Transcript Arabidopsis

Genome-Wide Analysis of the Core DNA Replication
Machinery in the Higher Plants Arabidopsis and Rice
Randall W. Shultz2, Vinaya M. Tatineni, Linda Hanley
Bowdoin*, and William F. Thompson
Arabidopsis
thaliana
Arroz (Oryza sativa)
Denise Raddatz Mota
Replicación del ADN en Eucariontes
• Numerosos complejos de multiproteínas.
- Iniciación
- Elongación
- Maduración de los fragmentos de Okasaki
¿Qué se sabe sobre la Maquinaria de la
Replicación del ADN?
Levaduras
Modelo Animal
>
Plantas
• Combinación de información experimental
publicada con análisis bioinformáticos de
la secuencia genómica en Arabidopsis y
arroz.
Estrategia
• Ensamblaje de base de datos a partir de las proteínas
(maquinaria de replicación del ADN) de levadura y
animal.
• Se obtuvo la base de datos del genoma traducido de
Arabidopsis con el algoritmo BLAST.
• Las secuencias de Arabidopsis se utilizaron para
encontrar homólogos en arroz.
• Para el análisis filogenético de las proteínas se utilizó
el programa ClustalW.
• Para el alineamiento de las múltiples secuencias de
complejos de proteína se utilizó el algoritmo
ClustalW.
Maquinaria de
la Replicación
del ADN en
Eucariontes
Pre-iniciación
Complejo de pre-replicación (pre-RC):
ORC1-6 + CDC6 + MCM2-7
Iniciación
Supercomplejo con función de helicasa:
GINS + MCM2-7 +CDC45
Elongación
GINS + MCM2-7 +CDC4 5 + Pol E
Maduración
Fragmentos de Okasaki:
Pol D + FEN1 + LIG 1 + PCNA
Genes de la Maquinaria de Replicación de ADN
en la Pre-Iniciación
Genes de la Maquinaria de Replicación de ADN
en la Iniciación
Genes de la Maquinaria de Replicación de ADN
en la Elongación
Genes de la Maquinaria de Replicación de ADN
en la Elongación
Genes de la Maquinaria de Replicación de ADN
en la Maduración
Alineamientos de Secuencias Múltiples de
proteína ORC6
Alineamientos de Secuencias Múltiples de
proteína PSF1
Alineamientos de Secuencias Múltiples de
proteína PSF2
Alineamientos de Secuencias Múltiples de
proteína PSF3
Alineamientos de Secuencias Múltiples de
proteína SLD5
PSF1
PSF2
PSF3
SLD5
Múltiples Copias de Genes de la Maquinaria de
Replicación de ADN
GENE
ORC1
CDC6
CDT1
CDC45
TOPBP1
PSF3
POLD4
POLE1
POLE2
POLE3
POLE4
PCNA
RPA1
RPA2
RPA3
FEN1
LIG1
Humano
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
2
1
1
1
Levadura
1
1
1
1
1
1
0
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
Arabidopsis
2
2
2
1
2
2
1
2
1
GF
GF
2
5
2
2
1
3
Arroz
1
1
2
2
3
1
2
1
2
GF
GF
1
3
3
1
2
1
Conclusiones
• La maquinaria de replicación del ADN de
animales y levaduras, está conservada en
plantas, mostrando muchas características en
común con otros eucariontes y otras que son
únicas en plantas.
• Las proteínas de replicación del ADN en
plantas, son más similares a las del humano
que a las de levaduras.
• Los modelos animales pueden ser más
importantes para el estudio de replicación del
ADN en plantas que los de levadura.