Transcript PubMed檢索 - 馬偕紀念醫院圖書館

PubMed資料庫
時間：2011年10月7日(13:30-16:30)
主講：醫教部淡水圖書組劉淑容
分機：(淡)2509
1
PubMed的課程
PubMed簡介
PubMed檢索技巧
篩選實證醫學資料方法
MyNCBI個人化設定
2
PubMed的課程
PubMed簡介
PubMed檢索技巧
篩選實證醫學資料方法
MyNCBI個人化設定
3
PubMed 簡介1
• PubMed
National Institutes of Health (NIH)
National Library of Medicine (NLM)
美國國家醫學圖書館
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
Entrez retrieval system(資訊檢索系統)
PubMed
4
PubMed 簡介
2
1.MEDLINE (一般商業資料庫取用範圍 )
是PubMed最大宗也最重要的資料庫
其學科領域含括:生物醫學,基礎醫學,臨床醫學,
護理,獸醫學,牙醫學,健康照護系統,保健醫學
medicine, nursing, dentistry, veterinary medicine,
health care system, and the preclinical sciences
2.OLDMEDLINE (1950~1960沒有摘要)
3.In Process Citations （尚未用標題分類的最新文獻)
4.Publisher Supplied Citations （e+未分類+
可能未出版）
5
PubMed 簡介
3
收錄有5200多種生命醫學期刊
全球性資料庫，除美國外另收有80多國期刊
自1948年至今已有2000多萬筆資料,且每日
更新加入最新資料
可直接聯結電子全文,並可利用內建機制找
到相關性資料
全球免費檢索
MeSH詞彙控制
6
資料庫檢索機制
• 自由詞彙 free text
• 代表作:UpToDate、Google
• 資料庫自動比對使用者輸入之關
鍵字，字與篇名、刊名、摘要…
吻合之所有文獻就會被檢索出。
◎優點：檢索方法容易、適用新名
詞或較地區性的用詞。
◎缺點：未經嚴謹分析、語意容意
模糊(ex.字與字分開出現) 、要
盡可能列舉同義詞及狹義
stroke≠CVA
≠cerebrovascular accident
• 控制詞彙controlled vocabulary
• 代表作:PubMed之MeSH
• 索引專家預先為每篇文章分析歸
類，當user輸入之關鍵字意義與
該類別相同時，該批文獻就會被
檢索出。
◎優點：解決同義字問題、可彈性檢
索廣/狹意詞、使用得宜可提高精
確率及回收率。
◎缺點：user需學習使用、不適用新
概念及local用詞、部份用語容易
受限不彈性。
diabetes mellitus type2＝NIDDM
＝diabetes mellitus type II
≠type2 DM
7
MeSH—Medical Subject Heading
控制辭彙;樹狀結構;有標準;會更新的分類表
• controlled vocabulary(控制詞彙)
used for indexing articles for
PubMed Medline. MeSH terminology
provides a consistent way to retrieve
information that may use different
terminology for the same concepts.
Anesthesia
Ex.
V.S.
HIVD
Anaesthesia
若您的關鍵字都不在MeSH中
PubMed會以自由詞彙檢索
8
 善用MeSH term做為關鍵字
多個MeSH term + HIVD
全寫且為MeSH term
縮寫且未被MeSH詞彙表收錄
用錯檢索詞 “差”很大喔!!
9
如何進入PubMed
因為PubMed為全世界免費檢索之資料庫
所以
利用google、yahoo…都可以找到該網站
但是
透過馬偕圖書館網頁再點進PubMed有好康的…
10
如何進入PubMed
好康1.標示出該篇文獻,馬偕
有無電子全文可用.
好康2.標示出該次檢索結果,
馬偕總共可用之電子全文篇
數.
11
PubMed首頁介紹
NCBI有30多
種資料庫
馬偕紀念醫院
淡水圖書館
2010/6/25
個人化
服務
進階檢索；
history
MeSH詞彙
檢索
找特定已知
資料之文獻
實證醫學資
料檢索
12
PubMed的課程
PubMed簡介
PubMed檢索
篩選實證醫學資料方法
MyNCBI個人化設定
13
實做範例PICO
末期病人利用音樂治療
使疼痛緩解改善生活品質
14
由問題建立搜尋模式
P
Patient/Problem
I
Intervention
C
comparison
O
Outcome
疾病末期病人 1
音樂治療 2
與不使用音樂治療 4
緩解疼痛改善生活品質
3
• 找出關鍵字
• 依重要性標示順序
15
PICO檢索示範 –關鍵字 (初級班)
P
Patient/Problem
I
Intervention
end of life
music therapy
C
comparison
O
Outcome
pain relief OR quality of life
16
初級檢索技巧
•
•
•
•
如果只想快速找到一篇文章看看…
直接利用AND整合查詢
P AND I AND O
end of life AND music therapy AND (pain relief OR
life quality)
或
#1
#2
#3
#4
#5
#6
end of life
music therapy
pain relief
life quality
#3 OR #4
#1 AND #2 AND #5
逐字檢索
可瞭解個別結果
再靈活整合
17

O
I
P
PICO分別檢索可靈活運用，並得知關鍵字需修正否
PIO分別檢索，可靈活整合
PIO分別檢索後再用AND交集
？
PIO一次用布林邏輯檢索
18
PICO檢索示範 –關鍵字 (中級班)
P
Patient/Problem
I
Intervention
C
comparison
O
Outcome
end of life OR hospice care OR
palliative care OR terminally ill
music therapy OR music OR melody
OR sing OR song
non-music therapy OR placebos OR
pain relief OR analgesia OR life
quality OR functional well-being
• 關鍵字及同義詞的擬定，可參考上層EBM資料庫、Textbook、藥學資料庫或
PubMed的MeSH表(醫學詞彙表)
19
• 底線字表示為 MeSH Term
中級檢索技巧
•
•
•
•
如果想找到比較完整的文獻
PICO分別逐次檢索
一次檢索一群同義詞（用 OR 聯集）
再將所有群組結合（用 AND 交集）
AND
AND
P：end of life
I：music therapy
end of life
palliative care
hospice care
terminal ill
end stage of…
music therapy
music
sing
song
Melody
alternative
therapy
AND
C：
Un-music therapy
O：pain relief
pain relief
analgesia
life quality
functional wellbeing
20

熟練布林邏輯：同義詞用OR聯集.PICO間用AND交集
PI
PIO
O
I
P
同義詞及相關詞彙越完整
資料獲得率就提升
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PubMed的課程
PubMed簡介
PubMed檢索技巧
篩選實證醫學資料方法
MyNCBI個人化設定
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篩選實證醫學資料（進階班）
• 方法一：Clinical Queries檢索介面
PubMed根據Haynes RB理論，為實證醫學專設的搜尋介
面，內建系統會將檢索條件自動設限在較具實證研究的
文獻中。
• 方法二：limit
利用limit中的”Type of Article”將檢索條件限制在clinical
trial、Randomized Controlled Trial 、meta-analysis或
review中。
• 方法三：限定實證醫學期刊或資料庫
在Advance Search介面中執行，可限定有被收錄在
Cochrane Database of Systematic Reviews或Evidence
Based Nursing期刊中的文獻。
23
篩選實證醫學資料（進階班）
方法一：Clinical Queries檢索介面
最好有前面的中級檢
索結果，例如 #38
下
拉
PubMed根據Haynes RB理論，為實證
醫學專設的搜尋介面，內建系統會
將檢索條件自動設限在較具實證研
究的文獻中。
24
方法一：Clinical Queries檢索介面
#38
與PICO問題面向有關
※etiology:探討病因
※diagnosis:診斷問題
※therapy:治療或處置
※prognosis:預後
與質量有關
Narrow:精準篇數少
Broad:敏感篇數多
25
方法一：Clinical Queries檢索介面
#38 AND
#38 AND
26
My NCBI
個人化設定
PubMed的
27
檢索details
方法一：Clinical Queries檢索介面
28
方法一：Clinical Queries檢索介面 (2011/5/11)
馬偕圖書館員至
PubMed註冊的
電子全文標示
PubMed用該筆文獻
到2000萬筆資料比
對相關文獻

◎用一篇文獻的MeSH Term
回推正確的檢索詞
◎用一篇文獻的Publication type
判斷文獻類型
◎用一篇文獻的Related articals滾雪球
29
篩選實證醫學資料（進階班）
方法二：limit
利用limit中的”Type of Article”
#39
也可直接下關鍵字後再選 Limits
可用前面的中級檢索
結果，例如 #39
30
方法二：limit





利用limit中的”Type of Article”


使用Limit檢索可抓取到
證據等級較優，設計較好的文獻
使用Limit檢索後就無法抓取到
尚未被分類整理的最新文獻
31
篩選實證醫學資料（進階班）
方法三：限定實證醫學期刊或資料庫
#38 AND "Cochrane database of
systematic reviews
32
方法三：限定實證醫學期刊或資料庫
限定期刊檢索
Clinical Queries/Broad
Clinical Queries/Narrow
Limit

欄位檢索亦可用於檢索特定作者、機構…所發表文獻
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特定欄位檢索—手動
Affiliation[AD] Mackay memorial hospital[AD]
作者姓名 Author [AU] Lin C C[AU]
期刊名Journal [TA] nursing outlook[TA]
作者背景
MeSH Major Topic [MAJR] pain[MAJR]
20738438[PMID]
PMID [PMID]
Publication Type [PT] 文獻類形[PT]
任何關鍵字
Text Words [TW] nursing care[TW]
Title [TI] chemotherapy[TI]
Title/Abstract [TIAB] 篇名或摘要任一字[TIAB]
篇名任一字
34
Display、Save、Email
及其應用
35
Display
My NCBI
個人化設定
檢索得篇數
篇名
作者
刊名 年月 卷(期):頁數
PubMed的
36
檢索details
檢視摘要
(2010/9)
37
檢視摘要
(2011/5/11)
馬偕圖書館員至
PubMed註冊的
電子全文標示
PubMed用該筆文獻
到2000萬筆資料比
對相關文獻
文獻類型

◎用一篇文獻的MeSH Term
回推正確的檢索詞
◎用一篇文獻的Publication type
判斷文獻類型
◎用一篇文獻的Related articals滾雪球
38
Save – clipboard(剪貼簿)




39
Save – clipboard(剪貼簿)
Clipboard可在該電腦存8hr，最多可存500筆
40
E-mail




41
42
特定單篇文獻
Single Citation Matcher
43
主任給的作業中有一篇文章為
作者：Luks AM, Swenson ER.
篇名：Medication and dosage considerations
in the prophylaxis and treatment of
high-altitude illness.
刊名：Chest
年代：2008 Mar1
只要有其中任一或
卷期：133(3)
二條件
頁數：744-55
就可找到該篇文章
PMID: 18321903
44
45
chest
133
744
46
刊名、年月、卷(期) 、頁數
作者
MeSH詞彙
可作為修正
檢索關鍵字參考
47
Skills of Searching
搜尋現有的最佳實證之檢索技巧 複習
48
PubMed檢索技巧—基礎
確立問題，建立PICO模式，找出關鍵字
找出同義詞或相關詞
◎利用MeSH資料庫檢索MeSH term
◎display時展開MeSH term回推關鍵字
◎利用detail檢視策略及關鍵字
布林邏輯運算概念要清楚熟練
同義詞用OR聯集.PICO間用AND交集
善用history介面靈活組合檢索策略
適時修改檢索策略，不厭其煩多次檢索
49
PubMed檢索技巧– 篩選實證文獻
不論用初級檢索或中級檢索都可再利用方法篩選實證文獻
Clinical Queries
先選擇面向，再選擇質量
Limit
限定特殊文獻類型
Advance Search
指定實證期刊或資料庫
MyNCBI個人化設定
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PubMed的課程
PubMed簡介
PubMed檢索
篩選實證醫學資料方法
MyNCBI個人化設定
51
MY NCBI個人化設定
可將檢索結果自動分群
Highlight 關鍵字
儲存檢索結果
儲存檢索策略
自動e-mail有興趣的最新文獻
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MY NCBI帳號 註冊
可申請新帳號
或利用Gmail帳號
53
MY NCBI帳號 註冊
sjliutest
mmh123
mmh123
pooh
F6B6A
Username
3個以上英數字
Password
6個以上英數字
Security Question及Answ
忘記帳密時要用的通關密語
E-mail
請提供常用的，最好以
HTML檢視信件。
◎請務必用筆記下帳密
[email protected]
54
MY NCBI帳號 註冊
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MyNCBI設定
Popular：
常用分群
LinkOut：
馬偕圖書館或其他圖書館
Properties：
limit、clinical queries中之細項
皆可獨立分群 ex.年齡、出版年、
RCT、reviews…
56
MyNCBI設定--Popular



57
MyNCBI設定--LinkOut
Mackay memorial
 
58
MyNCBI設定--Properties


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MyNCBI設定--建立客製化篩選條件
馬偕 + 免費全文
"loattrfree full text“
[Filter] OR
“loprovitwmmhlib”
[Filter]
例1:篩選馬偕+免費電子全文 “loattrfree full text"[Filter] OR “loprovitwmmhlib”[Filter]
例2:篩選出英文與中文 “english”[LA] OR “chinese”[LA]
例3:篩選出特定期刊 “lancet” [TA] OR “JAMA”[TA]
法
需用特定語
60
MyNCBI設定—個資及底色
NCBI Site Preferences
個人資料修改
關鍵字底色
61
MyNCBI設定—preference底色
62
MyNCBI設定—preference display
設定 display abstract時
自動展開 Publication type 及
MeSH terms
63
MyNCBI設定—preference display
64
登入個人My NCBI 設定結果
底色
分群
65
從馬偕圖書館網頁聯結 且未登入My NCBI
66
MyNCBI運用
可將檢索結果自動分群
Highlight 關鍵字
儲存檢索結果
儲存檢索策略
自動以e-mail傳送有興趣的最新文獻
67
MyNCBI運用—儲存於雲端
68
MyNCBI運用—儲存於雲端
Music therapy
可修改檔名
69
MyNCBI運用—儲存檢索策略並寄送新知
需在Advanced Search
介面中執行
於檢索號碼上按左鍵
70
MyNCBI運用—儲存檢索策略並寄送新知
Music
可修改檔名
Report Format：
建議選擇abstract
Send at most：
依個人習慣設定
建議以HTML模式看信
71
72
Any question？
73