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Ensembl介绍 林建南 Ensembl 基因注释系统 类似的有：Entrez Gene 基因组浏览系统 类似的有：UCSC 内容 1、Ensembl基因注释过程 2 、Ensembl基因 3 、Ensembl工具和Ensembl FTP 内容 1、Ensembl基因注释过程 2 、Ensembl基因 3 、Ensembl工具和Ensembl FTP Ensembl是EMBL-EBI和WTSI 共同开发和维 护的一个软件系统 准确，全自动 使用最新的基因组序列数据 基因注释的数据来源 最新的基因组数据（大部分是动物） UniProt/Swiss-Prot和UniProt/TrEMBL蛋白序 列 NCBI RefSeq蛋白和核酸序列 EMBL cDNA序列 Ensembl基因注释过程 Ensembl基因分类 已知基因（known genes） 用本物种的蛋白和cDNA序列对本物种的基因组 比对定位确定的基因 新基因（novel genes） 用相近物种的蛋白和cDNA序列对本物种的基因 组比对定位确定的基因 内容 1、Ensembl基因注释过程 2 、Ensembl基因 3 、Ensembl工具和Ensembl FTP Ensembl基因 Genome（基因组） Gene(基因) Transcript（转录本） ProtView（蛋白质） Fatty-acid amide hydrolase (FAAH, 脂肪酸 酰胺水解酶) 为例子来介绍Ensembl Ensembl主页 网址： www.ensembl.org Help Home Page Search Tools Species What’s new 输入 “FAAH”；. 点击 “Go” 点击 “Homo sapiens” ‘Vega’ 网站注释 Ensembl FAAH 基因 ‘ENSG00000117480’ Human gene： ENSG00000130427 Human protein： ENSP00000252723 点击进入 Human transcript：ENST00000252723 Mus musculus gene： ENSMUSG00000029711 Pan troglodytes gene：ENSPTRG00000019505 Gene summary 点击” Splice variants ” 帮助 选择显示的内容 Splice variants 点击 Transcript summary Gene summary 点击进入该基因所在的基 因组位点的信息 选择显示的内容 搜索方式 Text Search 1、 ENSG00000130427；ENST00000252723 2 、 EOP；FAAH2 ；NP_000790；1BUY 3 、 Chromosome 2 Contig Search 4 、 X:10000..20000 输入 “NP_000790”；. 点击 “Go” 内容 1、Ensembl基因注释过程 2 、Ensembl基因 3 、Ensembl工具和Ensembl FTP Ensemble 工具 BLAST and SSAHA BioMart BLAST and SSAHA Click on ‘Start a DNA or protein sequence search’ Home page Summary of BLAST search Paste the copied sequence Select ‘Homo_sapiens’ and ‘BLASTN’ and click on [RUN>] WUBLAST and SSAHA2 Expand it Click on [Retrieve] to check for results Click on [view] Location of hits on the genome Best hit Alignment of best hits to query sequence BioMart RESULTS FTP Home page Click on ‘Download our databases via FTP ’ FTP Directory structure 谢谢大家！