Transcript Test Fragment Report

L’exemple du « run Auto SEQ-15 18 » correspond au séquençage d’un génome bactérien (environ 4Mb) sur une puce 316 (100Mb)
et va servir de base à une présentation détaillé des différents composants d’un « Report ».
- Library Summary:
Indépendant de l’alignement
Nombre de millions de bases filtrées et trimmées et reportées dans
les fichiers SFF et FASTQ
Nombre de millions de bases filtrées et trimmées au sain de reads
ayant une accuracy supérieure ou égale à 98% (Q17)
Nombre de millions de bases filtrées et trimmées au sain de reads
ayant une accuracy supérieure ou égale à 99% (Q20)
Nombre de reads filtrées et trimmées indépendant de la longueur et
reportées dans les fichiers SFF et FASTQ
Longueur moyenne des reads de la librairie filtrée et trimmée et
reporté dans les fichiers SFF et FASTQ
Longueur maximum des reads de la librairie filtrée et trimmée
Histogramme des longueurs de reads trimmées et présentes dans
le fichier SFF
Le graphe représente la mesure consensus du signal correspondant à la
libération d’un H+ après incorporation d’un nucléotide, pour les trois
premières bases de la clé intégrée au moment de la préparation de la
librairie.
A noter: Cet exemple met en évidence une capacité
de séquençage supérieure aux spécificités attendues
de la puce (Puce 316/ 100Mb)
AQ17 correspond à une précision d’au moins 98%, basée sur l’alignement
par rapport au génome de référence
AQ20 correspond à une précision d’au moins 99%, basée sur l’alignement
par rapport au génome de référence
(Pour info: AQ30 correspond à une précision d’au moins 99,9%, basée sur
l’alignement par rapport au génome de référence) …
Dépendant de l’alignement
Profondeur moyenne de couverture du génome de référence
Pourcentage de couverture du génome de référence à partir du
séquençage de la librairie
- Test Fragment Report :
Les tests fragments sont des spikes-in aux régions
homopolymériques variables (2, 3 ou 4 mer). Ils ajoutés à la librairie
et en sont dissociés par leur clé
50AQ17 signifie le nombre de séquences ayant une taille de 50pb
minimum avec un taux d’erreur de 1/50. Ce contrôle qualité est basé
sur l’alignement.
TF_A > 30% et TF_D > 60%
50AQ17
50AQ17
- Ion Sphere TM Particle Identification Summary:
Les « Ion Sphere Particle », ou ISP, sont couplées aux aux fragments d’ADN au cours de l’emPCR. Dans l’idéal, une ISP sera
associée à un seul fragment d’ADN au sein d’un microréacteur d’emPCR.
La « heat map » représente la densité de chargement des
puits de la chip par les ISP
Nombre total de puits sur la puce
6,337,656
Puits avec ISP
2,927,533
Puits avec ISP vivant
( ISP + « clé » )
2,654,830
Puits vides
Signal trop faible
(Différentiation de la clé )
Librairie avec ISP
2,644756
Test fragment
10,074
clé: ( TCAG )
( clé: ATCG )
Librairie avec
ISP
% enrichissement =
( Puits avec
ISP )
-
Test fragment avec
ISP
Séquences dont la taille est inférieure à 8 bases
(clé de 4 bases inclue)
Séquences pour lesquelles le séquençage de la
clé ne « match » pas parfaitement
Séquences considérées comme ayant plus d’un
fragment par ISP
Séquences ayant une homologie très faible par
rapport au génome de référence
Nombre de séquences ayant franchi l’ensemble des filtres et
reportées dans les fichiers SFF et FASTQ
- Report Information:
- Files Links:
Formats de sortie du séquençage: fichiers SFF et FASTQ