表示
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3D表示
•3D Viewer上にマウスポ
インタを移動
•マウスの左ボタンを押し
続ける
•ドラッグすることで,モデ
ルデータを回転
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3D表示
３D Viewerにおいてアキシャル断面にお
けるスライスを表示するために,Slice
Visibility アイコンをクリック
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3D表示
•モデル階層においてSkinモデル
(Skin.vtk)を選択.
•モデルのオパシティ(不透明度)を
1.0から0.0に変更.
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3D表示
3D Viewerにおいて頭蓋骨と眼球の
モデルが肌のモデルを通して現れる
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3D表示
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3D表示
3D Viewerにおいて,コロナル断面に
おけるスライスを表示するために
Slice Visibility
アイコンをクリック
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3D表示
モデル階層において,3D頭蓋骨モデル
(skull_bone.vtk)を選択し,Clippingの
チェック欄にチェックを入れる
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3D表示
脳の白質や,左右の視覚神経の3Dモデルを表示す
るために,コロナル断面におけるスライスをスライド
バーによってスライドさせる
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3D表示
モデル階層において,hemispheric_white_matter.vtk
を選択し,そのVisibilityのチェック欄を外す.
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3D表示
脳のMR画像からオーバーレイされた視
神経,視神経交叉,視索(視神経交叉と脳
を結ぶ通路)を表示
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3D表示
•Windows/Linuxユーザー
3D Viewer上にマウスポイ
ンタを移動させ,マウスの
右ボタンを押し続けたま
ま, マウスを下へ移動さ
せるとズームして見ること
ができる
•Macユーザー
3D Viewer上にマウスポインタを
移動させ,アップルボタンを押し
続けたまま,マウスを下へ移動
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させるとズームして見ることが
できる
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3D表示
MR画像における2Dの
スライスにおいて,オー
バーレイされた3Dの解
剖学的構造をより現実
味を帯びた外観として
表示
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Slicer3チュートリアル
• オープンソースソフトウェア
• 95個の利用可能な機能と組み込
まれたライブラリは280万行以上
で表されている
• 臨床研究と工学研究の両者に卓
越したソフトウェア環境
[email protected]
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謝辞
National Alliance for Medical Image Computing
NIH U54EB005149
Neuroimage Analysis Center
NIH P41RR013218
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翻訳
スライド翻訳：木西 基 **
監守：波多 伸彦 *
* Surgical Plannninng Laboratory, Harvard Medical School
** 知的画像処理研究室, 立命館大学
Sonia Pujol, PhD
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