Transcript Formation TAXREF ifore juin 2014

Service du Patrimoine Naturel
Muséum national d’histoire naturelle
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Les grandes bases de données communiquent :
le rôle des référentiels
TAXREF
Référentiel taxonomique pour la France
Olivier Gargominy & Sandrine Tercerie
Service du Patrimoine naturel (SPN)
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I.
Pourquoi ?
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• On ne peut pas travailler sans désigner les objets sur lesquels
on travaille = pas d’existence sans nom
• Nomen omen : le nom est présage
Le nom, et donc le référentiel, est la porte d'accès à tous les attributs
biologiques et non biologiques de l'espèce :
–
–
–
–
–
–
représentations iconographiques,
cartes de répartition,
données sur l'anatomie, la biologie et l'écologie,
textes réglementaires sur la pêche,
échantillons dans les collections des musées,
etc…
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La description de la biodiversité
EN PRINCIPE, SIMPLE :
•
Une espèce ne devrait idéalement être désignée que par un seul nom
•
et un même nom ne devrait idéalement désigner qu'une seule espèce.
1,9 million d'espèces décrites = 1,9 million de noms
La vandoise = Leuciscus leuciscus (Linnaeus, 1758)
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EN REALITE :
•
•
Le cloisonnement politique, linguistique et culturel de la communauté
scientifique a fait et fait que :
–
une même espèce a pu / peut involontairement être désignée par des noms différents dans
différentes parties de son aire de répartition ;
–
un même nom a pu / peut servir à désigner des espèces différentes dans différentes régions
du monde.
La délimitation des taxons n'est pas une vérité révélée ; elle résulte
d'observations, d'interprétations et d'hypothèses faites par des humains :
–
qui se trompent parfois ;
–
qui ne sont pas d'accord entre eux ;
–
qui étudient plantes et animaux depuis 250 ans avec des moyens d'investigation qui ont
varié au cours des temps.
2-3 millions d'entités / 4-6 millions de noms
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La description de la biodiversité
•
Une même espèce a pu / peut involontairement être désignée
par des noms différents dans différentes parties de son aire de répartition ;
La vandoise :
Leuciscus leuciscus (Linnaeus, 1758) en Europe
Leuciscus baicalensis (Dybowski, 1874) en Sibérie et en Asie centrale.
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La description de la biodiversité
•
Un même nom a pu / peut servir à désigner des espèces différentes
dans différentes régions du monde.
Leuciscus rostratus Valenciennes, 1844 :
La vandoise de la Meuse
pour Valenciennes
La vandoise rostrée d'Aquitaine
pour Roule
(= L. leuciscus)
(= L. burdigalensis)
© Kottelat & Freyhof
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Outil de communication
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"azote" en français
"nitrogen" en anglais
"Stickstoff" en allemand
"dusik" en tchèque
+ clé vers les propriétés de l’objet
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Territoires et
espaces
Fonctionnement de
l’écosystème
Textes réglementaires
NOM
ENTITE
BIOLOGIQUE
ATTRIBUTS
Listes rouges
Relations de
parenté
etc…
Caractères, structure,
composition
Démographie
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II. Comment ?
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Au 18ème siècle
•
•
Accélération de l’exploration outre-mer
Accélération du commerce des ressources naturelles
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But original :
la description EST le nom = le nom doit amener directement à l’espèce.
= une machine
= une machine à laver
= une machine à laver la vaiselle
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Au 18ème siècle
•
•
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Les noms se multiplient et se complexifient
Nécessité d’un standard de nommage
=> Système nomenclatural de Linné (1758) :
Lave linge
Lave vaisselle
Un terme générique
Un terme spécifique
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Classification
Règne : Animalia
Embranchement [= Phylum] : Mollusca
Classe : Gastropoda
Ordre : Pulmonata
Famille Vertiginidae
Genre Nesoropupa
Espèce Nesoropupa duodecim
 Nomenclature : comment nommer les boites = code
 Taxonomie : faire des boites
© Gargominy
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III. Retour vers TAXREF
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Le référentiel taxonomique est l'outil qui permet de savoir :
1. que les noms :
–
–
–
–
Cyprinus leuciscus Linnaeus, 1758
C. grislagine Linnaeus, 1758
C. dobula Linnaeus, 1758
Leuciscus baicalensis (Dybowski, 1874)
 désignent une seule et même espèce de poisson : la vandoise.
 que le nom actuellement reconnu comme valide est :
Leuciscus leuciscus (Linnaeus, 1758)
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Le référentiel taxonomique est l'outil qui permet de savoir :
2. que la vandoise et la carpe Cyprinus carpio Linné, 1758
sont classées dans deux genres différents de la même famille, les
Cyprinidae.
3. qu'il existe en France quatre autres espèces de Leuciscus :
–
–
–
–
L.
L.
L.
L.
bearnensis (Blanchard, 1866) (la Vandoise du Béarn), endémique de France
burdigalensis Valenciennes, 1844 (la Vandoise rostrée),
idus (Linnaeus, 1758) (l’Ide mélanote),
oxyrrhis (La Blanchère, 1873) (la Vandoise au long-museau), endémique de France.
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Objectifs et exigences de TAXREF
• Produire une liste de noms de référence
pour les taxons de la faune, la flore et la fonge de France
• Permettre une interopérabilité entre les bases de données
– Diffusion (en particulier téléchargement libre)
– Liens avec les référentiels sources (FaEu, WoRMS, BDNFF…)
• Gérer des données
et les évolutions nomenclaturales et taxonomiques dans les données
– Gestion de la synonymie
– Gestion de la hiérarchie taxonomique
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Les producteurs de données
• Bases de données validées, officielles et consensuelles
–
–
–
–
–
Fauna Europaea, validée MNHN (SPN est Point Focal)
WoRMS, validée MNHN
FishBase , validée MNHN
Base Nadeaud, validée MNHN
etc.
• Publications scientifiques
–
–
–
–
Hill M.O. et al. 2006. An annotated checklist of the mosses of Europe and Macaronesia. Journal of Bryology, 28: 198-267.
Martiré, D. & Rochat, J. 2008. Les Papillons de La Réunion et leurs chenilles. Biotope, Mèze (Collection Parthénope) ; Muséum
national d'Histoire naturelle, Paris. 496 pp.
Peck, S.B. 2011. The beetles of Martinique, Lesser Antilles (Insecta: Coleoptera); diversity and distributions. Insecta Mundi, 178 :
1-57.
etc.
• Groupes d’expert
–
–
–
–
Société Herpétologique de France
Société Mycologique de France
Société française d’Arachnologie
etc.
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Portées taxonomique et géographique
• Toutes espèces
– Fonge, flore, faune
– Marines et continentales
• France
– Métropole
– Outre-Mer
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Une tâche à deux x deux faces
• Côté pile : la nomenclature et la taxonomie
– Nom disponible (nomenclature)
– Nom de référence (taxonomie)
• Côté face : occurrence et statut biogéographique
Absente
Accidentelle / Visiteuse
Cryptogène
Disparue
Douteux
Endémique
Endémique éteinte
Éteinte
Introduite
Introduite envahissante
Introduite éteinte / disparue
Introduite non établie (dont domestique)
Mentionnée par erreur
Présente (indigène ou indéterminé)
Subendémique
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Consolidation nationale
= s’assurer qu’une espèce commune à la Martinique, la Réunion et la
Polynésie française, porte le même nom
– Stratégie « espèces envahissantes »
« Escargot de Bourgogne » :
Cantareus aspersus (dans le texte),
Cornu aspersum (REU),
Helix aspersa (NC)
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Consolidation nationale
Exemple des trachéophytes des Antilles :
– 3 mois pour inclure 12 000 noms
– dont 2 mois pour consolider 1600 noms
METROPOLE
ANTILLES
Panicum eruciforme Sm., 1806
Panicum erucaeforme J.E. Smith, 1806
Leptochloa fascicularis
(Lam.) A. Gray, 1848
Diplachne fascicularis
(Lam.) P.Beauv., 1812
Erigeron bonariensis L., 1753
Conyza bonariensis (L.) Cronq., 1943
Sesamum orientale L., 1762
Sesamum indicum L., 1753
Citrus deliciosa Ten.
Citrus reticulata Blanco, 1837
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Ajout d’un statut biogéographique pour FR
 Inventaire national du Patrimoine naturel
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Pourquoi les référentiels nationaux existent
et continueront d’exister ?
• Apporter des solutions au niveau national
= s’adresser à une communauté
= répondre à des besoins (en particulier programmes nationaux tels
que ZNIEFF, Natura 2000, Espaces protégés, etc.)
• Aborder des groupes taxonomiques pour lesquels seule une
connaissance régionale est disponible
• Offrir des possibilités de gestion des données beaucoup plus fines :
synonymies d’usage
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GSD
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Référentiel national
20. Lacerta viridis (Laurenti, 1768)
1. Lacerta viridis (Laurenti, 1768)
21. Lacerta bilineata Daudin, 1802 20
2. Lacerta bilineata Daudin, 1802 1
20. Lacerta viridis (Laurenti, 1768)
1. Lacerta viridis auct. non (Laurenti, 1768) 2
21. Lacerta bilineata Daudin, 1802
2. Lacerta bilineata Daudin, 1802
(3. Lacerta viridis (Laurenti, 1768))
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Une seule espèce : Maculinea alcon (Denis & Schiffermüller, 1775) (CD_NOM = CD_REF = 54080)
protégée en France.
MAIS deux écotypes dont les stratégies de conservation sont différentes
=> nécessité d’individualiser les écotypes dans le cadre des inventaires.
© François Séité
Ponte sur Gentiane pneumonanthe
(habitat : prairie humide)
© Luc Dietrich
Ponte sur Gentiane croisette
(habitat : pelouse sèche)
TAXREF renferme les CD_NOM des deux écotypes :
54083 pour Maculinea alcon rebeli (Hirschke, 1904) (sur pelouses sèches)
54082 pour Maculinea alcon alcon (Denis & Schiffermüller, 1775) (sur prairies humides)
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IV. Résultats
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Nombre de noms (CD_NOM) disponibles dans TAXREF par année
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Evolution de TAXREF
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Etat d’avancement des listes de référence pour TAXREF v7.0 (Taxons continentaux)
Animaux
Bactéries
Champignons
Chromistes
Plantes
Arachnides
Crustacés
Arthropodes
Entognathes
Insectes
Myriapodes
Bryozoaires
Amphibiens
Ascidies
Mammifères
Chordés
Oiseaux
Poissons
Reptiles
Cnidaires
Hydrozoaires
Gastrotriches
Bivalves
Mollusques
Gastéropodes
Porifères
Rotifères
Tardigrades
Acanthocéphales
Annélides
Vers
Nématodes
Némertes
Plathelminthes
Bactéries et algues bleues
Autres
Ascomycètes
Lichens
Autres
Basidiomycètes
Lichens
Diatomées
Algues rouges
Algues
Algues vertes
Autres
Hépatiques et Anthocérotes
Bryophytes
Mousses
Angiospermes
Plantes vasculaires Fougères
Gymnospermes
Comité d’Orientation INPN, 21 mars 2013, Paris
TOTAL FR
GF
GUA MAR SM SB SPM MAY REU EPA TAAF NC WF PF
CLI
4241 3184 461 192
74 13 31
5
3
97
9 251
1 103
1154
998
14
21
16
6
3
28
29 16
60 30
73
9
887
806
1
60
33
1
1
3
10
48082 38389 3047 2544 851 198 257 208 158 2280 20
2 1348 45 812
1
554
504
1
39
2
3
5
5
2
10
12
12
183
50 121
8
7
3
3
2
2
0
1
1
0
0
1
1
499
218 189
21
18 13 13
15
14
22
3
14
22
9
12
1
1882
616 783 287 170 36 113 330 107 125
5
62 226 20 124
0
829
146 411
29
43
4 24
6
64
90 20
5 171 33
78
5
512
66 169
73
34 27 22
2
25
29 12
2 123 14
18
2
15
13
2
35
35
72
67
6
5
2
1
3
1
1
1923
726
90
89
80 47 14
5
84 115
4
2 317
9 573
1
124
121
1
2
1
352
351
67
66
11
10
366
361
1
1
473
460
6
1
2
2
512
507
1
73
59
2
2
1
18
9
2192 2149
16
1
7
3588 3183
164
10090 10080
1
7
1
137
2
27
25
2
1231 1174
10
1
1
31
19
10
1
1
2
169
41
1
2
1
7
1
4
1
2 11
8
7
1174
305
1 370 200
1
514
1388
875
164
1
492
19863 9022
27 1736 1628 490 491 290
2023
135 3589
2 1181
926
201
4
79
27
2
2
16
247
275
232
319
94
3
2
4
14
47
1
1
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Etat d’avancement des listes de référence pour TAXREF v7.0 (Insectes)
Comité
TOTAL FR
GF
GUA MAR SM
SB
SPM MAY REU EPA TAAF NC
WF
PF
CLI
Archaeognatha
53
53
Coleoptera
15012 11353 1140 1191 326
52
72
69
3 859
162
3 236
Dermaptera
40
20
14
8
7
Dictyoptera
129
43
49
5
2
7
1
12
21
10
26
Diptera
9491 8153 255 203
27
25
5
43
6 155
1
501
5 187
1
Embioptera
2
2
Ephemeroptera
162 148
11
2
Hemiptera
4063 3468
29 348 124
28
30
5
3 245
2 137
5
90
2
Hymenoptera
8922 8264
31 120
37
2
15
17
81 287
19
139
32
71
Lepidoptera
7755 5242 1448 455 270
80
98
55
8 590
59
140
Mecoptera
9
9
Megaloptera
4
3
Microcoryphia
1
1
Neuroptera
169 150
7
13
Odonata
225 101
45
37
29
6
10
13
34
23
2
9
Orthoptera
568 246
99
29
5
2
18
2
35
128
22
Phasmatodea
21
3
9
3
5
1
1
Phthiraptera
17
2
1
3
14
Plecoptera
180 180
Psocoptera
143 110
15
26
1
Raphidioptera
16
16
Siphonaptera
118 115
2
1
1
2
1
4
2
Strepsiptera
14
13
1
Thysanoptera
282 260
8
1
1
1
10
10
7
d’Orientation
mars 2013, Paris
Trichoptera INPN,
69621 441
41
24
1
9
1
191
Zygentoma
21
16
5
1
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Etat d’avancement des listes de référence pour TAXREF v7.0 (Taxons marins)
Animaux
Bactéries
Crustacés
Arthropodes
Pycnogonides
Bryozoaires
Ascidies
Mammifères
Chordés
Oiseaux
Poissons
Reptiles
Hydrozoaires
Cnidaires Octocoralliaires
Scléractiniaires
Cténophores
Echinodermes
Gastrotriches
Autres
Bivalves
Mollusques
Céphalopodes
Gastéropodes
Porifères
Rotifères
Tardigrades
Acanthocéphales
Annélides
Vers
Nématodes
Némertes
Plathelminthes
Bactéries et algues bleues
Chromistes
TOTAL FR
GF GUA MAR SM SB
SPM MAY REU EPA TAAF NC WF PF
CLI
6606 2933 43 379 172 19 43
8 492 520 196
7 2304 262 1129 143
93
25
1 69
566 188
301
68 11
540
76
104 30
2
2 36
5 33 26 286
94
4
76
39 20 24 23 23 23 21 31 26
36 26
7 21
241 113 77 83 41 17 38 81 30 42
3 60 72
39
4750 613 520 381 420 107 387 46 1012 1046 443 179 2416 695 1179 168
31
5 12
5
5
5
5
2
5
6
6
2 22
2
5
1
459 210
67 38
4 11
3 66 49 39
116
1
1
390
28
1 48 37 29 23
68
266
2
513
16
55 50 30 48
216 181 62
372 187 192 17
14
11
1
1
1
4
716 136
7 40 10 24 10 76 72 20
4 356 28 300 27
66
66
264
42
1 31
7
1
3
1
17
160
6 14
1
1319 300 157 286 125 45 48 10 56 281
402 59 202 28
91
44 23 21 21
5
1
1
5
21
6
6
6350 859 261 982 618 177 221 12 538 1636
1
2724 313 1421 114
1130 620
100 59 32 32
3
17
351
3 33 15
53
51
1
2
3
3
10
9
1049 737
2 47
4
7
2 36 41
3 265
1 20
80
61
4 14
1
33
33
453 281
172
1
166
52
3
1
7 12
14 105 42
Algues
409
280
Diatomées
979
912
671
164
Comité d’Orientation INPN, 21 mars
2013,
Algues
rouges Paris 1144
Plantes
Algues
Algues vertes
235
1
7
19
4
23
12
38
52
5
82
14
9
3
14
11
14
1
53 129
8 39
2
2
95
11
37
10
2
1
15 240 120 216
57 17 20
41
11
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Muséum national d’histoire naturelle
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V. Diffusion
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Accès au référentiel : http://inpn.mnhn.fr
• Consultation en ligne
• Téléchargement
- versions ( = stabilité)
- mise à jour annuelle minimum
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Diffusion de TAXREF
• Via un espace réservé au sein du site de l’INPN
– Inscription (connaissance des utilisateurs)
– Téléchargements partiel ou intégral du référentiel
– Suivi des changements entre deux versions
(table TAXREF_CHANGES et document des sources (TAXREF_sources_vX.X))
• Via des outils naturalistes
–
–
–
–
Serena (RNF)
Silene (CBN Med)
BDN (ONF)
« Outil naturaliste » (NaturParif)
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Téléchargements de TAXREF
Nombre d’inscriptions à TAXREF depuis la v3.0
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Analyse des téléchargements de TAXREF
Nombre de téléchargements de TAXREF
en fonction de l'organisme d'appartenance des utilisateurs
Particulier
21%
Etablissement public
16%
Association régionale
27%
Bureau d'étude
12%
Espace protégé
8%
Association nationale
3%
Société privée
2%
Autre
Collectivité
Collectivité
collectivité régionale
départementale
2%
4%
2%
Conservatoire
Botanique
National
3%
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Analyse des téléchargements de TAXREF
1584 téléchargements de
TAXREF
référentiel
complet
31%
référentiel
partiel
69%
dont 1099 téléchargements partiels
par phylum
Arthropoda
26%
Spermatophyta
(Angiospermae)
24%
autre
11%
Rhodophycota
1%
Platyhelminthes
1%
Spermatophyta
(Gymnospermae)
Ascomycota
1%
6%
Chlorophycota
1% Annelida
1%
Pteridophyta
2% Bryophyta Mollusca
3%
2%
Chordata
9%
Basidiomycota
12%
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Conclusion
- Référentiel taxonomique = indispensable pour gérer et partager
les données sur la nature
- TAXREF = colonne vertébrale de l’INPN
 en téléchargement (libre et gratuit)
 intégrable à n’importe quel outil
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Merci
INPN > Programmes > Référentiel Espèces :
http://inpn.mnhn.fr/downloads/taxrefdocs/TAXREFv7.0.pdf
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Modifications et Biblio: comment
participer à TAXREF
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I.
DOCS-Web
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• L’interface recherche:
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• L’ajout d’une référence bibliographique:
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II. Comment faire remonter
des modifications ?
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• Quel format ? Quel contenu ?
CD_SUP et CD_REF sont
indispensables pour savoir à quoi
raccrocher les nouveaux taxons
Intitulé complet de la référence
ou CD_DOC
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A éviter:
- Ne décrit pas correctement ce qui
est expliqué dans l’article et ne
permet pas de remplir TAXREF.
- 3 références ne sont pas
nécessaires puisque l’on utilise la
1ère mention du nom.
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• Quels types de références pour quelles utilisations ?
 Ajout d’espèces dans TAXREF: descriptions d’espèces valides respectant les codes
de nomenclature:
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• Quels types de références pour quelles utilisations ?
 Occurrences dans les territoires, noms vernaculaires: tout type de littérature peut
être pris en compte.
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• Quels types de références pour quelles utilisations ?
 Occurrences dans les territoires: tout type de littérature peut être pris en compte.
À éviter !
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• Quels types de références pour quelles utilisations ?
 Statuts biogéographiques: publications scientifiques nécessaires.
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 Résultats: un travail de
bibliographie qui sert à la
justification des modifications
dans TAXREF
ET
Une ressource disponible pour
tous sur le site de l’INPN.
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Utiliser TAXREF grâce à
la réconciliation taxonomique
(TAXREF-MATCH)
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I.
Objectifs
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Objectifs
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• Réconciliation
Nom
Référence
• TAXREF-MATCH
Helix pomatia L.
CD_NOM = 64260
… et tous les attributs
de 64260
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Objectifs
Deux utilisations possibles
• Réconciliation pour un nom
• Réconciliation pour une liste de noms
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Objectifs
Cas simple
Gomphus pulchellus Selys
Lepidonotus clava Montagu, 1808
Gomphus pulchellus Selys, 1840
Lepidonotus clava (Montagu, 1808)
Cas complexe
Tilapia zillii (Gervais, 1848)
Tilapia zillei
Tilapia zilli Gervais, 1849
Acerina zillii Gervais 1848
Coptodus zillii (Gervais, 1848)
1.
Même espèce ?
2.
Quel nom valide ?
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II. Principes
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Principes
Basée sur deux transformations
OPhiothrix
1. Normalisation
–
–
–
–
–
Espaces excédentaires,
Majuscules / minuscules,
Accentuations,
Virgule entre l’auteur et la date,
Abréviations des auteurs, etc.
Fragilis (Abildgaard, 1789)
normalisation
OPHIOTHRIX FRAGILIS ABILDGAARD 1789
phonétisation
2. Phonétique (dégradation)
– Terminaisons latines,
– Fautes d’orthographes (t versus th, etc.)
OPIATRIX FRAGILA ABILDGARD 1789
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Principes
Processus en plusieurs étapes
Setaria italicum (L.) P.Beauv., 1812
• Normalisation du nom
• Comparaison en normalisation
• Phonétique du nom
• Comparaison en phonétique
SETARIA ITALICUM L. P. BEAUVOIS 1812
SITARA ITALICA L. P. BIAIVA 1812
TAXREF
Pas de résultats
Setaria italica
(L.) P.Beauv., 1812
(CD_NOM= 123122)
• Comparaison avec index de similarité
Setaria italicum (L.) P.Beauv., 1812
et distance de Jaro-Winkler
+ Calcul de la correspondance
en taxonomie supérieure
Plantae,
Poales,
Poaceae
Plantae,
Poales,
Poaceae
=> Famille
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Principes
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Processus en plusieurs étapes
•
Niveaux de réconciliation
– 1 - Nom complet normalisé
– 2 - Nom complet normalisé sans date
– 3 - Nom scientifique normalisé
SETARIA ITALICA L. P. BEAUVOIS 1812
SETARIA ITALICA L. P. BEAUVOIS
SETARIA ITALICA
SITARA ITALICA L. P. BIAIVA 1812
– 4 - Phonétique Nom complet
– 5 - Phonétique Nom complet sans date SITARA ITALICA L. P. BIAIVA
SITARA ITALICA
– 6 - Phonétique Nom scientifique
– 7 - Jaro-Winkler / similarité
•
Processus séquentiel échappatoire
– Renvoie des meilleurs candidats pour éviter les choix subséquents inutiles
– Gain de temps de calcul
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Principes
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Performances
• Sans calculs de similarité :
entre 2.5 s (correspondance exacte sans classification supérieure)
et 15 s (phonétique et taxonomique et avec classification supérieure) par nom
 100 noms en 5 mn
• Avec calculs des distances de similarité et de Jaro-Winkler :
jusqu’à 22s par nom
 100 noms en 16 mn
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III. Comment lancer un
TAXREF-MATCH ?
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Comment ?
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Une adresse unique : taxref.mnhn.fr/taxref-match
 Accès sous login et mot de passe
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Comment ?
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Deux TAXREF-MATCH disponibles :
• version diffusée sur l’INPN (TAXREF v7.0)
• version de travail sur TAXREF-web
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Comment ?
Inpn.mnhn.fr
Import d’une liste de noms : format .txt ou .csv
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Comment ?
Inpn.mnhn.fr
Import d’une liste de noms : format .txt ou .csv
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Comment ?
Inpn.mnhn.fr
Import d’une liste de noms : format .txt ou .csv
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Comment ?
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Import d’une liste de noms : format .txt ou .csv
• > 2000 lignes
• pas de doublons dans le nom d’espèce
• encodage standard (ANSI/Windows-1252) ou UTF-8
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Comment ?
Inpn.mnhn.fr
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Comment ?
Si fichier de moins de 10 lignes :
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Comment ?
Si fichier de plus de 10 lignes :
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IV. Analyses des résultats
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Analyse des résultats
informations fournies
CD_NOM matchés
dans TAXREF
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informations sur le match
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Analyse des résultats
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Réconciliations de niveaux 1, 2 ou 3 (noms normalisés)
= a priori toujours bonnes
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Analyse des résultats
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Réconciliations de niveaux 1, 2 ou 3 (noms normalisés)
MAIS exceptions possibles :
Dichrostachys cinerea (L.) Wight & Arn., 1834
Acacia polyacantha Willd., 1806
En général : on considérera que la personne voulait désigner
le nom de référence (à vérifier dans TAXREF).
Remarque : exceptions généralement décelables par les résultats multiples retournés.
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Analyse des résultats
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Réconciliations de niveaux 1, 2 ou 3 (noms normalisés)
Cas très particulier :
Torilis leptophylla (L.) Rchb.f., 1867 (CD_NOM=126861)
Caucalis platycarpos L., 1753 (CD_NOM=89415)
Pas de solution : il faut retourner à la donnée.
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Analyse des résultats
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Réconciliations de niveaux 4, 5 ou 6 (noms en phonétique)
= davantage de vigilance requise
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Analyse des résultats
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Réconciliations de niveaux 4, 5 ou 6 (noms en phonétique)
Mêmes types d’exceptions que pour les matchs précédents
+ différences possibles sur le rang :
Potentielle erreur de rang dans le nom cité ?
Sinon, il faut considérer que le match n’est pas bon
et qu’il s’agit de taxons différents.
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Réconciliations de niveaux 7
(calcul des distances de similarité et de Jaro-Winkler)
Résultats multiples, vigilance accrue !
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Analyse des résultats
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Réconciliations de niveaux 7
(calcul des distances de similarité et de Jaro-Winkler)
Cas de noms quasiment identiques…
… mais correspondant à 2 espèces différentes
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Analyse des résultats
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En résumé
•
Collecter le plus possible de données (auteur et classification, date)
•
Pas de limite nette entre bonnes et mauvaises réconciliations
(% de similarité uniquement informatif)
•
TAXREF-MATCH adaptable pour l’INPN et pour TAXREF:
• Version uniquement avec matchs les plus sûrs (moins de résultats)
• Version avec tous les matchs possibles (beaucoup de résultats
donc beaucoup de post-traitement !)
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Merci