Transcript Slide 1 - Image Processing and Analysis @EMBL

「画像科学」夏の学校 2012.09.25 - 28
於 岐阜県土岐市 核融合科学センター
ImageJの基礎からマクロの書き方まで
分子・細胞イメージングセンター(CMCI)
欧州分子生物学研究所（EMBL）
ハイデルベルク
三浦耕太
- 経歴 -
ICU
阪大
ミュンヘン大学
EMBL
ヤクザルの生態調査、キュウリの発生
真性粘菌 単細胞の運動、極性の自己形成
細胞性粘菌 多細胞の運動 走光性
走光性・光学流動法 ＞ 画像解析
Image Analysis in Biology
Recursive Model
Project Model 1
Experiments -> Microscopy -> Image Processing -> Image Analysis
Project Model 2
Microscopy
Image Analysis
Experiments
Image Processing
Centre for Molecular and Cellular Imaging (CMCI) @EMBL
The Concept of CMCI network
Research Units
1. Tree-like human resources structure in EMBL
Facilities
e.g. ALMF
2. Association of researchers crossing over different labs and units
 “CMCI as a meta-system, network”
EMBL
Cell Bio. & Biophysics
Dev. Bio.
Units
Groups
Kota Miura ([email protected])
CMCI
Genome
Overview of CMCI … Promoting Image Processing and Analysis
- Teaching Courses
- Organize seminars
- Consulting
Teaching in many places:
EU (EMBO courses), Germany,
France, Belgium, Switzerland, Austria,
Italy, Finland, Sweden, Singapore,
Spain
- Collaborations、Research
- Developments
→ see web site: cmci.embl.de
画像解析のプラットフォーム (私の場合)
NIHimage (ScionImage) 1993 – 2002?
IgorPro, C
1999 - 2004
ImageJ
2003 – 現在
他のポピュラーなプラットフォーム
- Matlab
- Amira
ImageJ の利点・欠点
利点
-
オープンソース
膨大な人数の開発者コミュニティ
20年来の蓄積
プラットフォーム・フリー
多様なスクリプト言語
GUI ＆ CUI
欠点
- プラグインのコードの信頼性
- 機能が多すぎる（複雑＋未整理）
- 速度
一般化 vs 特殊化
Wayne, 2012.05 @ Barcelona
チュートリアル 必要事項
Fiji のインストール
fiji.sc/Downloads/
sample image loader pluginのインストール
cmci.embl.de/downloads/sampleimageloader
(あとでよい)
ParticleTracker
cmci.embl.de/downloads/ …
若干速めに進行します。