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生物物理所科学研究平台
浪潮计算机集群系统
架构简介
及
相关管理办法说明
凌伦奖
浪潮计算机集群TS10K简介
• 中国科学院生物物理所筹建高性能计算中心（此后简称
“中心”）的首要目的是满足本研究所科研活动中日益增
长的高性能计算需求，包括：透射电镜的数据收集、数据
初步处理、三维重构，质谱原始数据的处理，晶体结构解
析，分子动力学，分子建模，结构预测，以及其他生物信
息学相关的大规模计算等等。此外，本计算中心加入了中
科院超级计算网格环境，是其中的一个所级中心，所以，
在首先满足本所需求的前提下，也为所外的用户提供服务。
浪潮计算机集群TS10K简介
“中心”目前的主力设备是浪潮TS10K计算机集群。该集群于
2011年5月调试完毕并正式运转，其主要构成包括：管理节
点，用户登录节点，80个瘦节点（960个计算核），20个高
速互联瘦节点（240个计算核），1个厚节点（48个计算核），
4个GPU节点，总计算能力约为14万亿次每秒；内存总和为
4144 GB，总存储空间60TB；主干计算网络为10Gb Ethernet，
管理网络为1Gb Ethernet；操作系统为Linux（RHEL-6.4），
作业调度系统为TSJM V1.0。集群的总体架构和外观如下面的
图片所示。
浪潮计算机集群TS10K简介
浪潮计算机集群TS10K简介
“中心”的管理办法
详见http://192.168.120.101/的“管理办法”，这里强调几点：
 “中心”按非盈利、服务科研的原则管理运行，在首先满足本单
位各课题组的需求的情况下，也为其他符合条件的用户提供服务；
 仅提供高性能计算相关的服务，原则上不提供纯数据存储、网页
发布、网络传输等方面的服务；
 用户通过网络使用集群，非授权用户，不得进入机房；
 用户在相关项目完成或阶段总结后，有义务向“中心” 提交相关
总结报告（包括获奖证明）进行存档，发表文章和成果时须注明
相关计算是在本“中心”完成的。中心对这方面做得好的用户组
给予优惠。
“中心”的收费办法
详见 http://192.168.120.101/中的“收费原则”，
这里说明几点：
收费不是为了盈利，只是覆盖部分能源费和运
行维护费；
鼓励大规模计算（并行，长时间）；
目前，按“财政年度”每年结算一次（今后可
能每半年结算一次）；
“中心”的收费办法
收费构成: 开户费，资源占用费，机时费
开户费：350元/每研究组每月，超过两个用户的研究组，
每个用户加收50元/月。
磁盘空间占用费：F = A*fa + (B*fb 或 C*fc)
A是实际占用，B是少于配额的部分，C是超出配额的部分，f为价格。
以盘区/io3data/em为例:
fa=120元/(T•月)，fb=40元/(T•月)，fc=80元/(T•月)
某用户组申报的磁盘需求为：配额2T，5月份实际磁盘占用为
1.5T, 6月份的实际磁盘占用为2.5T，则该研究组
5月份的磁盘费用为： 1.5*120 + (2.0-1.5)*40 = 200 元
6月份的磁盘费用为： 2.5*120 + (2.5-2.0)*80 = 340 元
“中心”的收费办法
机时费:
 按（1元／核•天）计算；
 对于单核作业，每个作业的收费起点是0.1 元；
 对于多核（并行或多线程）作业，每个作业的收费起点是
 0.05元x占用核的数目;
 多核作业“占用核的数目”指的是所占用计算节点的核的总
和。比如一个并行作业申请了2个计算节点，每个节点申请了
10个核，可这两个节点是12核的，这种情况下占用核的数目
是2*12=24 而不是2*10=20，因为每个节点空闲的2个核无法
再让别的作业所利用。
优惠办法
 并行优惠，对象为每个作业，如果占用>=2个节点，机时费9折；
 大规模计算优惠，对象为用户组，按上述规则计算出其机时费总和
之后，5至10万的部分按9折收费，10万以上的部分按8折收费。
 发表文章优惠：这里的“文章”必须满足两个条件：a. 在国内外正
式学术刊物上发表（或已被接受）的学术文章；b. 文章中明确申明
了其计算工作是在我“服务站”完成的。对象为用户组，具体办法
是统计前一年度加上本年度发表文章的数目：
一篇的：实收机时费 = 经前面办法计算出的机时费*0.95
多篇的：实收机时费 = 经前面办法计算出的机时费*0.90
明年的调整
 机时费需要适当提高，特别是GPU队列；
 优惠办法继续实行。