Transcript Slajdy - Poznańskie Centrum Superkomputerowo

Wprowadzenie do użytkowania infrstruktury PLGrid. Usługi QCG dla gridu
dziedzinowego: chemia kwantowa i fizyka molekularna
czyli
PLGrid Plus i Chemia kwantowa
prof. Jacek Komasa (UAM)
dr Krzysztof Kurowski (PCSS)
Piotr Kopta (PCSS)
Tomasz Piontek (PCSS)
Mariusz Mamoński (PCSS)
Poznań, 31 listopada 2012 r.
Agenda
1.
2.
3.
4.
PLGrid Plus i gridy dziedzinowe
Dostęp do infrastruktury
Zlecanie zadań
Granty
Konsorcjum
Akademickie Centrum
Komputerowe
CYFRONET AGH w Krakowie
Poznańskie Centrum
Superkomputerowo
Sieciowe w Poznaniu
Interdyscyplinarne Centrum
Modelowania
Matematycznego i
Komputerowego w Warszawie
Wrocławskie Centrum
Sieciowo - Superkomputerowe
we Wrocławiu
Akademickie Centrum
Komputerowe
CYFRONET AGH w Krakowie
Gridy dziedzinowe
• Przygotowanie specyficznych środowisk i usług
dostosowanych do potrzeb różnych grup
naukowców (początkowo 13 grup użytkowników:
AstroGrid, HEPGrid, Nanotechnologie, Akustyka,
LifeScience, Chemia kwantowa i fizyka
molekularna, Ekologia, SynchroGrid, Energetyka,
Bioinformatyka, Zdrowie, Materiały, Metalurgia).
• Stworzenie platformy do współpracy i wymiany
doświadczeń pomiędzy grupami naukowców
pracującymi nad podobnymi zagadnieniami
• Umożliwienie przeprowadzenia eksperymentów
obliczeniowych, jakie z powodu swojej złożoności
i czasochłonności nie były możliwe do wykonania
z wykorzystaniem mniejszej ilości zasobów
Chemia kwantowa i fizyka
molekularna
• Udostępnienie zintegrowanego środowiska uruchamiania
skomplikowanych, wieloetapowych eksperymentów obliczeniowych na
platformie gridowej (w Infrastrukturze PL-Grid)
• Utworzenie platformy do efektywnego modelowania komputerowego
własności mechanicznych i termomechanicznych materii na różnych
poziomach złożoności struktury i dla różnych skal przestrzennych i
czasowych
• Migracja użytkowników do nowoczesnych pakietów oprogramowania
• Wsparcie dla grup tworzących oprogramowanie
• Zaangażowane instytucje:
– Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu,
– Poznańskie Centrum Superkomputerowo Sieciowe,
– Wydział Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego
Koszt dostępu
• Dostęp do infrastruktury gridowej oferowanej w ramach
projektu PL-Grid jest nieodpłatny dla naukowców i
wszystkich osób prowadzących działalność naukową,
związaną z uczelnią lub instytutem naukowym w Polsce.
Zasoby
6.5 TB
995.75 TB
4080
34.4 TFlops
13.5 TB
980 TB
7464
73.5 TFlops
9.7 TB
357 TB
4848
51 TFlops
23616 rdzenie
230.16 TFlops peak
51.33 TB ram
3.6 PB dyski
13.95 TB
1265 TB
4152
41.34 TFlops
7.68 TB 3072
1.02 TB 29.92 TFlops
Aplikacje
http://www.plgrid.pl/oferta/oprogramowanie_naukowe
Od czego zacząć
regulamin użytkownika
• Użytkownikiem infrastruktury PL-Grid może być każda osoba prowadząca badania
naukowe, związana z jednostką naukową w rozumieniu ustawy z dnia 8
października 2004 r. o zasadach finansowania nauki.
• Z konta dostępowego do infrastruktury ma prawo korzystać wyłącznie właściciel
tego konta. Zabronione jest udostępnianie konta osobom trzecim.
• Użytkownik jest uprawniony do korzystania z zasobów infrastruktury PL-Grid
jedynie w celu wykonywania obliczeń oraz przechowywania danych zgodnie z
zadeklarowanym tematem badań.
• Zabrania się wykorzystywania zasobów niezgodnie z prawem oraz wszelkich działań
umyślnych, które mogą zakłócić poprawne funkcjonowanie infrastruktury.
• Użytkownik jest zobligowany do załączenia informacji o wykorzystaniu
infrastruktury PL-Grid w publikacjach, które powstały w oparciu o wyniki uzyskane
przy użyciu tej infrastruktury.
• Użytkownik ma obowiązek raportowania wszystkich takich publikacji poprzez
funkcjonalność udostępnianą w Portalu Operacyjnym, w celu rozliczenia grantu,
nie rzadziej niż co rok. Brak wypełnienia obowiązku rozliczenia użycia zasobów
może spowodować zawieszenie usług.
Od czego zacząć –
zasady funkcjonowania
• Aby zostać użytkownikiem infrastruktury PL-Grid należy dokonać rejestracji w
portalu PL-Grid. W trakcie procesu rejestracji wymagana jest akceptacja
regulaminu używania infrastruktury oraz określenie dziedziny i tematyki badań. W
wyniku rejestracji nadawany jest użytkownikowi identyfikator PL-Grid, który
jednoznacznie identyfikuje użytkownika w infrastrukturze.
• W procesie rejestracji użytkownika dane weryfikowane są przez operatora Centrum
Operacyjnego PL-Grid z wykorzystaniem bazy danych: "Ludzie nauki" dostarczanej
przez Ośrodek Przetwarzania Informacji (zwanej dalej bazą OPI). Użytkownik musi
potwierdzić wprowadzone dane poprzez odpowiedź na e-mail wysłany przez
operatora na adres zarejestrowany w bazie OPI.
• Osoby niezarejestrowane w OPI (doktoranci, studenci) lub osoby, których dane w
bazie OPI są niekompletne bądź nieaktualne, zobowiązane są wskazać opiekuna
naukowego, którego dane w OPI są aktualne i który spełnia warunki określone dla
użytkownika infrastruktury PL-Grid. Opiekun naukowy potwierdza autentyczność
danych osobowych i związek z działalnością naukową wykonywaną za jego wiedzą.
• Opiekun naukowy nie jest prawnie odpowiedzialny za niezgodne z prawem
działania potwierdzonego przez niego użytkownika. Potwierdzenie użytkownika
przez opiekuna naukowego jest traktowane jako potwierdzenie tożsamości
użytkownika i jego udziału w pracach naukowych.
Dostęp do infrastruktury
Portal
https://portal.plgrid.pl
• Umożliwia założenie konta
bądź zalogowanie się do
niego
• Sprawdzenie zużycia
zasobów
• Aplikowanie o dostęp do
zasobów
• Składanie wniosków o grant
Dostęp do infrastruktury
Zakładanie konta
• Wymagane informacje:
• dane osobowe (imię, nazwisko, pesel, login, email,
numer telefonu, hasło)
• numer z bazy OPI (swój lub opiekuna naukowego)
http://nauka-polska.pl/dhtml/raportyWyszukiwanie/
wyszukiwanieLudzieNauki.fs
• Cała procedura dokładnie opisana w Podręczniku
użytkownika
http://plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika
Generowanie certyfikatów
• Certyfikat poświadcza tożsamość użytkownika
• Simple CA vs Polish Grid CA
• Potrzebny przy zlecaniu zadań i dostępie do
infrastruktury obliczeniowej
• Generowanie w portalu (przycisk wygeneruj
certyfikat SimpleCA w zakładce Moje konto,
w ramce Certyfikaty SimpleCA)
Aplikowanie o dostęp
do zasobów
• Ramka Usługi w zakładce Moje
Konto
• Umożliwia włączenie/wyłączenie
dostępu lub uzyskanie informacji
o usługach oferowanych w
projekcie PLGrid
• Do zlecania zadań w przez nas
prezentowany sposób należy
aplikować o usługę Globalny
dostęp QosCosGrid
• Czas propagowania się informacji
na wszystkie systemy
Zlecanie zadań
Infrastruktura QCG
• Zestaw narzędzi do zarządzania zasobami i zadaniami
uruchomionymi na wielu klastrach dostęp do
lokalnych systemów klastrowych
• Wspiera m. in. obsługę zadań wielo-klastrowych,
parametrycznych, typu workflow.
• Zainstalowany na wszystkich maszynach
infrastruktury PL-Grid
• Zawiera zarówno tekstowe, graficzne, jak i portalowe
narzędzia dostępowe.
http://www.qoscosgrid.org
Zlecanie zadań
QCG-Icon
• Aplikacja graficzna napisana dla systemów Windows,
Linux oraz Mac OS.
• Umożliwia zlecanie zadań w bardzo prosty i intuicyjny
dla użytkownika sposób.
• Aktualnie obsługuje aplikacje: Matlab, Mathematica,
Gamess, LAMMPS, Molpro, Ansys-Fluent, NAMD,
Gaussian-09, Ansys-CFX, a także skrypty w językach
Bash oraz R.
• Istnieje możliwość dodania innych aplikacji
używanych przez użytkowników.
• Pozwala na dostęp do plików wyjściowych w trakcie
działania aplikacji.
• Wymaga od użytkownika posiadania certyfikatu PLGrid.
Zlecanie zadań
QCG-Icon
http://www.qoscosgrid.org/trac/qcg-icon/
Zlecanie zadań
GaussView via QCG-Icon
• Dostępny jest skrypt instalacyjny która
pozwala zlecić zadanie bezpośrednio z
poziomu aplikacji GaussView (wersja 5).
• Cały mechanizm uruchomienia zadania jest
przeźroczysty dla użytkownika.
http://www.qoscosgrid.org/trac/qcg-icon/downloads
Zlecanie zadań
Klient tekstowy
• Umożliwia większą kontrolę nad zleceniem zadania,
transferem plików we/wy, wykorzystaniem modułów oraz
ustawień środowiska.
• Obsługa zbliżona do poleceń systemu kolejkowego.
• Możliwość uruchomienia dowolnego kodu, oraz poleceń
systemu operacyjnego.
• Umożliwia zautomatyzowanie zlecenia większej ilości zadań
(np. zadania parametryczne)
Dokładny opis w podręczniku użytkownika
Granty
• Każdemu użytkownikowi przysłguje odnawialny grant
osobisty (1000 „rdzenio –godzin” obliczeń, 40 GB)
udzielany na 6 miesięcy
• Większa ilość zasobów może być wykorzystywana
przez uzyskanie grantu właściwego
• Aktywację grantu osobistego dokonuje się
przyciskiem Stwórz grant podstawowy w panelu
Granty użytkownika w zakładce Zespoły i granty
Dokładny opis w podręczniku użytkownika
Zespół użytkowników
• Zespół użytkowników umożliwia wspólne obliczenia
w ramach grantu właściwego oraz współdzielenie
pamięci dyskowej na klastrze
• Każdy zespół musi mieć co najmniej jednego
kierownika
• Grant właściwy jest przypisywany do zespołu
użytkowników i wnioskować o niego może jeden z
kierowników
• Zakładanie i zarządzanie zespołami dokonuje się w
panelu Zarządzanie zespołami w zakładce Zespoły i
granty
Dokładny opis w podręczniku użytkownika
Grant właściwy
• Aplikowanie o grant właściwy odbywa się poprzez
zdefiniowanie:
– szkicu
– opisu merytorycznego
– wymagań zasobowych
• Po zdefiniowaniu szkicu i opisu merytorycznego
można wysłać grant do recenzji
• Wymagania zasobowe grantu definiowane są w
systemie Bazaar
Dokładny opis w podręczniku użytkownika
Ankieta
• Ankieta w wersji
elektronicznej dla
użytkowników projektu
PlGrid Plus
• Dzięki niej możemy lepiej
dostosować system do
oczekiwań użytkowników
http://plgrid.pl/ankieta
Gdzie znaleźć informacje
• PLGrid Plus
Strona główna http://plgrid.pl/plus
Portal https://portal.plgrid.pl
Podręczniki http://www.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika
• QCG
Strona główna http://www.qoscosgrid.org/
Klient tekstowy http://www.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika
QCG-Icon http://www.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika
Osoby kontaktowe
• Kierownik gridu dziedzinowego chemii
kwantowej i fizyki molekularnej
Prof. Jacek Komasa [email protected]
• Pracownicy PCSS
Piotr Kopta [email protected]
Mariusz Mamoński [email protected]
Tomasz Piontek [email protected]
Problemy, sugestie, pomoc
[email protected]
Materiały szkoleniowe
http://fury.man.poznan.pl/~pkopta/uam