Transcript Clustering - Chromatin Structure

Broad Institute GenePattern
マイクロアレイ発現データ解析
Clustering
Clustering分析の手順
1. 入力ファイルの準備
Agilentの出力ファイルをExcelで開き、ProbeIDとgProcessedSignalのカラムをコピ
ペで抜き出してGCTフォーマットの入力ファイルを作ります。またサンプルのリス
トを含むテキストファイル（CLS）を用意します。
2. Preproecess & Utilities: UniquifyLabels
AgilentのProbeIDは重複する名前があるので一意的な名前に変換します。
3. Clusteringメニューを選択し、GCTファイルを指定します。
Consensus Clustering
Hierarchial Clustering
階層的クラスター分析
Sparse Hierarchial Clustering
K-Means Clustering
非階層的クラスター分析
NMF Consensus
非負値行列因子分解
SOM Clustering
自己組織化マップ