Transcript 슬라이드 1 - About | BIKE

LexGrid 기반
보건의료 용어체계의 관리
2009.05.20
정상원
서울대학교 의생명지식공학연구실
목차
1
LexGrid 개요
2
LexGrid 모델
3
LexGrid기반의 개념 매핑
4
매핑이슈
이 발표자료는 LexGrid문서, Harold Solbrig와 Christopher
Cute의 발표자료를 참고하여 작성한 것입니다.
2
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
목차
1
LexGrid 개요
2
• 개요
LexGrid
모델
3
4
• 비전
• 컴포넌트
• 포맷
LexGrid기반의
개념매핑
• UMLS vs LexGrid
• LexGrid Node
매핑 이슈
3
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
1.LexGrid 개요
• LexGrid  Lexical Grid Project (Mayo Clinic)
• 통제어휘집 및 온톨로지의 저장, 배포을 위한 공통
의 데이터 모델, 서비스, 도구
• 모델: 다양한 소스포맷의 용어체계를 수용할 수 있
음 Open Biomedical Ontologies (OBO)
Web Ontology Language (OWL)
UMLS Rich Release Format (RRF)
Ontylog XML (Apelon) Format
XMDR:
eXtendedXMDR의
MetaData Registry
• ISO
11179의
핵심 모델로 제안됨
4
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
1.LexGrid 개요
공통의 모델
Grid
Knowledge
Organization System
공통 API
Editor
Browser
Im(Ex)porter
Terminologies
Thesauri
Taxonomies
Ontologies
5
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
1.LexGrid 개요: 용어체계 관리비전
Index
Index
Index
API
Books
PDF
Lists,
Tables
review
로컬확장
1.LexGrid 개요: 용어체계 관리비전
CommonServer
Semantic
Mapping
Import
10/22/2008
Common Data
Model Semantic
Semantic
Mapping
Mapping
Import
Import
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
1.LexGrid 개요: LexGid의 컴포넌트
RRF
OBO
OWL
Registry
LexGrid
Service Index
XML
Text
편집기
Browse and
Edit
조회/편집
Import
반입
브라우저
질의도구
LexGrid
Node
Export
반출
Data
Embed
Text
XML
Protégé
OBO
Index
S
e
r
v
i
c
e
s
Lex*
L
e
x
B
I
G
CTS
Web
Clients
Java
.NET
...
1.LexGrid 개요: LexGrid의 포맷
삭제 지원하지 않음
2009.01 ~
마스터 표현형식
(XML Schema)
RRF
9
LexGrid기반
* EMF: Eclipse Modeling Framework
보건의료 용어체계의 관리
1.LexGrid 개요: LexGrid의 포맷
10
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
1.LexGrid 개요: UMLS vs LexGrid
UMLS
LexGrid
관리방식
중앙집중형 관리
통합 및 확장
통합 및 상호참조 로컬 확장 및 추가
내용
표준 의료용어체
계 수용
11
분산형 관리
표준, 비표준, 실험
용어체계, 비임상 용
어체계(온톨로지)
수용
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
1.LexGrid 개요: LexGrid Node
• LexGrid Node: LexGrid 모델에 의미적으로 충
실한 Coding Scheme(용어체계) 정보를 수록
하고 있는 소프트웨어 및 데이터 저장소
LexGrid
Node
DataStore
12
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
1.LexGrid 개요: LexGrid Node의 분산
LexGrid
Node
DataStore
LexGrid
Node
DataStore
SNOMED-CT
http://snomed.org
KOMET Codes
http://voca.snu.ac.kr
LexGrid
Node
DataStore
NCI Thesaurus
http://nciterms.nci.nih.gov
13
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
1.LexGrid 개요: Node간의 연계
LexGrid
Node
DataStore
LexGrid
Node
DataStore
SNOMED-CT
http://snomed.org
KOMET Codes
LexGrid
Node
DataStore
http://voca.snu.ac.kr
Node간의 연계
NCI Thesaurus
http://nciterms.nci.nih.gov
14
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
1.LexGrid 개요: Node간 데이터 복제
(1) 서비스 가입
LexGrid
Node
DataStore
KOMET
http://voca.snu.ac.kr
(2) 갱신
Master
LexGrid
Node
DataStore
KOMET
http://voca.xmdr.org
Image
15
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
1.LexGrid 개요: Node간 탐색 (breast)
ICD-9
FMA
MeSH
16
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
목차
1
LexGrid 개요
2
LexGrid 모델
3
• Top Level 개념 매핑
LexGrid기반의
4
• Service
• Value Domains
매핑이슈
• Coding Schemes
• LexGrid Editor
17
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Top Level
1..*
1..*
codingScheme
1..*
codedEntry
systemRelease
1..*
valueDomain
0..*
relation
18
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Top Level
1..*
1..*
codingScheme
1..*
codedEntry
systemRelease
1..*
valueDomain
0..*
relation
19
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Service
• LexGrid 자원의 집합체
• coding Schemes과 Value
domains을 표현하는 서비
스
WEB
SERVICES
WEB
SERVICES
20
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Service: Index
21
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Service: Index
22
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: History
서비스 이력
1..*
1..*
codingScheme
1..*
codedEntry
systemRelease
1..*
valueDomain
0..*
relation
23
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: History
SNU
http://voca.snu.ac.kr
2008-05-19
24
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Value Domains
1..*
1..*
codingScheme
1..*
codedEntry
systemRelease
1..*
valueDomain
0..*
relation
25
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Value Domain
ISO country code
• 개념(Korea)과 개념표
현물(KR)의 순차목록
• 전세계적으로 유일, Urn:ISO-3166-alpha-2 code
URN은 registeredName
속성으로 정의함.
• 로컬이름(sex code)은
Urn:ISO-3166-alpha-2
서비스 자체의 value
domain (sex)을 식별함.
• 성별  Sex code N
KR, US, JP…
– 1: 남 2: 여
26
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
EN
2.모델: Value Domain: 11179 (MDR)
Data
Element
Concept
Name: Country Identifiers
Context:
Definition:
Unique ID: 5769
Conceptual Domain:
Maintenance Org.:
Steward:
Classification:
Registration Authority:
Others
Algeria
Belgium
China
Denmark
Egypt
France
...
Zimbabwe
Data Elements
Name:
Context:
Definition:
Unique ID: 4572
Value Domain:
Maintenance Org.
Steward:
Classification:
Registration
Authority:
Others
Algeria
L`Algérie
DZ
DZA
012
Belgium
Belgique
BE
BEL
056
China
Chine
CN
CHN
156
Denmark
Danemark
DK
DNK
208
Egypt
Egypte
EG
EGY
818
France
La France
FR
FRA
250
...
...
...
...
...
Zimbabwe
Zimbabwe
ZW
ZWE
716
ISO 3166
French Name
ISO 3166
2-Alpha Code
ISO 3166
3-Alpha Code
ISO 3166
3-Numeric Code
ISO 3166
English Name
2.모델: Value Domain(예: ISO MDR)
Conceptual
Gender
Domain
femail
male
Conceptual Domain
Value Domain
System1
Gender
Domain
System2
lGender
Domain
“femail”
“F”
“male”
“M”
28
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coding Schemes
1..*
1..*
codingScheme
1..*
codedEntry
systemRelease
1..*
valueDomain
0..*
relation
29
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coding Scheme
Logical 정보
Lexical 정보
cd codingSchemes
Coding
Scheme
describable
codingScheme
용어체계
Concepts
+concepts
+relations
0..1
describable
concepts::concepts
개념
0..*
Relations
relations::relations
관계
+concept1..*
+association1..*
versionableAndDescribable
describable
concepts::codedEntry
relations::association
Properties
+property
개념의 속성
0..*
+sourceConcept 0..*
concepts::property
relations::
associationInstance
개념의 표현속성
출발개념
+targetConcept0..*
associatableElement
concepts::presentation
개념의 정의속성
concepts::comment
relations::associationTarget
concepts::definition
개념에 대한 주석속성
목표개념
2.모델: Coding Scheme
cd codingSchemes
describable
codingScheme
+concepts
+relations
0..1
0..*
describable
concepts::concepts
relations::relations
+concept 1..*
versionableAndDescribable
+association 1..*
describable
concepts::codedEntry
relations::association
+property
0..*
+sourceConcept
0..*
concepts::property
relations::
associationInstance
+targetConcept 0..*
associatableElement
concepts::presentation
concepts::comment
relations::associationTarget
concepts::definition
31
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coding Scheme
로컬 이름
최초공개 여부
수정공개 여부
출처
저작권
Namespace
스킴이름:KOMET
공식명칭:
Korean Medical Terminology
속성
등록된 이름:komet.or.kr
개념
기본언어:Ko
관계
용어체계 버전:1.0
원본 여부
수록된 개념의 수:20,000
32
버전LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coding Scheme
cd codingSchemes
Coding
Scheme
describable
codingScheme
용어체계
Concepts
개념
+concepts
+relations
0..1
concepts::concepts
0..*
describable
Relations
relations::relations
관계
+concept1..*
versionableAndDescribable
concepts::codedEntry
describable
relations::association
Properties
개념의 속성
+association1..*
+property
0..*
+sourceConcept 0..*
concepts::property
relations::
associationInstance
+targetConcept0..*
associatableElement
concepts::presentation
concepts::comment
relations::associationTarget
concepts::definition
33
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coding Scheme: Mappings
• 개념간 매핑이 아님
• 용어체계에서 지원하는 여러 속성
들의 NameSpace (URI)를 지정하
는 역할
supportedCodingScheme
= “http://koterm.snu.ac.kr”
34
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coding Scheme: Mappings
지원하는 관계
지원하는 언어
지원하는 맥락
지원하는 포맷
지원하는 관계 한정자
지원하는 속성
지원하는 개념의 상태
지원하는 코딩스킴
지원하는 개념의 형식(명사, 형용사)
지원하는 속성간의 관계
(약어, 철자변형)
지원하는 충실도
기여한 자료, 사람 또는 기관
지원하는 속성한정자
35
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coding Scheme: Mappings
예제
36
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coding Scheme: Mappings
37
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coding Scheme: Mappings
38
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coding Scheme: Mappings
39
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coding Scheme: Versions
40
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coding Scheme: Concepts
cd codingSchemes
Coding
Scheme
describable
codingScheme
용어체계
Concepts
개념
+concepts
+relations
0..1
concepts::concepts
0..*
describable
Relations
relations::relations
관계
+concept1..*
versionableAndDescribable
concepts::codedEntry
describable
relations::association
Properties
개념의 속성
+association1..*
+property
0..*
+sourceConcept 0..*
concepts::property
relations::
associationInstance
+targetConcept0..*
associatableElement
concepts::presentation
concepts::comment
relations::associationTarget
concepts::definition
41
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coding Scheme: Concepts
광우병
조류독감
….
000289
Mad Cow Disease
42
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coded Entry
cd codingSchemes
Coding
Scheme
describable
codingScheme
용어체계
+concepts
+relations
0..1
0..*
Relations
describable
concepts::concepts
relations::relations
관계
+concept1..*
광우병
Properties
개념의 속성
+association1..*
versionableAndDescribable
describable
concepts::codedEntry
relations::association
+property
영향을 주는것은
0..*
+sourceConcept 0..*
concepts::property
relations::
associationInstance
‘광우병’
‘Mad Cow Disease’
‘bovine spongiform encephalopathy’
인간광우병
+targetConcept0..*
associatableElement
concepts::presentation
concepts::comment
concepts::definition
43
relations::associationTarget
광우병
광우병이란 …..
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coded Entry
cd codingSchemes
describable
codingScheme
+concepts
+relations
0..1
0..*
describable
concepts::concepts
relations::relations
+concept 1..*
versionableAndDescribable
+association 1..*
describable
concepts::codedEntry
relations::association
+property
0..*
+sourceConcept
0..*
concepts::property
relations::
associationInstance
+targetConcept 0..*
associatableElement
concepts::presentation
concepts::comment
relations::associationTarget
concepts::definition
44
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coded Entry
표현방식
정의
주석
사용방법
개념의 코드
사용여부
추가속성
개념의 상태
45
LexGrid기반
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속성간 관계
2.모델: Coded Entry: Presentation
속성의 이름
속성 한정자
속성 ID
언어
속성의 실제 텍스트 예: 광우병
표현형식: txt/plain text, txt/xml
우선(대표) 표현 여부
용어의 개념에 대한 충실도
출처
표현형태: 약어, 축약어 등
사용 맥락 (일반인용, 전문인용)
46
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coded Entry: Definition
사용 맥락 (일반인용, 전문인용)
속성 한정자
속성의 실제 텍스트 예: 광우병이란….
우선어 여부
출처
47
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coded Entry: 예제
48
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Coded Entry:LexGrid Editor
49
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Property
cd codingSchemes
describable
codingScheme
+concepts
+relations
0..1
0..*
describable
concepts::concepts
relations::relations
+concept 1..*
versionableAndDescribable
+association 1..*
describable
concepts::codedEntry
relations::association
+property
0..*
+sourceConcept
0..*
concepts::property
relations::
associationInstance
+targetConcept 0..*
associatableElement
concepts::presentation
concepts::comment
relations::associationTarget
concepts::definition
50
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Property
속성의 이름: Disease Group
속성 ID
속성 한정자
언어
표현형식: txt/plain text, txt/xml
속성의 실제 텍스트 예: Disease Group
출처
출처의 주소
출처의 역할: 저자, 배포자
사용 맥락 (일반인용, 전문인용)
51
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Property: 예제
52
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Property Link
• 속성간의 관계를 식별하기 위해 사용
함
– "AcronymFor", "LiteralTranslationOf, etc.
• “의미”간의 관계가 아님
– 동일한 의미를 갖는 속성끼리의 관계를
말함
• 속성과 “의미”간의 관계가 아님
– 유래(Eponym), 동사형(verbForm)이 아님
• property link 표준 개발 필요
– ISO 12620 - Computer applications in
Terminology - Data categories 가 이 용도
로 사용가능
53
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Relations
cd codingSchemes
Coding
Scheme
describable
codingScheme
용어체계
Concepts
개념
+concepts
+relations
0..1
concepts::concepts
0..*
describable
Relations
relations::relations
관계
+concept1..*
versionableAndDescribable
concepts::codedEntry
describable
relations::association
Properties
개념의 속성
+association1..*
+property
0..*
+sourceConcept 0..*
concepts::property
relations::
associationInstance
+targetConcept0..*
associatableElement
concepts::presentation
concepts::comment
relations::associationTarget
concepts::definition
54
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Relations
개념코드집합간의 관계 디렉토리
원본 여부
출처
출처의 주소
출처의 역할: 저자, 배포자
55
이 디렉토리에서 지원하는 관계의 목록
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Association
cd codingSchemes
Coding
Scheme
describable
codingScheme
용어체계
Concepts
개념
+concepts
+relations
0..1
concepts::concepts
0..*
describable
Relations
relations::relations
관계
+concept1..*
versionableAndDescribable
concepts::codedEntry
describable
relations::association
Properties
개념의 속성
+association1..*
+property
0..*
+sourceConcept 0..*
concepts::property
relations::
associationInstance
+targetConcept0..*
associatableElement
concepts::presentation
concepts::comment
relations::associationTarget
concepts::definition
56
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Association
cd relations
describable
relations
+association 1..*
describable
association
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
«XSDattribute» association: localName
«XSDattribute» forwardName: tsCaseIgnoreIA5String
«XSDattribute» isAntiReflexive [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isAntiSymmetric [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isAntiTransitive [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isFunctional [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isReflexive [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isReverseFunctional [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isSymmetric [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isTransitive [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isTranslationAssociation [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» reverseName: tsCaseIgnoreIA5String
«XSDattribute» targetCodingScheme [0..1]: localName [0..1]
관계의 반대이름: ‘하위개념은’
Source concept
‘광우병’
+sourceConcept 0..*
associationInstance
+
+
관계의 이름: ‘상위개념은’
«XSDattribute» sourceCodingScheme [0..1]: localName [0..1]
«XSDattribute» sourceConcept: conceptCode
Target
‘질병’
+targetConcept 0..*
associatableElement
associationTarget
+
+
«XSDattribute» targetCodingScheme [0..1]: localName [0..1]
«XSDattribute» targetConcept: conceptCode
57
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Association
동치여부: 예) 형제관계
관계설명
AntiSymmetric
여부
번역관계 여부
관계이름
IS-A
정방향 이름
IS-A
목표 coding Scheme
재귀관계 여부
역방향
HasType
반재귀관계 여부
출발 개념
반대탐색가능
여부
목표개념
목표데이터값
1:1관계 여부
상속 여부
역방향 1:1관계 여부
AntiTransitive 여부
58
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Association Instance
cd codingSchemes
Coding
Scheme
describable
codingScheme
용어체계
Concepts
+concepts
+relations
0..1
concepts::concepts
개념
0..*
describable
Relations
relations::relations
관계
+concept1..*
versionableAndDescribable
concepts::codedEntry
describable
relations::association
Properties
개념의 속성
+association1..*
+property
0..*
concepts::property
+sourceConcept 0..*
relations::
associationInstance
+targetConcept0..*
associatableElement
concepts::presentation
concepts::comment
relations::associationTarget
concepts::definition
59
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Association Instance
최초발표 여부
출발 개념
수정발표 여부
사용 여부
최초발표 여부
수정발표 여부
ID
목표 데이터값
관계한정자
사용 여부
관계한정
목표 코딩스킴
목표 개념
목표 개념
관계한정
관계한정자
60
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Association: 예제
cd relations
describable
relations
+association 1..*
describable
association
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
«XSDattribute» association: localName
«XSDattribute» forwardName: tsCaseIgnoreIA5String
«XSDattribute» isAntiReflexive [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isAntiSymmetric [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isAntiTransitive [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isFunctional [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isReflexive [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isReverseFunctional [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isSymmetric [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isTransitive [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» isTranslationAssociation [0..1]: tsBoolean [0..1]
«XSDattribute» reverseName: tsCaseIgnoreIA5String
«XSDattribute» targetCodingScheme [0..1]: localName [0..1]
+sourceConcept 0..*
associationInstance
+
+
«XSDattribute» sourceCodingScheme [0..1]: localName [0..1]
«XSDattribute» sourceConcept: conceptCode
+targetConcept 0..*
associatableElement
associationTarget
+
+
61
«XSDattribute» targetCodingScheme [0..1]: localName [0..1]
«XSDattribute» targetConcept: conceptCode
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: Association: 예제
Body (has regional parts)
Head
Neck
Upper limb
Right Upper limb
Left Upper limb
Lower limb
Right Lower limb
Left Lower limb
Trunk
62
Source
Targets
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: LexGrid Editor: KOMET 편집
63
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: LexGrid Editor: KOMET 편집
용어 목록보기
64
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
2.모델: LexGrid Editor: KOMET 편집
편집 보기
그래프 보기
65
LexGrid기반
보건의료 용어체계의 관리
Q&A
감사합니다. !
정상원
[email protected]
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