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Salmonelles
Classification
Genre le plus complexe et le plus vaste de la famille des entérobactéries
2 espèces : S. enterica +++ et S. bongori (rare)
Salmonella enterica : divisée en 6 sous-espèces
• Salmonella enterica subspecies enterica
homme et animaux à sang chaud (> 99,5 % des souches pathogènes)
•
•
•
•
•
Salmonella enterica subspecies salamae
Salmonella enterica subspecies arizonae
Salmonella enterica subspecies diarizonae
Salmonella enterica subspecies houtenae
Salmonella enterica subspecies indica
Dans chaque sous-espèce, différents sérovars (sérotypes) sur la
base des antigènes O, H et Vi
2
Nomenclature



Genre, espèce, sous espèce :
 toujours en italique
 Ex :
Salmonella enterica subspecies enterica
Salmonella enterica subspecies arizonae
Sérotype :
 Jamais en italique
 Commence par une majuscule
 Ex : Salmonella enterica subsp. enterica sérotype Typhi
Salmonella enterica subspecies enterica
 seul groupe isolé chez l ’homme
=> la sous espèce et l ’espèce ne sont pas mentionnés
=> seul le sérotype est précisé
=> nomenclature usuelle : genre + sérotype
Ex :
Salmonella Typhi
Salmonella Enteritidis
3
Habitat
Les Salmonella enterica sont essentiellement des parasites du
tube digestif de l ’homme et des animaux à sang chaud

Sérotypes strictement humains :
•
•
•


Typhi
Paratyphi A, B ou C
Sendai
Sérotypes strictement animaux :
• Abortus-Ovis : ovins
• Gallinarum-Pullorum : volaille
Sérotypes ubiquistes :
• Typhimurium +++
• Hadar, Heidelberg, Saint-Paul, Virchow, Senftenberg : volaille (dinde,
poulet)
• Enteritidis : œufs
• Dublin : bovins
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Sous-espèce enterica :
2 types de salmonelloses
Salmonelloses majeures
Salmonelloses mineures
5
6
Salmonelloses majeures
Affections strictement humaines
fréquentes en zone tropicale

Sérotypes :
•
•
•
•

Typhi : cosmopolite mais pratiquement plus de cas autochtones
Paratyphi A : surtout répandu en Afrique
Paratyphi B : Europe
Paratyphi C : Extrême-Orient
Transmission :
• Directe au contact des malades ou des porteurs
• Indirecte par ingestion d ’eau ou d ’aliments souillés par les selles de
sujets infectés (malades, convalescents ou porteurs chroniques)
• Très peu de salmonelles suffisent pour => la maladie
7

Physiopathologie
• Passage à travers la barrière intestinale
• Colonisation des ganglions lymphatiques intestinaux
• Passage dans le sang par le canal thoracique : septicémie
• Possibilité de multiplication dans différents organes :
foie, vésicule biliaire
• Passage dans le colon => germes retrouvés dans les selles
8
Symptomatologie des fièvres typhoïdes

Incubation : 5 à 30 jours (15 jours en moyenne)

Période d'invasion :
•
•
•

Période d'état :
•
•


fièvre, céphalées, vertiges
constipation, puis diarrhée, vomissements, douleurs abdominales
hépatosplénomégalie inconstante
Tuphos (état d ’obnubilation + phases de délire) inconstant
taches rosées lenticulaires (2-4 mm diamètre) inconstantes
Guérison en 3-4 semaines, mais fatigue résiduelle
Rechutes fréquentes (8 à 30 jours après l’arrêt du traitement)
9
Salmonelloses mineures
Affections fréquentes en zone tropicale

Sérotypes : très nombreux
• Typhimurium
les plus fréquents
• Enteritidis
• Hadar, Heidelberg, Virchow, Dublin …

Transmission :
• Ingestion d ’eau ou d ’aliments contaminés
• Aliments incriminés : produits contaminés (viandes, charcuterie,
laitages, œufs, volailles), fruits et légumes souillés
• Infection souvent collective : repas préparés à l'avance, défaut
dans la conservation des aliments (chaîne du froid)
• Il faut ingérer beaucoup de germes pour => maladie (106)
Symptomatologie des salmonelloses mineures
gastroentérite fébrile
1
:0

Incubation : 12 à 36 h (après ingestion de l'aliment contaminé)

Fièvre, nausées, céphalées
diarrhée liquide glaireuse parfois sanglante,
douleurs abdominales violentes, vomissements douloureux et
fréquents

Évolution favorable en quelques jours (1 à 7)

Certains sujets restent porteurs sains après la maladie
(plusieurs mois)
Symptomatologie des salmonelloses mineures :
formes extra-digestives
1
1

Plus rares, surtout chez le patient immunodéprimé

Circonstances favorisantes:
drépanocytose, déficit enzymatique des globules rouges

Formes cliniques : septicémies, infections urinaires,
cholécystites, méningites, infections ostéo-articulaires,
infections pulmonaires
Diagnostic direct des salmonelloses

Prélèvements pour culture
1. Suspicion de fièvre typhoïde
 Hémoculture (au début de la maladie, lors des ascensions thermiques)
• Prélever au moins 10 ml de sang
• 1ère semaine : + dans 90 % des cas
• 3ème semaine : + dans 40 % des cas

Coproculture (négative au début, peut rester longtemps positive après
la négativation de l'hémoculture)
2. Salmonelloses mineures
 Coproculture
 L'hémoculture reste négative (parfois positive chez le jeune enfant)
 Autres prélèvements : en fonction du contexte (pus, LCR…)
 Aliments
1
2
1
3

Milieux d ’isolement
Dans un prélèvement théoriquement stérile (hémoculture) :
Milieu ordinaire
Dans les selles :
l'excrétion des germes peut être faible au cours des salmonelloses,
et leur nombre est inférieur à celui des espèces commensales :


Culture sur milieu sélectif contenant des inhibiteurs
Utilisation d'un milieu liquide d'enrichissement

Milieux sélectifs généralement utilisés :
• Hektoen : contient des sels biliaires, du lactose (si utilisation du
lactose, le milieu vire au jaune) et des indicateurs (mise en
évidence de la production de H2S)
Salmonella : colonies verdâtres (lactose -) à centre noir si H2S+
• Milieux chromogènes très spécifiques de Salmonella
(colonies roses, oxydase -)
1
4

Milieux sélectifs généralement utilisés :
• Hektoen : contient des sels biliaires, du lactose (si utilisation du
lactose, le milieu vire au jaune) et des indicateurs (mise en
évidence de la production de H2S)
Salmonella : colonies verdâtres (lactose -) à centre noir si H2S+
• Milieux chromogènes très spécifiques de Salmonella
(colonies roses, oxydase -)

Milieux d'enrichissement
contiennent des antiseptiques sélectifs inhibant les autres bactéries
– Müller-Kauffmann (au tétrathionate de Na et vert brillant)
– Sélénite (au sélénite de sodium).
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SCHEMA D'ISOLEMENT D'UNE SALMONELLA PAR COPROCULTURE
Selle
1e jour
2e jour
3e jour
Isolement sur gélose sélective :
Hektoen ou milieu chromogène
Identification présomptive :
- de 5 colonies suspectes sur Hektoen : uréase
- ou d ’ 1 colonie rose sur milieu chromogène : oxydase
Si uréase - ou oxydase - : galerie API 20E
Si Salmonella :
agglutination sur lame
Bouillon d'enrichissement
(Müller-Kauffmann)
Isolement sur gélose sélective :
Hektoen ou milieu chromogène
Si une Salmonella n'est pas
déjà isolée :
étude des colonies suspectes.
1
6
Caractères d'identification : API 20 E

Caractères des entérobactéries

Gaz en glucose (sauf Typhi)

Mobiles (sauf Gallinarum)

Lactose -

ONPG -

ODC + (sauf Typhi)

LDC + (sauf Paratyphi A, Choleraesuis)


Citrate de Simmons + (sauf Typhi, Paratyphi A)
H2S + (sauf Parayphi A, Choleraesuis et Typhi)
Uréase -, TDA-, gélatinase -

VP -

1
7
Identification antigénique :
étape indispensable

Basée sur la détermination, par agglutination sur lame, des antigènes O
(LPS paroi), H (flagelle) et Vi (capsule).

il existe >1400 sérotypes pour Salmonella enterica subsp enterica

Le typage est effectué à partir d'une gélose ordinaire en pente (humidité
utile pour un bon développement de l'antigène H).

Vérifier que la souche n ’est pas autoagglutinable en testant un peu de
culture dans de l ’eau physiologique.
1
8
1
9

Antigènes O


Antigène H



Spécifique du lipopolysaccharide de paroi
Portés par les flagelles contenant une protéine, la flagelline, qui
détermine le type antigénique
Habituellement diphasiques : les salmonelles ont deux systèmes de
synthèse codant pour 2 flagellines différentes
Antigène Vi


Polyoside capsulaire retrouvé que chez 3 sérotypes mais de façon
inconstante :
Salmonella Typhi, Paratyphi C, et Dublin
Salmonella Typhi est O-inagglutinable par la présence d'un antigène Vi.
=> devient O-agglutinables après chauffage à 100°C, qui fait passer
l'antigène Vi dans le surnageant.

Tableau de Kaufmann-White
 indique pour chaque sérovar les antigènes O, Vi et H
 A chaque sérovar correspond une formule antigénique
• ex. S. Virchow : 6,7 : r : 1,2

Les sérovars ayant des antigènes O communs forment un groupe
désigné A, B, C, D etc...
ex.
sérovars du groupe B  tous ont l'antigène O4
sérovars du groupe D  tous ont l'antigène O9

Méthode classique de sérotypage
 Utilisation des sérums polyvalents O, puis agglutination par les
sérums monovalents

En pratique, minimum de sérums à posséder au laboratoire :
 sérum anti-Vi (S. Typhi)
 sérums polyvalents anti-O 4,5 - O 6, 7, 8- O 9
(> 90 % des Salmonella en France)
 Sérums anti- Hi - Hb - Hd - HG (mélange) et Hr
2
0
Sérovar
Antigène O
Antigène H
Phase I
S. Paratyphi A
S. Paratyphi B
S. Wien
S. Schwarzengrund
S. Duisburg
S. Saint-paul
S. Derby
S. Agona
S. Typhimurium
S. Bredeney
S. Brandenburg
S.. Heidelberg
S. Coeln
S. Ohio
S. Isangi
S. Livingstone
S. Braenderup
S. Montevideo
S. Thompson
S. Infantis
S. Virchow
Groupe A
1, 2, 12
Groupe B
1, 4, (5), 12
1, 4, 12, 27
1, 4, 12, 27
1, 4, 12, 27
1, 4, 12
1, 4, (5), 12
1, 4, 12
1, 4, (5), 12
1, 4, 12, 27
1, 4, 12
1, 4, (5), 12
4, 5, 12
Groupe C1
6, 7
6, 7
6, 7
6, 7
6, 7
6, 7
6, 7
6, 7
Phase II
a
b
b
d
d
e, h
f, g
f, g, s
i
1, v
1, v
r
y
1, 2
1, w
1, 7
e, n, z15
1, 2
1, 2
1, 7
e, n, z15
1, 2
1, 2
b
d
d
e, h
g
k
r
r
1, w
1, 5
1, w
1, 2
m,s
1, 5
1, 5
1, 2
2
1
Sérovar
S. Manhattan
S. Newport
S. Litchfield
S. Bovismorbificans
S. Hadar
S. Panama
S. Typhi
S. Enteritidis
S. Dublin
S. Gallinarum
S. Anatum
S. Meleagridis
S. Senftenberg
S. London
S. Give
S. Tel-el-kebir
S. Kedougou
S. Worthington
Antigène O
Groupe C2
6, 8
6, 8
6, 8
6, 8
6, 8
Groupe D
1, 9, 12
9, 12, (Vi)
1, 9, 12
1, 9, 12 (Vi)
1, 9, 12
Groupe E
3, 10
3, 10
1, 3, 19
3, 10
3, 10
Groupe G2
13, 23
1, 13, 23
1, 13, 23
Antigène H
Phase I
Phase II
d
e, h
I, v
r
z10
1, 5
1, 2
1, 2
1, 5
e, n, x
1, v
d
g, m
g, p
-
1, 5
-
e, h
e, h
g, s, t
1, v
1, v
1, 6
1, w
1, 6
1, 7
d
i
z
e, n, z15
1, w
1, w
2
2
Diagnostic indirect des salmonelloses
2
3
recherche des anticorps: sérodiagnostic de Widal et Félix




Utile uniquement pour le diagnostic des fièvres typhoïdes et paratyphoïdes,
en particulier lorsque l'isolement de la bactérie n'est plus possible
(malade vu tardivement ou antibiothérapie donnée "à l'aveugle")
Permet de rechercher dans le sérum les anticorps (agglutinines)
correspondant aux antigènes O et H de Typhi et Paratyphi A, B, C
Nombreux causes d'erreurs : demander en parallèle une coproculture
et une hémoculture pour isolement du germe
Méthode :


Utilisation de suspensions antigéniques:TO, TH, AO, AH, BO, BH, CO, CH
Ce sont des bactéries tuées :
• soit par l'alcool (détruit les antigènes H)
• soit par le formol (détruit les antigènes O)

Chaque suspension antigénique est mise en présence de dilutions
croissantes du sérum du malade pour déterminer le titre en agglutinines
2
4

Interprétation

Sérodiagnostic négatif la première semaine

Apparition des anticorps anti-O vers le 8ème jour de la maladie
(titre : 1/800e à 1/1600)

Apparition des anticorps anti-H vers le 10ème-12ème jour de la
maladie (titre : 1/3200)

A la période d'état, il y a simultanément les agglutinines O et H
(titre plus élevé des anticorps anti-H).

Les anticorps anti-O disparaissent après la maladie (en 2-3 mois)

Les anticorps anti-H persistent plusieurs années après la maladie ou
après une vaccination anti-TAB

La présence seule d'anticorps anti-O témoigne d'une infection récente

Résultats faussement positifs

Anticorps anti-TO seuls : infection par une Salmonella ayant un
antigène O commun avec Typhi, mais des antigènes H différents.
( Il s'agit le plus souvent de Enteritidis)


anticorps anti-BO seul : Typhimurium

BO ou TO : certaines souches de Yersinia pseudotuberculosis
(communautés antigéniques)

Réaction faussement positives au cours du paludisme, typhus
exanthématique, dysglobulinémies et infections diverses à
entérobactéries
Résultats faussement négatifs

Pendant la première semaine de la maladie

Traitement précoce par antibiotiques ou corticoïdes

Rares cas de typhoïdes sans élévation d'anticorps

La sérologie est une orientation et non un diagnostic
2
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Prévention
2
6
Surveillance épidémique nationale : Institut de Veille Sanitaire, Centre National
de Référence
Salmonella Typhi : déclaration obligatoire
Autres salmonelles : envoi au Centre National de Référence

Réduction de la dissémination : hygiène




Distribution d'eau de qualité, tout à l'égout, traitement des eaux usées, contrôle
de qualité de l'alimentation, zones contrôlées pour les coquillages
Détection des porteurs sains à l'embauche pour certaines professions (cuisines,
industries alimentaires)
Précautions d'hygiène quand un cas se déclare (hôpital, crèche...)
Vaccination contre la fièvre typhoïde chez les militaires et personnels
professionnellement exposés

TYPHIM Vi : protection contre S. Typhi, peu de réactions secondaires
Traitement


2
7
Fièvres typhoïdes et paratyphoïdes

Les souches isolées en France demeurent sensibles aux antibiotiques
(1 % de souches résistantes)

Antibiotiques de choix : bonne concentration dans les ganglions lymphatiques
• fluoroquinolones (voie orale préférée), triméthoprime-sulfaméthoxazole
(Bactrim®), céphalosporines de 3ème génération ou ampicilline (bonne
élimination biliaire)
Entérites et toxi-infections alimentaires

Evolution favorable en qq jours, le traitement des salmonelloses est destiné à
réduire le risque de diffusion systémique bactérienne dans les cas suivants :
•
•
•
•

diarrhée profuse ou très fébrile
âge < 3 mois
âge > 65 ans
déficit immunitaire, drépanocytose, prothèse cardiovasculaire ou ostéo-articulaire
Chez l'immunocompétent, une prise unique de fluoroquinolone raccourcit la
durée de la diarrhée (principe ATBthérapie chez le voyageur par exemple …)