S. pneumoniae - Università di Firenze
Download
Report
Transcript S. pneumoniae - Università di Firenze
I materiali biologici per l’esame colturale:
tipologia ed importanza di un corretto
prelievo
Diagnostica Microbiologica delle Infezioni delle Basse Vie Respiratorie
Firenze, 13 Marzo 2007
A. Raglio, A Grigis
A.O. Ospedali Riuniti di Bergamo
U.O. Microbiologia e Virologia
Direttore Dott A. Goglio
1
I temi
Il problema
Il nemico
L’importanza di un corretto prelievo
I materiali biologici
Criteri di idoneità
2
IL PROBLEMA
La polmonite acuta
è fra le prime sei cause di morte ed
è la più comune causa di mortalità correlata a infezione
(Mandell 99)
Tanti quadri clinici
Tanti patogeni
Tanti materiali biologici
Poche diagnosi
Solo nel 20-50% delle polmoniti comunitarie
si riesce a raggiungere una diagnosi eziologica
Mancanza di:
- standardizzazione
3
- test di riferimento (gold standard)
CAP: Principali patogeni isolati in corso
di differenti studi di sorveglianza
60
S. pneumoniae
H. influenzae
50
Legionella
40
Gram negativi
nessun patogeno
% 30
20
10
0
28/01
Rello 1996
Moine 1994
Feldman 1995
4
IL NEMICO
28
28
10
2
5
5
Batteri
Virus
Funghi
Rickettsie
Mycoplasmi e Chlamydie
Parassiti
Mandell, Infectious Diseases, Fourth Edition
5
I microbi del cavo orale
- Flora endogena
del cavo orale:
10 15
1. 0 0 0. 0 0 0. 0 0 0. 0 0 0. 0 0 0
6
Flora naso-orofaringea
Opportunisti
(raramente patogeni)
- Str. - emolitici
- S.coag.negativi
- neisseriacee
- Candide
- Haemophilus spp
- Actinobacillus spp
- Anaerobi
-………...
Normalmente non
presenti:
- BGN (ferm. e non)
- Enterococchi
-…….
Ma nei pz intubati sì
7
Flora naso-orofaringea
Patogeni (stato di portatore sano)
- S. aureus
- N. meningitidis
- S. pneumoniae
- Haemophilus influenzae
-………...
35-40 %
5-15 %
0-50 %
5-20 %
8
Infezioni comunitarie
Infanti-bambini:
-> 80% virali: Influenza, RSV, adenovirus,…..
- altre: Haemophilus, S. pneumoniae, S.aureus
Adulti giovani:
-> batteriche: M. pneumoniae
Adulti e anziani:
- < 10-20% virali
- altre: S. pneumoniae, Haemophilus, S.aureus
e BGN fermentanti e non
9
Polmonite ospedaliera o nosocomiale
- La seconda I.O. per frequenza
(27% di tutte le I.O.in TI)
- Prevalentemente batterica
- S. aureus (MSSA)
- S. pneumoniae, H. influenzae
------------------------ Enterobatteri
- Bacilli GN non fermentanti
- S. aureus (MRSA)
- Elevata mortalità
10
VAP: agenti eziologici in base al tempo
CDC Draft 2002
Early Onset Pneumonia EOP
Late Onset Pneumonia LOP
E.coli
Klebsiella spp
Proteus spp
S.pneumoniae
H.influenzae
MSSA
P.aeruginosa
BGN con ESBL
MRSA
Acinetobacter spp
……….
NON Multi R
Spesso Multi R
11
Immunodepressi per
patologia di base
- Fibrosi cistica:
- P. aeruginosa (spesso mucoso)
- Alcaligenes spp
- B. cepacia
- S. maltophilia
- S. aureus
- H. influenzae (anche non b) e
S.pneumoniae
- Aspergillus
- Micobatteri spp
12
Il nemico
Occorre conoscerne:
la patogenicità e i meccanismi di virulenza
le caratteristiche colturali (esigenze
nutritive, l’atmosfera di crescita, i tempi di
crescita) e la carica per distinguerlo fra la
flora contaminante
i determinanti antigenici
le sequenze identificative
le sensibilità ad antibiotici e disinfettanti
13
L’importanza di un prelievo corretto
oppure meglio:
L’importanza di una
interpretazione corretta in
base al prelievo
14
Contributo della
microbiologia
Diversamente da altre indagini strumentali e di
laboratorio, la richiesta di indagini microbiologiche presenta
aspetti peculiari:
il tipo e la qualità del campione condizionano in modo assoluto
i risultati dell'indagine microbiologica,
l'invio del campione al microbiologo sottintende la domanda:
"C'è qualcosa nel campione che può contribuire alla diagnosi ed
alla terapia della malattia infettiva?"; ciò equivarrebbe ad
inviare al Laboratorio di chimica clinica un campione di sangue
"per ricerca di anormalità chimiche", senza ulteriore
indicazione o precisazione
15
Contributo della
microbiologia
Garbage in
Garbage out
16
Il Manuale di raccolta
M&V
Ospedali Riuniti di Bergamo
PRELIEVO, CONSERVAZIONE ED INVIO
DEI CAMPIONI
PER INDAGINI MICROBIOLOGICHE
3a ed., maggio 2001, pag. 114
www.ospedaliriuniti.bergamo.it
Altri Manuali consultabili al sito: www.apsi.it
17
Iter dell’indagine microbiologica
18
Polmoniti
Campioni per la diagnosi eziologica
Materiali raccolti con metodiche protette, a bassa
contaminazione
Lavaggio bronco-alveolare (BAL)
Lavaggio bronco-alveolare mirato con cateterino
Spazzolatura endobronchiale protetta (PSB)
Materiali ad alto rischio di contaminazione con saliva
Espettorato (o espettorato indotto o indotto-protetto)
Aspirato endotracheale / bronchiale / da tracheostomia
Altri materiali
Materiali bioptici
Liquido pleurico
Sangue (emocoltura, indagini sierologiche)
Succo gastrico (per micobatteri)
Tampone (aspirato) naso-faringeo (virus)
Urine (ricerca antigeni Legionella , Pneumococco)
19
Aspirato tracheo-bronchiale
Di semplice esecuzione, non richiede manovre invasive
La coltura identifica di solito il patogeno in causa (alta
sensibilità), ma insieme ad altri microrganismi non
responsabili dell’infezione (bassa specificità)
L’indagine microbiologica deve:
determinare la carica batterica (coltura quantitativa)
accompagnarsi all’esame microscopico (batteri e cellularità)
Grossman R, Chest, 2000
20
Aspirato tracheo-bronchiale
Fonte
N.
Hill (1976)
Berger (1985)
48
19
Villers (1985)
17
Torres (1985)
Lambert (1989)
41
22
Sensibilità Specificità
Riferimento
%
%
Biopsia, Emocoltura,
82
27
liq.pleurico
74
Autopsia
Biopsia, Emocoltura,
88
0
liq.pleurico, sierol.
57
14
PBS, BAL
88
33
PBS
San Pedro, Chest, 2001
21
Lavaggio broncoalveolare
Procedura invasiva
Fattori che condizionano la “qualità” del BAL
competenza dell’esecutore
recupero > 10% della soluzione instillata
immediato invio alla microbiologia
terapia antibiotica in corso
Idoneità del campione
> 10 cellule per campo a x500
presenza di < 1% di cellule epiteliali
Grossman R, Chest, 2000
22
Prelievi “protetti” e risultati
microbiologici
Sensibilità
Specificità
Valore
predittivo
Positivo
Valore
predittivo
Negativo
Colture PSB (>103 CFU/mL)
82%
89%
90%
89%
Colture BAL (>104 CFU/mL)
91%
78%
83%
87%
Esaminazione microscopica di fluidi
da BAL (>5% organismi
intracellulari)
91%
89%
91%
89%
Tecniche diagnostiche
Mayhall G., Emerging Infectious Diseases, 2001
Tecniche diagnostiche
Sensibilità
Specificità
Colture PSB(>103 CFU/mL)
67%
95%
Colture BAL(>104 CFU/mL)
73%
82%
37-100%
89-100%
Esaminazione microscopica di fluidi
Grossman
da BAL R., Chest, 2000
23
Grosman R, Chest, 2000
Infezioni delle basse vie respiratorie
Solo se CAP grave:
Espettorato o BroncoAsp
Emocoltura
(IDSA 2007)
Possibilmente
campioni protetti
Solo campioni protetti:
Broncolavaggio
Spazzolatura
Emocoltura
(FADOI,’07)
24
Diagnosi delle infezioni respiratorie
- Più del 50% non sono diagnosticate
- Non c’è un solo test per fare diagnosi
- coltura secrezioni
- emocoltura
- ricerca antigeni (RSV, Legionella,
S.pneumoniae, Aspergillus,…)
- Per i batteri, spesso non è un
problema tecnico, ma di
interpretazione !!!!
25
Diagnosi: due quesiti
- Se isolo patogeni (spesso presenti anche nel
cavo orale), sono quelli colonizzanti o sono quelli
che hanno raggiunto il polmone?
In pratica:
Ho raccolto quelli del cavo orale o quelli
dell’infezione ?
26
Diagnosi: due quesiti
- Se isolo non patogeni (normalmente non
presenti nel cavo orale), sono quelli che hanno
colonizzato il tratto respiratorio alto o hanno
raggiunto anche il polmone?
In pratica:
Ho raccolto quelli delle alte vie o quelli
dell’infezione ?
27
Infezioni delle basse vie respiratorie
La contaminazione
con la flora del cavo
orale inficia il
risultato dell’esame
colturale
28
Campioni NON protetti
Passano attraverso il cavo orale:
- Espettorato (anche indotto,
protetto)
Raccolti con broncoscopio attraverso il cavo orale:
- Lavaggio tracheo-bronchiale
Raccolti con aspirazione:
- durante la broncoaspirazione di intubati:
- Aspirato tracheo-bronchiale
- attraverso fistola tracheostomica:
- Aspirato da tracheo-stomia
29
Diagnosi
Come evitare la raccolta dei
colonizzanti?
30
Campioni protetti
- PSB= Brushing endo-bronchiale protetto
- Mini-BAL= Lavaggio bronco-alveolare
protetto
- BAL= Lavaggio bronco-alveolare
compromessi o polmoniti interstiziali)
(più negli immuno-
31
32
33
34
35
36
VAP: Diagnosi
CDC Draft 2002 -GISIG 1998
- i criteri tradizionali:
- clinici (tosse, febbre, leucocitosi, secrezioni
purulente)
- strumentali (evidenze radiologiche di un
infiltrato nuovo o progressivo)
- microbiologici (coltura dell’aspirato
endotracheale, l.pleurico, sangue)
NON SONO SUFFICIENTI PER UNA VAP
PERCHE’ ASPECIFICI E INAFFIDABILI
37
VAP: Standardizzazione dei metodi
diagnostici
CDC Draft 2002 -GISIG 1998
- PSB (Protected Specimen Brush)
- BAL (Broncho-Alveolar Lavage)
- Mini-BAL (Protected Broncho-Alveolar Lavage)
38
Criteri di idoneità
Esame microscopico
Cellule bronchiali epiteliali squamose
Neutrofili
Batteri intracellulari
Flora Cavo Orale
Semina
Non Protetti con 1 mcl
Protetti con 10 mcl
Rilevazione cariche
Non Protetti > 106 ucf/ml
Broncolavaggio > 104 ucf/ml
Mini-BAL
> 102 ucf/ml
Identificazione microrganismi
Patogeni
Non Patogeni
39
Esame microscopico
Idoneo
Non idoneo
40
41
42
43
Esame microscopico: Q-score
Tabella 1
Cellule epiteliali squamose (CS)
Lettura del Gram
Referto
Globuli
bianchi
(GB)
0
1-9
10-24
>25
0
+
++
+++
0
0
1-9
+
0
-1
+1
0
+2
+1
+3
+2
Punteggio " Q "
10-24
++
>25
+++
-2
-1
0
+1
-3
-2
-1
0
Lettura: media di 10 campi
44
Semina NON protetti
Significative cariche >106 (10-100 UCF)
45
Semina protetti
Significative cariche >103 (1-10 UCF)
(104 per BAL: 10-100 colonie)
46
…e valutare il germe in causa
Cioccolato 1l (diluito
1:10)
- assenza crescita
-1
CFU = 104
- 10
CFU = 105
- 100 CFU = 106
> 100 CFU = 107
Patogeni
Non Patogeni
FBM
ATB +ID
descrittivo
FBM
47
Microrganismi respiratori
Patogeni
Non patogeni
-BGN (fermentanti e non)
-S. pneumoniae e beta-emolitici
-S.aureus
-Haemophilus influenzae
-B.catarrhalis
-
S.coagulasi negativi
Strept. alfa-emolitici
Neisseriaceae
Altri Haemophilus
48
Emocoltura
20-30% polmoniti batteriche hanno batteriemia
L’emocoltura dovrebbe essere sempre eseguita
in caso di polmonite
49
Collaborare per vedere i problemi per quel che sono
50
Tenersi informati
51