Transcript PCR praimerite disain bakterite geenidele – genoomipõhine

PCR praimerite disain
bakterite geenidele –
genoomipõhine lähenemine
Helle Uibokand
 Üha enam sekveneeritakse bakterite
täisgenoome
 Üksikutele geenidele PCR praimerite
ennustamiseks leidub palju programme
 Töö eesmärk: automatiseerida praimerite
leidmine kõikidele genoomis asuvatele
geenidele
Bakterigenoomide sekveneerimine
 230 täielikult sekveneeritud mikroobigenoomi
21 arhe genoomi
209 bakteri genoomi
Bakterigenoomide omadused
 genoomi suurus
 geenide arv
 G+C sisaldus
 kordusjärjestused
Genoomi suurus
G+C sisaldus
Kordusjärjestused
Praktiline töö
 Automatiseerida bakterite geenide PCR
praimerite disain
 Leitud praimereid saab kasutada geenide
amplifitseerimiseks, kloneerimiseks ja/või
hübridisatsiooniproovide tegemiseks
Praktiline töö
hõimkond
arv
Aquificae
1
Fusobacteria
1
Nanoarchaeota
1
Planctomycetes
1
Thermotogae
1
Deinococcus-thermus
2
Bacteroidetes
3
Crenarchaeota
4
Spirochaetes (spiroheedid, keeritsbakterilised)
7
Chlamydiae
8
Cyanobacteria (tsüanobakterid)
9
Actinobacteria (aktinomütseedid, kiirikulised)
11
Euryarchaeota (eurüarhed)
13
Firmicutes
38
Proteobacteria (purpurbakterid)
62
Tulemused
Tulemused
 162 genoomi 478443 geenile õnnestus
ennustada praimerid
 Enamus amplikone sisaldasid ühte geeni,
kahte geeni sisaldavaid amplikone oli 374 ja
kolme geeni sisaldavaid 3
 Keskmine geeniväline ala ampikonis oli 78,5
bp