Transcript Identification des biomarqueurs de la Tolérance et du rejet
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Magali Giral
Sophie Brouard
A propos d’un exemple de biocollection à visée de recherche non interventionnelle La DIVAT-Biocol
DIVAT
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Plan
1. Introduction: La cohorte DIVAT 1. La biocollection DIVAT 3
.
A propos d’un exemple : identification de biomarqueurs de la tolérance et du rejet chronique en greffe rénale
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Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Introduction.1
-
BASE DE DONNEES depuis 1994
6 centres français de greffes de rein (n=16000, 800 greffes par an) - 50% des greffes en France - 300 items clinico-biologiques + suivi - Contrat de consortium inter CHU Thésaurus commun Audits annuels des données saisies (<1% d’erreur) Réunions scientifiques semestrielles (comité scientifique) Réunion technique annuelle ARCs (mise à jour du thésaurus)
Nantes
www.divat.fr
Paris Necker Nancy Lyon
-
BIOSTATISTIQUES équipe de Recherche EA4275 Biostatistique V. Sébille Université de Nantes/Centaure
modèle semi markovien/modèle de survie relative/ROC/Score
Toulouse
-
PROGRAMME SCIENTIFIQUE (U643)
Etudes épidémiologiques et définition de profils de risque du devenir des greffons et des patients
Montpellier 1994-2010
PARTENARIAT INDUSTRIEL :
- Roche > 1 M 6 - IDBC/A2com
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DIVAT-Biocol
Appel d’offre du ministère de la recherche et de l’inserm 2002
DIVAT-Biocol N °02 G 0555 notifiée le 12/11/2002
Début en 2003 au CHU de Nantes en partenariat avec la Tumorothèque située au CHU Nord
Intégration au CRB du CHU de Nantes en 2011
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Collection échantillons de Sérum, plasma, mRNA, urines, PBMC
Patrimoniale de tous les patients greffés d’un rein ou d’un rein pancréas au CHU de Nantes à J0, J6 mois, 1 an, 3 ans et 5 ans (2004-2009)
J0 et à chaque ponction biopsie de greffon pour “cause” ou “systématique” à 3 mois et 1 an depuis 2009
Protocoles de Recherche Translationnelle (RNI)
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TYPE DE PRÉLÈVEMENTS NOMBRE DE PRÉLÈVEMENTS DMSO SANG 16693 SÉRUM 10511 TRIZOL 6302 URINE FRAICHE 3444 PLASMA 1719 PAXGENE 1178 URINE 427 NOMBRE DE PATIENTS 1398 1513 1298 822 527 753 178
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Lien informatique des échantillons Biologiques avec les données cliniques et biologiques de la base de données DIVAT stockage
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DIVAT-Biocol :
Programme Scientifique Identification de biomarqueurs pour le prognostic et l’aide à la décision clinique
Clinic Bench
Fort risque échec Suivi plus attentif et adaptation du traitement immunosuppresseur
Rejet chronique
Faible risque échec Réduction des immunosuppresseurs
Tolérance
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Données Informatisées et VAlidées en Transplantation Identification des biomarqueurs de la Tolérance et du rejet chronique (ABM 2002)
TREATMENT WITHDRAWAL 350 300 250 200 150 100 50 0 * -2 -1 1 4 5 6 2 3 years Sta CR 10 Patients présentants une fonction rénale stable sans immunosuppression depuis plus de 1 an.
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Blood Identification des biomarqueurs de la Tolérance et du rejet chronique (ABM 2002)
Brouard S. et al. Proc Natl Acad Sci 2007
RNA extraction Analysis 30,000 DNA spots 12,440 genes SAM (vs CR) Reverse transcription PAM
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Identification des biomarqueurs de la Tolérance et du rejet chronique (ABM 2002) Profile Transcriptionnel du sang de receveurs de greffe rénale tolérants ou en Rejet chronique Training set 5 Tolerant recipients Healthy individuals 16
Brouard et al. Proc Natl Acad Sci 2007
Training group 75 patients-16 volontaires sains Test group 11 Chronic rejection 49-gene predictive signature Testing set 12 Tolerant 11 Chronic rejection Correct classification in 22/23 CS Bitherapy TOL
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Application clinique : Le Projet Genhomme PHRC national 2003 (PI M. Giral)
NAME
AKR1C2 CDC2 CDH2 CHECK1 DEPDC1 NCAPH NR2F1 RBM9 RGN SP5 SPON1
AUC
0.85
0.86
0.85
0.94
0.91
0.86
0.88
0.94
0.85
0.85
0.86
0,8 < AUC < 0,9 : +++ excellent discrimination
144 stable patients depuis plus de 5 ans de greffe sous immunosuppression au long cours TOL 0.85
RC
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Application clinique : Le Projet Genhomme PHRC national 2003
1 0.8
0.6
0.4
0.2
0
144 patients stables sous Immunosuppression
1 0.8
0.6
0.4
0.2
0 1 0.8
0.6
0.4
0.2
0 1 0.8
0.6
0.4
0.2
0 Figure 4 S. Brouard. Transplant international 2011
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Identification des biomarqueurs de la Tolérance et du rejet chronique Patients opérationnellement tolérants/Rejet Chronique
•
n=27 patients opérationellement Tolérants.
Sang Périphérique
•
Un nombre plus élevé de lymphocytes B
•
Inversion de la balance Teff/Treg *
90 80 70 60 50 40 30 20 10 0
T OL CR - Louis et al. Transplantation 2006 - Pallier et al. Kidney Int 2010 - Sagoo et al. J. Clin. Invest 2010 - Baeten et al. JASN 2006 - Louis et al. Transplantation 2006 - Braudeau et al. Transplant. Int 2007
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Brevets issus de la Recherche sur les Biomarqueurs Tolérance / Rejet Chronique - "Diagnostic of immune graft tolerance"
TcTol patent (Provisional Patent Application Serial No. 05291215.1, INSERM) Sophie Brouard, Jean-Paul Soulillou, Dominique Baeten, Christophe Braud, Magali Giral, Jean Léger. 7 June 2005
- "TRIB-1 and diagnostic of chronic rejection in human kidney transplantation"
INSERM/TcLand (Provisional Patent Application Serial No. 60/808, 122, INSERM) Sophie Brouard, Jean Paul Soulillou, Joanna Ashton-Chess. 25 May 2006
- "Diagnostic of immune graft tolerance using a set of 8 genes"
TcTol patent (Provisional Patent Application Serial No. EP 66915 D 24371, INSERM) Sophie Brouard, Jean-Paul Soulillou, Marina Guillet, Magali Giral. 20 June 2007
- "SMILE and Diagnostic of tolerance"
INSERM/TcLand (Provisional Patent Application Serial No. 67/144, INSERM) Sophie Brouard, Jean Paul Soulillou, Joanna Ashton-Chess, Magali Giral, Maud Racapé. 25 July 2007
“PSMB10, a marker of chronic rejection”
INSERM/TcLand (Provisional Patent Application Serial, INSERM) Sophie Brouard, Jean Paul Soulillou, Joanna Ashton-Chess, Magali Giral, Voya Jovanovic. 14 November 2007
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Validation des Biomarkers DE LA TOLERANCE : PHRC weaning 2010 (PI M.Giral)
ETUDE RANDOMISEE en DOUBLE AVEUGLE n = 53 n = 53
100 1/3 75 1/3 50 0 25 0 Arrêt du Tacrolimus l 1/3 6
Transplantation
Monotherapy cellcept +/-CS 12 18 months > 4 years D0
BIOCOLLECTION
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Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Validation des biomarqueurs DU REJET CHRONIQUE : Le Projet VALBIO 12 (DGOS 2008/Région 2009/Centaure 2010) VALIDATION des marqueurs sanguins du rejet chronique sur la biopsie systématique à 1 an Greffe 1 an
625 Patients CENTAURE (Nantes, Lyon, Necker) DIVAT-Biocol CIC (Inserm Investigation Centre) Tcland expression/ plateforme CIMNA DGOS/Inserm 2008
Biopsies des greffons Trizol/Paxgene/Serum/DMSO
RT-PCR 60 gene
- TRIB1 - TLR4 - Granzyme - SMB10 -T-BET
J Ashton chess , JASN 2008, Kid. Int. 2010
HLA-Ab (Luminex)
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Extension de la DIVAT-Biocol au réseau CENTAURE (Contrat de collaboration)
Collection prospective depuis 2011 - Serum - Plasma - mRNA (Pax gene, Trizol) Protocole Val Bio 12
Necker Nantes n=462/year Lyon
Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Vers un score immunologique de suivi des greffons après validation des BIOMARKERS
TcLandscape Q-PCR Phenotype Clinical parameters Miqueu et al., european J Immunol 2010 Braud et al., 2007 Sivozhelezov et al. 2007 Brouard et al., 2007 Ashton chess 2008, 2010
-1 Risque de rejet Majoration du traitement et du suivi
Baeten et al., 2006 Louis et al., 2006 Braudeau et al., 2007 Hourmant et al., 2005
Tolerance potentielle Réduction progressive des IS +1
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Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
Le KTFS : un score clinique prédictif de la survie des greffons
Y. Foucher et al., Kidney Int. 2010 (Brevet, dépôt CHU 2012)
Patients : COHORTE DIVAT multicentrique 1996-2006 Méthode : Time-dependent Receiver Operator Characteristic (ROC) curves AUC 0.77
7% 30%
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Données Informatisées et VAlidées en Transplantation
TELEGRAFT
PHRC 2011 national 2011 (PI A. Meurette)
TELEGRAFT = PHRC national 2011 basé sur le KTFS (1)
Consultation par Visio conférence Via clé USB (Brevet CHU)
Randomisation DIVAT/INTEGRALIS CONSULTATION STANDARD CS
Low Risk KTFS< 4,17
Calcul du score KTFS
High Risk KTFS>4,17 700 Patients Réseau DIVAT
TELECONSULTATION Calcul du score KTFS
Low Risk KTFS< 4,17
TC
Domicile du Patient
Visio-conference
High Risk KTFS>4,17
Novartis = 85000 euros Collaboration équipe Biostatistique EA4275 :
Angélique Bonnaud Antignac = Analyse de qualité de vie Philippe Tessier = Analyse médico-économique - Yohann Foucher = Analyse de survie
Budget PHRC 522000 euros Soutien ARS = équipement visio conférence
CONCLUSION DIVAT-BIOSTAT Biostatistique Université PATIENTS Greffés Soins courants DIVAT-BIOCOL (CRB) Recherche translationnelle (équipe S. Brouard U643) Recherche méthodologique et épidémiologique COHORTE DIVAT Identificationde biomarkers ABM 2002, PHRC 2003, PHRC 2005 Score de prédiction du Risque d’échec de greffe PHRC 2011 Télégraft Protocoles.Thérapeut
.
Etude medico éco.
Etude de qualité de vie Etude de survie PHRC 2010 weaning Protocoles.Thérapeu t
.
ANR jeune chercheur (PI. Y.Foucher) Score clinique + biomarkers Amélioration du Score de prédiction Intégration des biomarkers : KTFS 2 Validation des Biomarkers DHOS inserm 2008 Région 2008 Centaure 2010 Projet Labex M. IGO 2012 Projet Labex Transplantex 2012 FP7 2012