Transcript Submissões ao GEO - Departamento de Informática da

Universidade da Beira Interior
Ciências Biomédicas
Bioinformática
Prof. Paulo Fazendeiro
Trabalho realizado por:
• Ana Margarida Barata, nº 24647
• Ana Isabel Monteiro, nº 25070
• Henrique Matos Cardoso, nº 25971
O projecto GEO foi iniciado em 1999 devido ao aumento do repositório
público de dados gerados através de experiências com microarrays.
GEO tem um design flexível e aberto que permite submissões,
armazenamento e recuperação de muitos tipos de colecções de dados obtidos
através:
Taxas de expressão génica,
Hibridização genómica;
Experiências com anticorpos.
A submissão de um grande volume de dados é rapidamente incorporada ao
GEO através de arquivos SOFT (Simple Omnibus Format in Text).
Submissões podem ficar em sigilo por até seis meses.
O banco de dados não é curado, por enquanto, mas as submissões são
verificadas para que pré-requisitos básicos sejam incorporados.
Especifica toda a informação necessária para
interpretar resultados e reproduzir resultados
Padrão para relatar experiências de microarrays
Microarray’s compatíveis com formato MIAME
Contém
Dados Chip-chip
Combina a imunoprecipitação da cromatina (ChIP) com a tecnologia
microarray (chip)
Investigação da interacção
entre proteínas e DNA in vivo
Obtenção da Amostra - Microarrays
Análise de Dados
Obtenção da Amostra – ChIP-on-chip
Obtenção da Amostra – ChIP-on-chip
Expressão Génica em 4 secções
Descreve lista de elementos no array ou lista de
elementos que podem ser detectados na experiência
Plataform
DataSets
Sample
Arquitectura
Descreve condições em que
mRNA foi obtido e medição de
cada elemento obtido a partir
dele
Series
Define um conjunto de amostras
relacionadas e como são
relacionadas
Conjunto de colecções de
amostras
Número de:
Public
Unreleased
Total
Platforms:
105(120Mb)
55
160
Samples:
2354(1745 Mb)
72
2426
Series:
78
7
85
Study type
Expression profiling by array
Number of Series
17 812
Expression profiling by genome tiling array
303
Expression profiling by high throughput sequencing
131
Expression profiling by SAGE
206
Expression profiling by MPSS
21
Expression profiling by RT–PCR
25
Non-coding RNA profiling by array
341
Non-coding RNA profiling by genome tiling array
81
Non-coding RNA profiling by high throughput sequencing
233
Genome binding/occupancy profiling by array
70
Genome binding/occupancy profiling by genome tiling array
835
Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing
238
Genome variation profiling by array
309
Genome variation profiling by genome tiling array
406
Genome variation profiling by SNP array
269
Methylation profiling by array
46
Methylation profiling by genome tiling array
115
Methylation profiling by high throughput sequencing
30
Protein profiling by protein array
31
SNP genotyping by SNP array
149
Sequência
Pesquisa
Arquitectura
Vários Domínios
Séries
Dados Sobre
a série
Dados Sobre
a série
Dados Sobre
Amostra
Dados Sobre
Plataforma
Dados Sobre Datasets
Pesquisa Avançada
Limites